W 2024 roku ruiny Japonii zamieszkują surrealistyczne potwory, a ocalali ludzie walczą o przetrwanie. Kiruko postanawia spełnić ostatnie życzenie tajemniczej umierającej kobiety, by zabrać jej syna Maru do miejsca zwanego Niebem.
Po Wielkiej Katastrofie Japonia upadła. Kiruko podejmuje się zadania, by eskortować Maru do miejsca zwanego Niebem. Tymczasem za murem, w ośrodku pośród bujnej zieleni, mieszkają dzieci. Po otrzymaniu tajemniczej wiadomości Tokio zaczyna powątpiewać w otaczający go świat.
Maru i Kiruko zatrzymują się w tajemniczym pensjonacie i zapadają w sen. Po przebudzeniu ich oczom ukazuje się potworny widok spowity blaskiem księżyca. Tokio, który mieszka w ośrodku za murem, zaczyna coraz podejrzliwiej obserwować otaczający go świat. Shiro otrzymuje dziwną wiadomość.
Pięć lat temu w Asakusie Robin, Haruki i jego siostra Kiriko, która była kierowczynią wyścigową, spędzali beztroskie chwile, mieszkając w sierocińcu. Podczas wyścigów elektrycznych gokartów doszło do potwornego wydarzenia, a Haruki został postawiony w sytuacji bez wyjścia.
Po tym, jak Tokio widzi nienaturalnie wyglądające dzieci, zdaje sobie sprawę, że niewiele wie o otaczającym go świecie. Kiruko i Maru znajdują się w potrzasku, gdy łódź, którą podróżują, zostaje zaatakowana. Kiedy wszystko inne zawodzi, Kiruko musi wymyślić nową strategię.
Gdy Maru i Kiruko wracają do Tokio, okazuje się, że w ich okolicy pojawiło się wiele namiotów. Maru idzie do salonu gier, a Kiruko postanawia w pojedynkę zasięgnąć języka i słyszy przerażające plotki. W ośrodku stan Tarao się pogarsza, a dr Sawatari odkrywa zastanawiający ślad.
Maru i Kiruko poszukują Zakonu Nieśmiertelnych. Podczas wędrówki zatrzymują się w hotelu, który prowadzi Totori. Zostawiają dobytek i udają się na poszukiwanie wody zdatnej do picia. Na swojej drodze spotykają ciężko rannego mężczyznę. Tokio czeka spotkanie z nieoczekiwanym gościem.
Maru i Kiruko myślą, że odnaleźli lekarza oraz Zakon Nieśmiertelnych. Okazuje się jednak, że znaleźli się pośród członków wrogiej organizacji, która stanowczo sprzeciwia się leczeniu stosowanemu przez Zakon. Kiruko i Maru przyjmują zlecenie, ale Kiruko zaczyna tracić cierpliwość.
Po zgładzeniu pożeraczy ludzi Maru i Kiruko w końcu spotykają dr. Usamiego, który prosi ich o wykonanie trudnego zadania. Dr Usami prowadzi Maru i Kiruko do pomieszczenia, w którym czeka ich przerażający widok.
Maru i Kiruko odkrywają, że dr Usami ma przypinkę z symbolem tożsamym z logiem, które znajduje się na Kirukomiotaczu. Postanawiają podążać tym tropem, a po drodze spotykają tajemniczego informatora. W międzyczasie w ośrodku odbywa się nadzwyczajne zebranie.
Maru i Kiruko postanawiają udać się do ośrodka Akademii Takahara w Ibaraki. Po drodze chcą sprawdzić, czy dziecko Juichiego nadal żyje. Gdy docierają do Miasta za Murami muszą zmierzyć się z czymś zgoła innym, niż zakładali.
Maru i Kiruko jadą do ośrodka w Ibaraki autem pożyczonym od Juichiego. W szeregi akademii wstępuje nowa grupa z piątego roku. Mimihime zauważa, że dziecko imieniem Ohma jest bardzo samotne i próbuje się z nim zaprzyjaźnić. Jednak Ohma ma swoje powody, dla których unika pozostałych dzieci.
Maru i Kiruko docierają do dobrze rozwiniętego miasta, którym zarządza Ministerstwo Odbudowy.
Mimihime, Shiro, Anzu i Taka przechodzą przez dziurę, którą znaleźli w ścianie, poszukując odpowiedzi na zadanie otrzymane od nauczyciela. Kiruko zalewa się łzami po tym, czego dopuścił się Robin.
