갑작스레 모습을 드러낸 미지의 생명체 "가도르"에게 인류가 멸망할 위기에 처한 지 오랜 세월이 흘렀다. 살아남은 자들은 "가도르"의 위협에서 몸을 지키기 위해, 전체 높이 3000M의 거대한 이동요새 "데카당스"를 짓고 나날을 보내고 있었다. "데카당스"에 사는 자들은 하루 내내 "가도르"와 싸우는 전사들인 "기어"와 싸울 힘을 가지지 못한 "탱커"들. 가도르와 싸우는 전사 "기어"를 동경하여 스스로 "기어"가 되는 것을 꿈꾸는 "탱커" 소녀 나츠메는 어느 날 무뚝뚝한 데카당스 장갑 수리인 카부라기와 만난다. 꿈을 포기하지 않고 앞으로 나아가는 소녀와 꿈을 포기한 현실주의자 남성. 일견 정반대로 보이는 두 사람의 만남은 드디어 이 세계의 미래를 크게 흔들게 된다.
먼 미래, 미지의 생물 '가돌'의 침공으로 절멸 직전에 내몰린 인류는 이동 요새 '데카당스' 내부에서 생활하면서 필사의 저항을 계속하고 있었다. 어릴 적부터 전사들을 동경하며 자란 소녀 나츠메는 현실주의자에 무기력한 장갑 수리인 카부라기의 옆으로 배속되어 청소에 쫓기는 나날을 보낸다. 그러던 어느 날 작업 중에 '가돌'과의 전투에 휘말려버린 나츠메가 본 광경은. 차례차례로 '가돌'을 쓰러트리는 카부라기의 모습이었는데.
무시무시한 실력으로 가돌을 쓰러뜨리는 카부라기와 태어나서 처음으로 경험하는 전장에서 정신을 차리지 못하는 나츠메. 한편, 나츠메를 비롯한 인류는 알지 못하는 숨겨진 세계의 정체가 드러나는데......
카부라기에게 '가돌'과의 전투 방법을 배우는 나츠메. 한때 일류전사였던 카부라기의 엄격한 특훈에도 굴하지 않고 나츠메의 실력은 단기간에 비약적으로 성장하는데.
도망친 파이프를 쫓아서 전장에 뛰어든 나츠메는 처음으로 '가돌'과 싸우게 된다. 처음엔 패닉에 빠지는 나츠메였지만 곧 카부라기의 가르침을 떠올리는데.
필패가 예정된 싸움의 막이 오른다. '파워'의 전사들과 함께 출격한 나츠메였지만, 사기 수준으로 강한 '가돌' 앞에서는 손쓸 방법이 없었다. 그런 절체절명의 위기에 빠진 나츠메를 구한 것은 카부라기였는데.
관리자에게 붙잡힌 카부라기는 버그로 판정된 사이보그들이 수용된 버그 교정 시설로 보내진다. 그곳에서 다시 만난 것은 예전 동료이자 친구였던 도나텔로와 터키였는데.
나츠메를 만나기 위해 데카당스에 로그인한 카부라기. 하지만 그곳은 격렬한 전장이 되어 있었고 드디어 탱커들의 거주 구역까지 '가돌'의 침입을 허용하게 되는데.
도나텔로 일행에게 협력을 요청한 카부라기는 '가돌' 공장을 파괴하기 위해 다시 한번 데카당스에 로그인한다. 하지만 경계를 강화한 '게임 경찰'이 그 앞을 가로막는데.
실드를 돌파해서 '가돌'공장 잠입에 성공한 카부라기와 나츠메. 하지만 그곳에서 일행을 배신한 터키의 밀고로 일행을 기다리고 있던 후긴과 무닌을 맞닥뜨리는데.
모든 '가돌'이 전멸해 가는 가운데 데카당스의 정체를 알게 된 나츠메는 큰 충격을 받는다. 카부라기는 이어서 '시스템'자체를 셧다운 하려고 하는데.
'게임 경찰'에게 습격당해 위험할 뻔한 순간에 카부라기 덕분에 목숨을 건진 나츠메. 하지만 새롭게 출현한 '가돌'과 테카당스의 격렬한 전투가 시작되면서, 다시 총력전에 돌입하게 되는데.
데카당스와 초거대 '가돌'의 최종 결전이 시작됐다. 화력이 부족해 열세에 몰린 데카당스의 앞에 나타난 것은 도나텔로를 비롯한 게임 플레이어들이었는데.
