Nasza historia skupia się na Shikim - chłopaku, który całe życie spędził pośród maszyn, w opuszczonym parku rozrywki, położonym w Królestwie Granbell. Nie miał on kontaktu z ludźmi przez ponad sto lat... aż park odwiedziła Rebecca, w towarzystwie kota Happiego. Na dokładkę dotychczasowy spokój naszego bohatera wywraca się do góry nogami, gdy okazuje się, że jego ojczyzna stała się niebezpiecznym miejscem z powodu buntu robotów. Z tego powodu, Shiki, wraz z nowo poznanymi towarzyszami, ucieka na statku kosmicznym w bezgraniczny kosmos.
Rebecca Bluegarden przybywa do niemal opustoszałego Królestwa Granbell. Jedynym człowiekiem zamieszkującym królestwo jest Shiki, który chce zostać jej przyjacielem.
W drodze na planetę Błękitny Ogród Rebecca zachęca Shikiego do wyrobienia legitymacji poszukiwacza przygód i prosi go, by miał oko na nią i Happy’ego.
Shiki traci nad sobą panowanie, gdy słynna B-kuberka Labilia wyśmiewa się z kanału, który prowadzi Rebecca. Legitymacja poszukiwacza przygód trafia w ręce Shikiego.
Na planecie Norma, gdzie czas zatrzymał się 50 lat temu, Happy i Rebecca spotykają Profesora Weisza, który kiedyś uratował Happy’emu życie.
Shiki i przyjaciele włamują się do kryjówki Sybira, aby odzyskać Pino, jednak Weisz wykorzystuje zamieszanie i usiłuje przywłaszczyć sobie androida.
Gdy bohaterowie usiłują zbiec z planety Norma, Weisz nieoczekiwanie oferuje im swoją pomoc — oczywiście nie za darmo.
Po wejściu na pokład Czaszkowej Wróżki Shiki staje oko w oko z Elsie Crimson, aby przejąć władzę nad pirackim statkiem.
Wiedźma informuje Shikiego, że został władcą Edens Zero, lecz dodaje, że statek nie odzyskał jeszcze pełni mocy.
Podczas gdy Shiki i pozostali ruszają na odsiecz Rebece, Weisz powraca na Edens Zero z tajemniczą kobietą imieniem Homura.
Homura używa Ostrza Dusz, aby rozprawić się z wojownikami Siostry, a Rebecca planuje ucieczkę z Wieży Illega.
Chronofag jest coraz bliżej planety Guilst. Shiki jest zdegustowany, widząc, jak Siostra używa Jinna jako tarczy. Nieoczekiwanie zjawia się druga Siostra!
Wiedźma i Siostra Ivry wreszcie się spotykają, a Homura ujawnia prawdziwy powód przybycia na Edens Zero.
Załoga znajduje Eremitkę na Żelaznym Wzgórzu i dochodzi do wniosku, że przyczyną jej odbiegającego od normy stanu uśpienia jest złamane serce.
Załoga wkracza na wirtualną planetę Digitalis, by szukać Eremitki, ale kiedy ją znajduje, uparcie odmawia ona powrotu do Edens Zero.
Homura oświadcza, że dołącza do Drakkena Joego. Shiki i pozostali członkowie załogi są wstrząśnięci, gdy nieoczekiwanie pojawia się druga Homura.
Pajączek włamuje się do systemu Edens Zero i zaczyna niszczyć statek od wewnątrz. Tylko Eremitka jest w stanie go powstrzymać.
Aby znaleźć czwartą Lśniącą Gwiazdę Króla Demonów, Shiki i reszta załogi udają się na Mildian – Planetę Czasu.
W Koloseum Bitewnym Xiaomei mówi Shikiemu i reszcie załogi, że udzieli im informacji, które chcą otrzymać, ale pod warunkiem że pokonają swoich przeciwników.
Po otrzymaniu od Xiaomei niezbędnych informacji Edens Zero kieruje się na planetę Sun Jewel, aby Homura spotkała się ze swoją mistrzynią.
Shiki i Homura trafiają do dystryktu pracy, gdzie muszą wydobywać cenny metal dla kogoś zwanego madame Kurenai.
Nino prowadzi Rebeccę, Pino i Happy’ego do dystryktu pracy, gdzie spotykają mężczyznę imieniem Paul. Mówi on, że jest uczniem Walkirii.
Gdy Homura była dzieckiem na rozdartej wojną planecie, Walkiria ją przygarnęła i wychowała jak własną córkę.
Shiki i jego przyjaciele stają oko w oko z madame Kurenai. Homura jest przygnębiona, gdy widzi Walkirię. Drakken Joe włamuje się do Oculus Kurenai.
Dzięki bitewnemu kombinezonowi Weisza Baku zostaje łatwo pokonany. Shiki walczy ze sterowanym przez madame Kurenai Smokiem Kurenai, a Rebeka – z Ninem.
Gdy bitwa między Smokiem Kurenai a Shikim dobiega końca, Shiki i jego przyjaciele wracają do Edens Zero. Mają do przekazania złe wieści.
Po pokonaniu Madame Kurenai i opuszczeniu planety Sun Jewel, Shiki i jego towarzysze kontynuują podróż i próbują zinfiltrować Belial Gore, ogromny miejski pancernik Drakken Joe, który atakuje Edens Zero.
Shiki i jego gang są przekonani, że udało im się zinfiltrować Belial Gore, ale Drakken Joe był świadomy każdego ich ruchu i wysyła swoje elitarne siły wojskowe, Element 4, aby zlikwidować grupę Shiki.
W Belial Gore Weisz zakłada kombinezon Arsenal w walce z Duchem Wody Żywiołu 4, Laguną. Trudno mu jednak zdobyć przewagę z powodu różnych wodnych ataków Laguny.
Chociaż Rebecca i Happy udają się do Belial Gore, aby dostarczyć lekarstwo rannemu Weiszowi, zostają znalezieni przez Sylph of the Wind i schwytani. Shiki, Homura i Pino otrzymują wiadomości od Rebeki i udają się do doków załadunkowych, ale okazuje się, że Rebeki tam nie ma, a na jej miejscu jest Sylph z Elementu 4 i inny "zaskakujący" osobnik.
Chociaż Shiki i Homura chcą jak najszybciej dostarczyć lekarstwo Weiszowi, zmagają się z atakami Sylph of the Wind i jego asystenta, Jinna.
Rebecca jest zdruzgotana śmiercią Shiki, a Drakken Joe w końcu wyjaśnia jej szczegółowo, co chce od niej wydobyć. Najwyraźniej ma ona bardzo szczególny Ether Gear.
Gdy jej moce Ether Gear zostają aktywowane, Rebecca cofa się w czasie do momentu przed infiltracją Belial Gore i oferuje informacje Shiki. Mistrz Noah pojawia się przed Shiki i gangiem, gdy przybywają do kryjówki Drakkena i mówi, że ma wiadomość dla Rebeki.
Przebierając się w strój bojowy, Hermit walczy ze snajperem Elementu 4, Fie. Sister walczy z Daichim z Ziemi, Homura z Sylph z Wiatru, a Witch z Laguną z Wody. Tymczasem Shiki i jego gang nacierają w kierunku kryjówki Drakkena.
Shiki i gang zdobywają tajną wskazówkę na temat Drakken Joe. Gdy omawiają strategię następnego działania, zauważają, że coś jest nie tak z Labilią... Nagle pojawia się Drakken Joe, wyczuwając reakcję Etheru. Rozpoczyna się pojedynek między Shiki i Drakkenem!
Zaciekła walka między Shiki i Drakkenem trwa. Drakken aktywuje swój Overdrive, aby obezwładnić Shiki, ale nagle pojawia się Arsenal!
"Przeżyłeś już wystarczająco dużo, czas spać", mówi Shiki, który osiągnął Overdrive i pokonał Drakken Joe. Jednak gniew Weisza nie ustępuje, staje nad nim i celuje w ledwo żywego Drakkena Joe.
Zanim wyruszą poza kosmos w poszukiwaniu Matki, Bogini Kosmosu, Edens Zero odwiedza Granbell na prośbę Shiki, gdzie dochodzi do nieoczekiwanego spotkania.
Edens Zero zostaje osaczony przez Edens One, a Shiki i załoga zostają uratowani w ostatniej chwili przez kosmiczną piratkę Elsie Crimson. Po bitwie Elsie wchodzi na pokład Edens Zero i rozmawia z Shiki o czymś, o co Ziggy poprosił ją dawno temu.
Shiki i jego grupa przedostają się przez Dragonfall i docierają do Aoi Cosmos, który jest rządzony przez Posejdona Nero z Oración Seis Galáctica, i lądują na ognistej planecie, Red Cave, zgodnie z sugestią Witch. Planeta jest przepełniona wodnym eterem i jest środowiskiem, które jest dalekie od "ognistej planety" pokrytej oceanem. Gdy załoga Edens Zero cieszy się krótkimi wakacjami nad oceanem, odkrywa miasto pod wodami...!
W świątyni ozdobionej płaskorzeźbami Matki, Shiki i grupa spotykają Nadię, strażniczkę świątyni. Dowiadują się od Nadii, że na drugim końcu świątyni znajdują się wskazówki dotyczące odnalezienia Matki, ale gdy zapuszczają się w głąb świątyni, znajdują płonącą jaskinię...
Z pomocą Laguny, Shiki i gang uzyskują wskazówkę dotyczącą odnalezienia Matki i opuszczają Red Cave w kierunku Verdant Planet Foresta. W międzyczasie, piracki gang Elsie, przemierzający kosmos Aoi na statku Skull Fairy, jest ścigany przez Justice of the Cosmic Government's Interstellar Union Army.
Roboty atakują statek, a Jin, Kleene i Laguna muszą bronić swoich nowych sojuszników. Tymczasem na planecie Shiki i pozostali stają twarzą w twarz z Posejdonem Nero, który otrzymał rozkaz wyeliminowania wszystkich robotów.
Shiki konfrontuje się z Orkiem z Drużyny Komandosów Posejdona Nero "Bestia". Ork mówi Shiki, że otrzymali rozkaz od Nero i mają misję oczyszczenia planety, która była pod kontrolą Ziggy'ego.
Bitwa w Foresta toczy się dalej. Rebecca próbuje trochę poeksperymentować z użyciem Cat Leapera, ale Hermit spotyka kogoś ze swojej przeszłości, co powoduje, że ponownie przeżywa pewne traumy.
Bitwa w Foresta szaleje, a Elsie wkracza do akcji, by pomóc Shiki, gdy Justice odcina mu drogę.
System Zagłady zostaje aktywowany i cała Foresta jest w niebezpieczeństwie.
Teraz, gdy wszyscy wrócili na statek, Shiki przedstawia Xenolitha, który ma pewne niepokojące stwierdzenia, które wpływają na Shiki i jego towarzyszy. Tymczasem Oceans 6, grupa Posejdona Nero, zbiera się i przygotowuje do następnego ruchu.
Pod kierunkiem Xenolitha, Shiki i jego przyjaciele przechodzą "trening zniewolenia" VR, aby przezwyciężyć spadek poziomu eteru, gdy są skrępowani. Podczas tego treningu nagle pojawia się Ziggy i rani Rebeccę grawitacją, rozwścieczając Shikiego i powodując, że wyrywa się ze swoich ograniczeń.
Po ogłoszeniu przez Posejdona Shurę "Dnia Sądu", Shiki i jego przyjaciele postanawiają wymyślić sposób na kontratak. Laguna podsuwa pomysł, który przeniesie Edens Zero na pustynię planety Sandra.
Byli towarzysze Shiki i Laguny przygotowują się do ataku na Nero i próbują powstrzymać Orca przed umieszczeniem bomb na planecie.
