V roku 2024 číhajú v ruinách Japonska ohavné monštrá, zatiaľ čo sa zvyšní ľudia snažia zo všetkých síl prežiť. Kiruko sa rozhodne splniť posledné želanie záhadnej umierajúcej ženy, a to dostať chlapca menom Maru na miesto nazývané Raj.
Japonsko sa po Veľkej katastrofe zrútilo. Kiruko prijme žiadosť odprevadiť chlapca menom Maru na miesto nazývané Raj. Za múrmi škôlky zatiaľ žijú deti obklopené nádhernou zeleňou. Po obdržaní záhadnej správy začne Tokio spochybňovať svet okolo seba.
V zvláštnom penzióne upadnú Maru a Kiruko do hlbokého spánku, z ktorého ich pri slabom mesačnom svite prebudí niečo príšerné. Tokio v škôlke čoraz viac spochybňuje svet okolo seba a Širo dostane nečakanú správu.
Pred piatimi rokmi žili Robin, Haruki a jeho sestra, pretekárka Kiriko, spokojne v sirotinci v Asakuse. Keď sa na preteky elektrických motokár zhromaždí rušný dav divákov, niečo príšerné sa pokúsi podujatie prekaziť a Haruki sa ocitá v ťažkej situácii.
Tokio sa ide pozrieť na zvláštne vyzerajúce bábätká a uvedomí si, ako málo vie o svete okolo seba. Maru s Kiruko čelia desivému útoku na lodi, z ktorej niet úniku. Keď všetko zlyháva, Kiruko vymyslí novú stratégiu.
Maru a Kiruko sa vrátia do Tokia a nájdu štvrť preplnenú stanmi. Keď sa Maru vyberie do herne, Kiruko sama zbiera informácie a vypočuje si desivú klebetu. V škôlke sa Taraov stav zhorší a doktor Sawatari objaví nevysvetliteľný odtlačok topánky.
Maru a Kiruko pátrajú po Ráde nesmrteľných. Cestou sa ubytujú v hoteli, ktorý vedie dievča menom Totori. Keď zhodia svoje tašky a vyberú sa hľadať bezpečnú pitnú vodu, narazia na ťažko zraneného muža. Medzitým Tokio uvidí niekoho nečakaného.
Maru a Kiruko sa domnievajú, že našli doktora a Rád nesmrteľných. Namiesto toho narazia na nepriateľskú organizáciu, ktorá dôrazne odmieta liečbu, ktorú rád poskytuje. Prijmú od nich pracovnú ponuku, no Kiruko začína strácať trpezlivosť.
Po zlikvidovaní ľudožrútov sa Maru a Kiruko konečne stretnú s doktorom Usamim. Ten ich požiada, aby spravili mimoriadne ťažkú vec, a zavedie ich do izby, kde sa im naskytne príšerný obraz.
Maru a Kiruko zistia, že doktor Usami mal gombík s rovnakým znakom, aký je na Kiru-lúči. Rozhodnú sa nasledovať stopy a na ceste stretnú záhadného informátora. V škôlke sa zatiaľ koná mimoriadna schôdza.
Maru a Kiruko sa vyberú do zariadenia Akadémie Takahara v Ibaraki. Keďže to majú po ceste, súhlasia, že pomôžu Džúičimu zistiť, či je jeho dieťa ešte nažive. Po príchode do Opevneného mesta sa ukáže, že situácia je úplne iná, než očakávali.
Maru a Kiruko zamieria do zariadenia v Ibaraki potom, čo im Džúiči dá svoje auto. Medzitým do akadémie nastúpi skupina nových piatakov. Mimihime si všimne, že jedno z detí menom Ohma je osamelé a skúsi sa s ním skamarátiť. Lenže Ohma má špeciálny dôvod, prečo sa drží bokom od ostatných.
Maru a Kiruko dorazia na prekvitajúce trhovisko v meste, ktoré riadi tajomné Ministerstvo obnovy. Medzitým čelí akadémia náhlemu útoku. Pri pokuse sa ukryť deti objavia v múre dieru.
Mimihime, Širo, Anzu a Taka zamieria von cez dieru v múre a hľadajú odpoveď na skúšku. Medzitým spraví Robin niečo príšerné a Kiruko skončí v slzách.
