Naruto Shippuuden ocorre 2 anos e meio após Naruto ter ficado para treinar com Jiraiya. Após seu retorno, Naruto descobre que seus amigos shinobi's o superaram na classificação, e ele caiu para trás. No entanto, com apenas 6 meses para resgatar Sasuke, Naruto tem de enfrentar inimigos ainda mais perigosos. O plano da Akatsuki se revela lentamente e os perigos surgem mais do que nunca!
Após treinar com Jiraiya por mais de dois anos, Naruto retorna à Aldeia da Folha, onde logo reencontra Sakura e Konohamaru.
Kakashi testa Naruto e Sakura para avaliar o progresso deles. Enquanto isso, a Akatsuki chega à Aldeia da Areia para capturar o Jinchuriki.
Enquanto Naruto e Sakura demonstram suas novas habilidades, Deidara ataca a Aldeia da Areia e é confrontado por Gaara.
Naruto e Sakura se esforçam para passar no teste de Kakashi. Deidara e Gaara disputam uma batalha aérea.