A história acontece a meio do período Muromachi, durante a década de 1470 após as Guerras de Onin e Bunmei. A história começa na península de Noto do distrito de Hokuriku. O personagem principal (Hyakkimaru), que carece de 48 partes do corpo, obtém um corpo falso e elimina 48 monstros que foram feitos a partir do seu corpo para recuperar as partes do corpo que lhe faltavam.
