Milhares de anos após um misterioso fenómeno transformar a humanidade inteira em pedra, o extraordinariamente inteligente Senki Ishigami acorda. Neste novo mundo de pedra, Senku decide usar sua ciência para reerguer uma civilização à beira do colapso. Ao lado de seu superforte amigo de infância Taiju Oki, que acordou junto com ele, os dois começam a reconstruir o mundo do zero.
Enquanto Senku e Taiju tentam salvar Yuzuriha, se encontram cercados por leões. É quando encontram mais alguém que pode ajudá-los...
Shishio dá o golpe fatal em Senku, e tudo parece ter acabado. No entanto, Taiju sabe que seu amigo não é de desistir e que tem sempre um plano em mente.
A Grande Luta vai começar, e todos bolam uma estratégia para cansar Magma. No entanto, o sorteio não dá o resultado esperado à nossos heróis.
Tendo vencido a Grande Luta de forma justa, e após curar a sacerdotisa do vilarejo, Ruri de sua pneumonia, Senku conquista o coração e a cabeça dos moradores. Ruri entrega uma mensagem a Senku de alguém querido.
Através da mensagem de Byakuya para Senku, descobrimos os eventos que deram origem ao vilarejo Ishigami.
Senku e o resto do reino descobrem um misterioso disco deixado pelo pai do Senku e os outros astronautas. Eles usam sua recém-encontrada tecnologia para dar vida a ele.