În Regatul Granbell, care e un parc de distracții abandonat, Shiki și-a trăit întreaga viață printre mașinării. Dar într-o zi, Rebecca și pisica ei însoțitoare, Happy, apar la porțile parcului. Nici prin cap nu le trecea celor doi vizitatori că acesta e primul contact cu oamenii din ultimii 100 de ani pe care l-a avut Granbell. În timp ce Shiki își dă toată silința să-și facă noi prieteni, foștii lui vecini se folosesc de ocazie pentru a porni o revoltă a roboților... Și când vechea lui patrie devine prea periculoasă, Shiki trebuie să se alăture Rebeccăi și lui Happy pe nava lor spațială ca să scape în Universul fără granițe.
Rebecca Bluegarden vizitează regatul Granbell, care e aproape pustiu. Acolo îl întâlnește pe singurul locuitor uman, Shiki, care îi cere să devină prieteni.
În drum spre Grădina Albastră, Rebecca îl îndeamnă pe Shiki să se înregistreze ca aventurier. Și îi mai cere să fie bodyguardul ei și al lui Happy.
Shiki își pierde cumpătul când faimoasa B-Cuber Labilia râde de canalul inferior B-Cube al Rebeccăi. Apoi, Shiki se înregistrează ca aventurier.
Pe planeta Norma, aflată cu 50 de ani în trecut, Happy și Rebecca îl întâlnesc pe profesorul Weisz, tânăr pe-atunci, care mai demult i-a salvat viața lui Happy.
Shiki și ceilalți pătrund în ascunzătoarea lui Sibir pentru a o recupera pe Pino, dar Weisz profită de harababură și vrea s-o ia pe Pino chiar el.
Când Shiki și ceilalți se zbat să plece de pe planeta Norma în zbor cu nava Aripa Apei, Weisz apare brusc și se oferă să-i ajute, însă vrea ceva în schimb.
După ce urcă la bordul navei piraților, Zâna, Shiki își croiește drum către puntea de comandă pentru a lupta cu Elsie Crimson pentru navă.
Vrăjitoarea îl anunță pe Shiki că el va fi de-acum stăpânul navei Edens Zero. Ea îi mai spune că nava nu și-a recăpătat puterea completă.
Shiki și ceilalți se grăbesc s-o salveze pe Rebecca, iar Weisz se întoarce la Edens Zero însoțit de o femeie pe nume Homura.
Homura își folosește puterile Sabiei Sufletului în înfruntarea cu oamenii Surorii. Rebecca pune la cale să evadeze din Turnul Illega.
Cronofagul se apropie tot mai mult de planeta Guilst, iar Shiki vede cu dezgust cum Sora îl folosește pe Jinn ca scut. Apoi, apare încă o Soră!
Vrăjitoarea și Sora Ivry se reunesc într-un final, iar Homura își dezvăluie adevăratele motive pentru care a venit pe Edens Zero.
După ce o găsește pe Sihastra pe Colina de Fier, echipa deduce că aceasta se află într-o stare de repaus anormală din cauză că inima i-a fost frântă.
Echipa intră pe planeta virtuală Digitalis pentru a o căuta pe Sihastra. Când o găsesc, ea refuză cu încăpățânare să se întoarcă pe Edens Zero.
Homura declară că i se alătură lui Drakken Joe, iar Shiki și echipa sunt stupefiați când apare din senin o altă Homura.
Păianjenul accesează sistemul navei Edens Zero și începe să o distrugă din interior. Sihastra este singura care îl poate opri.
Shiki și echipa pornesc spre Mildian, Planeta Timpului, pentru a găsi și ultima dintre cele Patru Stele Strălucitoare ale Regelui-Demon.
La Colosseumul de Luptă, Xiaomei le spune lui Shiki și echipei că le va da informațiile dorite, cu condiția să își înfrângă adversarii.
După obținerea informațiilor necesare de la Xiaomei, Edens Zero pornește către planeta Nestemata Soarelui, pentru ca Homura să se reîntâlnească cu maestra ei.
Shiki și Homura se trezesc într-o zonă muncitorească, unde sunt obligați să adune metal prețios pentru un personaj cunoscut drept „doamna Kurenai”.
Nino îi conduce pe Rebecca, Pino și Happy în zona muncitorească, unde întâlnesc un bărbat pe nume Paul, care le spune că este discipolul Valkyriei.
Când Homura era copilă pe o planetă răvășită de război, Valkyrie a luat-o sub protecția ei și a crescut-o ca pe propria ei fiică.
Shiki și ceilalți o înfruntă pe doamna Kurenai. Văzând-o pe Valkyrie, Homura este copleșită de tristețe, iar Drakken Joe se infiltrează în Oculus Kurenai.
Baku este înfrânt cu ușurință datorită armurii Arsenal a lui Weisz. Shiki se luptă cu Puterea Cavaler, controlat de doamna Kurenai, iar Rebecca se luptă cu Nino.
După ce lupta dintre Dragonul Kurenai și Shiki încetează, Shiki și ceilalți se întorc pe Edens Zero și trebuie să dea niște vești proaste.
