Historia rozpoczyna się w grudniu 2199 roku, kiedy to ulice pełne są ludzi w napięciu oczekujących końca aktualnego stulecia oraz rozpoczęcia nowego. Pośród ogólnej radości rozchodzi się jednak plotka, że Ragna the Bloodedge (Ragna Krwawe Ostrze), rebeliant klasy-SS, czyli osoba, za której głowę wyznaczono najwyższą nagrodę, pojawił się w 13-tym Hierarchicznym Mieście Kagutsuchi. Rzekomym celem Ragny, zwanego też “Ponurym Żniwiarzem”, jest zniszczenie kontrolującego świat systemu. Aby zgarnąć nagrodę do Kagutsuchi przybywa barwna zbieranina niezrównanych wojowników.
