Een jonge Taiwanese huurmoordenaar met de codenaam 'Glass Heart' pleegde zelfmoord door van een gebouw te springen, en haar hart werd doorboord door een metalen hek. Wonder boven wonder werd haar leven gered door een harttransplantatie. Tijdens haar herstel begon ze vreemde dromen te ervaren, die haar naar Japan brachten op zoek naar de donor van haar hart, die toevallig Kaori Makimura is, voormalig partner van City Hunter Ryo Saeba. De auteur vermeldde in het eerste tankoubon-deel dat Angel Heart alleen dezelfde karakters van City Hunter deelt, maar niet de voortzetting ervan. De gebeurtenissen bevinden zich allemaal in een parallel universum en hebben daarom niets met City Hunter te maken.
