돌로 변한 사람들. 세상은 그렇게 멈춰 버렸다. 그러나 절망 속에도 한줄기 희망이 살아있었으니. 과학 천재 소년 센쿠와 체력왕 타이주가 어둠을 깨고 분연히 일어난다. 문명의 재건을 위하여.
인류가 200만 년간 쌓아 올린 문명이 멸망하고 모두가 돌로 변한 '스톤 월드'. 그곳에서 초인적인 두뇌와 과학의 힘으로 문명을 만들어내는 '센쿠'와 무력으로 과학을 제압하려는 '츠카사'가 대립한다. 츠카사 제국과의 전쟁에 대비하기 위해 센쿠는 '휴대 전화'와 '우주식'을 만들고 극비 작전을 실행하려 하는데…
과학 왕국이 만든 현대전 최강 무기 '휴대 전화'. 센쿠와 과학 왕국민들은 본격적으로 휴대 전화 이동 작전에 돌입한다. 전화기를 옮기는 크롬팀이 들키지 않도록 음향 폭탄으로 감시자의 귀를 빼앗고, 섬광탄을 이용해 눈을 빼앗는다. 그리고 블랙 라이트를 이용해서 감시자의 뒤를 밟으며 차근차근 계획을 진행해 나가는데…
타이주와 유즈리하는 무사히 수화기를 발견하고 센쿠와 통화를 한다. 1년 만의 통화에 타이주는 감격하지만 감시자가 지켜보는 상황이라 회포를 풀 시간은 없다. 센쿠가 츠카사군 중 1명을 수화기 앞으로 데려오라고 하자, 타이주와 유즈리하는 감시자 '닛키'에게 말을 건다. 한편, 무사히 전화기를 묻은 크롬 일행은 츠카사군인 '우쿄'에게 쫓기고 있는데…
과학 왕국은 릴리안의 노래로 닛키를 동료로 만들고 더 많은 사람을 끌어오기 위해 세밀한 작전을 세운다. 하지만 이번 휴대 전화 작전의 가장 큰 걸림돌은 엄청난 청력의 소유자 '우쿄'다. 우쿄를 속이지 못하면 휴대 전화 작전은 수포가 될 수도 있다. 하지만 크롬 일행을 쫓고 있던 우쿄는 결국 크롬을 생포해서 츠카사 앞으로 데려가는데...
센쿠는 모두를 데리고 크롬을 구하러 가기 위해 자동차 '스팀 고릴라호'를 만든다. 하지만 자동차에 태우려 했던 노인들은 젊은이들의 발목을 잡기 싫다며 마을에 남기로 한다. 과학 왕국민들은 노인들을 위해서라도 이기고 돌아오겠다고 다짐한다. 한편, 간신히 목숨을 건진 크롬은 함정으로 둘러싸인 감옥에 갇혀 있는데...
전차를 완성한 과학 왕국은 크롬 구출 작전을 실행하기로 한다. 하지만 크롬을 가둬놓은 츠카사는 감옥 앞에 함정을 파놓고 센쿠가 쳐들어오기만을 기다린다. 적들의 작전을 알게 된 크롬을 동료들이 위험한 함정에 빠지지 않게 스스로 탈옥하기로 결심한다. 하지만 탈옥할 도구가 아무것도 없자 일단 닥치는 대로 아무 재료나 모으기 시작하는데...
크롬이 혼자 힘으로 탈옥하면서 과학 왕국은 더 유리한 입장에서 전투를 준비할 수 있게 됐다. 그들이 준비하는 마지막 결전은 '기적의 동굴 쟁탈전'. 과학 왕국은 기적의 동굴을 손에 넣기 위해 차근차근 전투 준비를 하는 한편, 전화를 이용해 츠카사군을 포섭해 간다. 하지만 릴리안을 이용한 포섭 작전이 눈속임이었다는 걸 우쿄에게 들키고 마는데...
드디어 과학 왕국은 모든 준비를 끝내고 '기적의 동굴' 탈환 작전에 들어간다. 과학 왕국의 작전은 전차로 적을 패닉에 빠트린 후 20초 안에 기적의 동굴을 제압하는 것. 하지만 그 작전에는 '아무도 죽지 않을 것'이라는 조건이 붙어 있다. 하지만 과학 왕국은 절대적으로 불리한 숫자에도 굴하지 않고 센쿠의 과학을 믿고 돌진하는데...
과학 왕국의 배틀팀은 센쿠와 크롬이 과학의 무기를 만들어낼 때까지 츠카사와 효가를 막아내겠다고 다짐한다. 그들이 죽을힘을 다해 적의 발목을 잡는 동안 크롬은 황산이 남은 걸 발견해서 센쿠에게 넘긴다. 센쿠는 황산을 질산에 섞고 글리세린이 가득 든 비누를 이용해서 과학의 무기 '니트로글리세린'을 만들어내는데...
미라이의 부활을 정전의 조건으로 내건 센쿠는 신중하게 부활액을 붓는다. 모두 숨죽이며 지켜보던 그 순간, 뇌사 상태였던 미라이가 부활액의 힘으로 완벽하게 깨어나서 츠카사와 재회한다. 그렇게 양측은 정전에 들어갔지만, 얼마 못 가 기적의 동굴이 붕괴하는 폭발음이 들린다. 상황을 파악한 센쿠는 효가에게 달려가고, 효가는 미라이를 향해 창을 뻗는데...
센쿠가 츠카사와의 콤비 플레이로 효가를 제압하면서 마침내 츠카사 제국과 과학 왕국의 전쟁이 끝났다. 과학 왕국은 평화를 되찾았지만, 효가의 창에 맞은 츠카사는 장기가 손상돼서 죽음을 앞두고 있다. 츠카사를 이대로 보낼 수 없는 센쿠는 츠카사를 살릴 길을 찾기 위해 노력하는데...
