Veertien jaar nadat hij de onsterfelijke krijger Himuro Genma heeft verslagen en de kwaadaardige plannen van de Dark Shogun heeft gedwarsboomd, blijft Kibagami Jubei als een meesterloze zwaardvechter door Japan dwalen. Tijdens zijn reis ontmoet hij Shigure, een priesteres die nog nooit de wereld buiten haar dorp heeft gezien. Maar wanneer een groep demonen het dorp vernietigt en iedereen doodt, wordt Jubei een belangrijk doelwit nadat hij het Drakenjuweel heeft verworven: een steen van onbekende oorsprong. Ondertussen reist Shigure, vergezeld door de monnik Dakuan en een jonge dief genaamd Tsubute, naar Yagyu Village. En nu twee demonenclans op Shigure jagen, moet Dakuan opnieuw de hulp van Jubei inroepen om de Priesteres van het Licht te beschermen.
