Kenji Fujikido is een salarisman wiens vrouw en kind zijn omgekomen in een ninjaoorlog. Fujikido wordt geconfronteerd met zijn eigen dood en wordt bezeten door een raadselachtige ninjaziel die bekend staat als Naraku Ninja. Fujikido bedriegt de dood en wordt 'Ninja Slayer': Magere Hein die voorbestemd is om kwaadaardige ninja's te doden en een persoonlijke wraakoorlog voert. Ninja Slayer speelt zich af in de dystopische onderwereld van Neo-Saitama en neemt het op tegen de ninja van het Soukai Syndicate in een dodelijke strijd.
