Guiado pelo espírito demoníaco que existe dentro dele, o órfão Naruto aprende a controlar os seus poderes como ninja, nesta série animé de ação.
Tsunade ordena a Naruto, Hinata, Kiba e Akamaru que capturem o ladrão Gosunkugi, e os quatro viajam até ao local onde suspeitam que ele esteja escondido.
Naruto e os outros tratam de Sazanami, que está ferido e que afirma estar a tentar limpar o seu nome após ter sido acusado de um homicídio cometido por Gosunkugi.
Dois impostores vestidos como Guy e Lee infiltram-se na Aldeia Oculta na Folhagem. A maior parte dos aldeões percebe o disfarce, mas Naruto é enganado.
Tsunade envia Naruto, Neji, Lee e Tenten para ajudar a resolver uma confusão que está a ser provocada por um espectro conhecido como o Guerreiro Amaldiçoado.
O grupo começa a suspeitar que o Guerreiro Amaldiçoado está ligado a um plano de Komei, o estratega da aldeia, e vão visitar Sagi, o senhor feudal.
Komei é preso por causa da sua ligação ao Guerreiro Amaldiçoado, mas Naruto ainda tem dúvidas e decide continuar a investigar o mistério.
Tenten e Neji não têm outra escolha senão dar ouvidos a Kakashi e regressar à aldeia com ele, mas Kakashi sente que estão a ser seguidos.
Agora que o verdadeiro culpado foi descoberto, Sagi jura castigar Moso. Ao ver Sagi consumido pelo ódio, Naruto lembra-se de Sasuke.
Há um combate a ser travado na mansão de Moso. Naruto consegue libertar-se do genjutsu de Moso, graças a Chishima.
Choji e Naruto ajudam o dono de uma loja de ramen quando a filha deste é raptada por ninjas que querem apoderar-se das suas receitas secretas.
Anko lidera uma equipa composta por Naruto, Ino e Shino para destruir um monstro marinho que está a espalhar o caos na Nação do Mar.
Naruto recupera do mais recente ataque de que foi alvo com a ajuda de uma jovem chamada Isaribi. Anko e os outros encontram-se com oficiais do Nação do Mar.
Anko começa a lembrar-se de que já tinha visitado aquela ilha com o seu antigo mestre, e revela a verdade por detrás dos desaparecimentos.
Naruto e os outros conseguem por fim fugir da ilha, mas enfrentam outra batalha quando Amachi e o seu gangue atacam a frota do Nação do Mar.
Naruto ajuda os Ninjas da Aldeia Oculta na Folhagem numa batalha contra Amachi no mar. De repente, uma ameaça monstruosa emerge das águas.
Quando o homem mais rico Nação do Fogo visita Tsunade, Naruto toma conta do seu filho mimado e ensina-lhe uma lição importante.
Naruto, Kiba e Hinata recebem uma nova missão: procurar um tesouro enterrado a pedido de Agari Kaisen, o amigo de Tsunade.
Após escaparem da caverna, Naruto e os outros vão atrás dos Kedouin, mas estes já invadiram a Aldeia Oculta na Folhagem.
Naruto descobre que Jiraiya está a adiar o seu treino e decide ajudar Jiraiya a terminar de escrever o manuscrito, para que essa tarefa não seja uma distração.
A Aldeia Oculta nas Estrelas pede à Aldeia Oculta na Folhagem que guarde uma estrela com poderes misteriosos, que é cobiçada pelas Cinco Grandes Nações Ninja.
Naruto e os outros investigam o paradeiro da estrela roubada e começam a suspeitar de que os ladrões não vieram de fora.
A identidade do ninja mascarado que raptou Sumaru é revelada, e Tenten e Lee organizam uma missão para salvar o seu amigo.
Naruto e Natsuhi, a ninja mascarada, caem nas profundezas do vale. Enquanto trata das feridas de Naruto, Natsuhi explica porque roubou a estrela.
O corpo de Natsuhi começa a reagir aos efeitos da estrela. Ela defronta Akahoshi em desespero, mas a estrela cai nas mãos de Akahoshi.
Mesmo à distância, Sumaru sentiu mãe a morrer e parte na sua direção. Hokuto e Mizura arriscam as vidas para revelar a verdade por detrás do treino da estrela.
O cão ninja de Kiba apanha uma perigosa infeção durante uma batalha e começa a atacar os residentes de Konoha. É então que começa a busca por uma cura.
Enquanto Naruto treina na floresta, um ser misterioso agarra-se a ele e recusa-se a soltá-lo. Tsunade suspeita que possa ser o lendário Onbaa.
Enviados para serem seguranças num funeral, Naruto e Shino descobrem que a sua verdadeira missão faz parte de um pedido invulgar.
Enquanto protegem um grupo de mercadores numa missão, Choji, Hinata e Naruto veem um ameaçador fumo negro que parece ter origem no País dos Vegetais.
Quando questionam Yurinoshin e Shun, a equipa da Aldeia Oculta na Folhagem descobre a verdade por detrás da verdadeira identidade de Shun.
Naruto e os outros são atacados por Ruiga, o primeiro ninja maléfico, que consegue extrair água da terra e usá-la como arma.
Hinata chega para ajudar Naruto no seu combate contra o maléfico Jiga. Este último prova ser um inimigo poderoso, mas Hinata descobre-lhe um ponto fraco.
Naruto e Haruna correm para a cidade onde são confrontados por Renga, que ordena a Naruto que lhe entregue a princesa.
Uma princesa vai ver o seu noivo pela primeira vez. Como tem complexos com a sua aparência, contrata Ino para se fazer passar por ela.
Devido ao recente número de missões, Lee está preocupado com a regularidade dos seus treinos e decide abrir um dojo.
Quando a primeira-dama do Nação do Mel e a sua comitiva desaparecem, Naruto, Kiba e Hinata são enviados numa missão e chegam a um castelo sinistro.
Lee recebe más notícias na consulta médica, onde descobre que o seu chacra sofreu danos. Tsunade ordena-lhe que descanse.
Em busca de vingança contra o homem que derrotou o seu pai no passado, o aluno impostor e os seus irmãos aprisionam Guy recorrendo a um Jutsu peculiar.
Quando importantes planos da Aldeia Oculta na Folhagem são roubados, os Anbu desconfiam de um carpinteiro que foi simpático com Naruto.
Para perceberem os motivos de Genno, os Anbu fazem hipnose regressiva a Naruto, mas não conseguem extrair muitas informações.
Naruto e a equipa tentam a todo o custo recolher os planos que uma ave espalhou pela aldeia. Mais tarde, descobrem algo chocante na academia.
Naruto e os outros ficam chocados com a quantidade de bombas de papel que foram espalhadas pela aldeia e começam a desativá-las.
Naruto confronta Genno, que afinal está vivo. Shikamaru conclui que todas as armadilhas que encontraram não passavam de uma distração.
Neste peculiar episódio, os apresentadores Naruto e Sakura revisitam cinco batalhas épicas, entrevistam outros ninjas e recebem um convidado muito especial.
Na periferia da aldeia, Naruto encontra uma jovem a fazer um estranho desenho. Na aldeia, Kurenai renuncia ao papel de líder da Equipa 8.
Naruto sonha que Yakumo quer tornar-se ninja e que Kurenai ameaça selar o poder dela. Entretanto, ninjas misteriosos cercam a mansão.
Quando os homens do clã Kurama da Aldeia Oculta na Folhagem atacam, Kurenai desencadeia o seu genjutsu para proteger Yakumo.
A equipa regressa à aldeia para tratar das feridas de Kurenai e Yakumo, mas encontra a aldeia em ruínas.
Naruto vai ao estúdio de Yakumo, onde vê Kurenai numa situação desesperada. Yakumo debate-se com uma entidade maligna que está no seu subconsciente.
Naruto e Kiba são enviados para vigiar uma valiosa tigela de chá, mas o seu cliente teima em colocá-los em situações perigosas.
Gantetsu, um antigo membro de um gangue de ladrões ninja, pede uma escolta à Aldeia Oculta na Folhagem.
Naruto, Gantetsu e Todoroki escapam a um ataque e atravessam a floresta, onde sentem que algo de estranho está prestes a acontecer.
A relação entre Gantetsu e Todoroki é revelada. Entretanto, Sakura e Lee são rodeados por crianças que exigem o regresso de Gantetsu.
A Equipa da Folhagem reencontra-se por fim. Após um violento combate, Naruto consegue encurralar o inimigo, mas Akio, o irmão mais novo de Todoroki, é levado.
Naruto depara-se com um jovem ferido e amnésico. Naruto fica impressionado pela bondade do rapaz e insiste em querer que ele fique na aldeia.
Tsunade acha que Menma está ligado à Aldeia Oculta do Som, e Naruto e os outros viajam até ao Nação dos Campos de Arroz para verificarem as memórias dele.
Quando os furiosos aldeões se preparam para atacar Menma, os bandidos tornam a investir e acusam-no de ter traído o seu gangue.
Um grupo misterioso conhecido como os Quatro Celestiais rapta Matsuri, a candidata a ninja. Tsunade recebe um pedido de ajuda da Aldeia Oculta na Areia.
Shikamaru envia Shino, Hinata e Neji em busca do inimigo, enquanto o esquadrão Shikamaru aguarda o momento certo para atacar.
Embora Gaara pareça estar em vantagem sobre os adversários, está a ser lentamente conduzido a uma armadilha e fica preso no Jutsu secreto deles.
Gaara e Naruto encurralam Hoko, o último dos Quatro Celestiais, numa ravina. Ele revela que, outrora, os quatro foram shinobi da Aldeia dos Artesãos.
Gaara transforma-se em Shukaku e consegue uma vitória impressionante. Após a batalha, Naruto viaja com Jiraiya para treinar.