주인공 햣키마루(百鬼丸)는 태어나기도 전에 친부가 그 육체를 요괴들에게 팔아버린 남자이다. 때문에 신체의 48개 부분이 결손된 상태로 태어났으며 강가에 버려진 것을 쥬카이라는 의사의 손에 거두어져 결손된 부분을 기계로 대체한다. 요괴들에게서 몸을 되찾기 위해 여행하던 햣키마루는 꼬마 도적 도로로를 만나고 함께 다니게 되는데...
때는 전국. 다이고 국의 주인 카게미츠는 영지의 번영을 위해 귀신과 거래하고, 대가로 자신의 태어난 자식을 내준다. 때는 흘러 어느 날, 어린 도둑 도로로는 요괴의 습격을 받고 있던 것을 수수께끼의 소년에게 도움 받는다. 그 소년의 신체는, 이곳도 저곳도 만들어져 있는 것이었다.
도로로와 햣키마루는 반다이라고 하는 여성이 다스리는 마을을 방문한다. 햣키마루는 웬일인지 갑자기 그녀를 앞에 두고 칼을 빼들어 마을사람들에 의해 토장에 갇혀버린다. 그러자 토장에는 선객이 있는데...
의사 쥬카이는 각지를 돌아다니며 전쟁에서 상처받은 사람들에게 의수와 의족을 주고 있었다. 어느 날 그는 신체 곳곳이 결핍된 아기를 강에서 주워, 인공 몸을 주고 키운다. 「햣키마루」라고 이름 붙여진 그 소년은, 스스로의 몸을 되찾는 여행을 떠난다.
도로로와 햣키마루는 사람을 베는 타노스케와 대치한다. 그가 휘두르는 칼은 귀신이 깃든 저주 받은 요도였다. 가까스로 타노스케를 물리치고, 요도가 도로로의 손에 넘어가자 도로로는 요도에 조종당하고 만다.
낯선 소리에 시달리다 요괴와의 싸움으로 상처를 입은 햣키마루는 미오라는 소녀를 만난다. 그녀는 싸움에 부모를 잃은 아이를 돌보고 있고, 햣키마루도 신세를 지게 되었다. 하지만 근처에 오니가 있다는 것을 안 햣키마루는 상처가 아물기도 전에 퇴치에 나선다.
귀신으로부터 목소리를 되찾지만, 다리를 빼앗겨 버린 햣키마루. 황폐한 절로 돌아가 상처를 치유한 후, 다시 귀신에게 도전하러 나선다. 한편, 미오 일행이 기다리는 황폐한 절에서는...
거미 요괴 조로구모는 햣키마루로부터 받은 상처를 치유하기 위해, 인간으로 모습을 바꾸어 야지로라고 하는 청년을 이용한다. 조로구모를 놓친 도로로와 햣키마루는 들린 마을에서 인질극이 난다는 소문을 듣는다.
어느 마을에서는 먹구름을 두른 지네 귀신을 달래기 위해 젊은 처녀를 제물로 바치는 풍습이 있었다. 누나가 제물이 된 소년 사루와 함께 햣키마루는 도로로와 협력해 귀신에 맞선다.
감기로 열에 가위눌리는 도로로. 몽롱한 가운데 석산을 본 도로로는 아버지 히부쿠로와 어머니 오지야와의 지난날의 일들을 떠올린다.
다이고 영지의 한 마을에서는 마을 사람들이 호수에 사는 요괴의 희생이 되고 있었다. 타호마루는 측근인 효우고, 무츠와 함께 마을 사람들을 위해 요괴의 퇴치를 자청한다.
다이고령으로 들어간 도로로과 햣키마루는 국경의 채적지에 남아 있는 한 장의 거대한 담장 [반문]의 존재를 듣는다. 햣키마루는 반문에 나타나는 여우의 귀신과 대치한다.
자신의 자식을 귀신에 내민 카게미츠. 빼앗긴 몸을 되찾으려 하는 햣키마루. 지금 두 사람은 운명에 이끌린듯 마주보고 있다.
다이고령에서 나온 도로로는 폭포 뒤에 우뚝 솟은 거대한 부동명왕상을 본다. 이 부동의 정체는 인간의 얼굴을 모아 자기 것으로 만드는 요괴였다.
도로로와 햣키마루는 방문한 불탄 절터에서 주위를 다스리는 사바메라는 남자를 만난다. 사바메의 저택에 초대되어 불탄 절과 요괴의 이야기를 듣게되고 수상한 점을 느끼는데...
사바메는 자신이 다스리는 땅을 지키기 위해 귀신에게 사람을 먹이고 있었다. 햣키마루는 다시 나방의 귀신과 대치한다. 그 무렵, 창자에 갇혀있던 도로로는...
도로로는 이타치의 손에 이끌려 히부쿠로가 돈을 숨겼다고 하는 곶으로 향한다. 곶으로 건너가기 위한 배를 찾는 도중 한쪽 팔의 소년, 시라누이가 말을 건다.
쥬카이는 전쟁터에서 피투성이가 된 햣키마루와 재회해, 햣키마루가 빼앗긴 신체와 귀신의 관계를 알게 된다. 새로운 의족을 원해 쥬카이에게 요구하는 햣키마루였는데...
상어 귀신이 포효하고, 꼼짝 못하는 도로로를 덮친다. 그 무렵, 곶에는 타호마루가 이끄는 군세가 다가오고 있는데...
도로로와 햣키마루는 부러진 칼을 바로잡기 위해 무네츠나라는 도공이 사는 마을을 찾는다. 무네츠나의 집에 향하자, 딸 오코와의 마중을 받는 것이었다.
요괴를 찾아 산길을 걷던 도로로와 햣키마루는 주사위 눈의 사부로타라 하는 소년을 만난다. 자신도 요괴를 노리고 있다고 말하는 사부로타와 함께 퇴치에 향하는 것이었다.
다이고 카게미츠는 이웃나라 아사쿠라와의 전쟁 준비를 진행시키고 있었다. 햣키마루가 다이고령으로 향하고 있다는 소식을 들은 카게미츠는...
다이고의 성에 끌려가 감옥에 갇힌 도로로. 그 옥 앞에 누이노카타가 나타난다. 한편, 도로로와 몸을 되찾아 다이고에 향하려는 햣키마루의 배후에는 요괴화 된 미도로호가 서 있는데....
햣키마루는, 귀신의 힘을 깃들인 타호마루, 무츠, 효고와 대치한다. 달려온 도로로, 누이노카타, 비와마루는, 다이고의 장래를 둘러싼 무시무시한 싸움을 목격하게 된다.
불길에 휩싸이는 다이고 성. 운명에 농락당하는 피를 나눈 형제. 도로로, 주카이, 누이노카타는 각각의 생각을 가슴에 품고 성으로 향한다. 갓난아이의 첫 울음소리조차 내지 못한 그 생명이 다다른 곳은 과연...
