전설에 따르면, 인어고기를 먹으면 불로불사의 힘을 얻을 수 있다고 한다. 하지만, 먹는 즉시 죽음에 이르게 하거나 괴물로 변할 가능성이 훨씬 더 크다고 한다. 인어의 숲은 우연히 인어 고기를 먹고 500년 동안 살아왔던 불사신 유타의 이야기를 담고 있다. 유타는 치료법을 찾기 위해 일본 전역을 떠돌며 인어 고기에 의해 삶이 망가진 다른 사람들을 만난다. 불로불사의 상징 인어. 그 인어의 고기를 먹어 늙지도 않고 죽지도 않은 채 500년이나 살아 온 남자 유타의 절망과 희망. 인간에게 주어진 생명의 존엄함을 그리는 연작 전기 로망설화.
정체불명의 떠돌이 청년 유타는 인어를 찾기 위해 '모소리 곶'으로 향한다. 인근의 어민들은 사람이 아무도 살지 않는 곳이며, 지형도 험한 곳이라며 만류하지만 유타는 인어를 찾는다는 의미심장한 말 한마디만을 남기고 사라진다. 그곳에는 어느 외딴 시골마을이 있었고, 마을에는 마나라는 소녀가 살고 있는데, 소녀를 양육하는 할멈과 마을 여자들은 마나를 불순한 의도로 그동안 양육했음이 드러나는데…
시대는 몇 백년 전, 어느 외딴 지역에 토바와 사카가미라는 두 해적촌 마을이 있었다. 토바 섬의 주민들은 지나가는 상선들을 붙잡아 통행세를 명목으로 상습적으로 상품 일부를 갈취할 뿐이지만 사카가미 섬은 지나가는 상선을 습격해 모두 죽여버리고 모든것을 빼앗아 전리품으로 취하는 흉악집단이었다. 어느날 토바섬으로 정체불명의 남성 한명이 바다로 떠내려 오는데...
린과 유타는 린의 아버지를 구하기 위해 인어를 찾으러 바다로 떠나게 되고, 결국 인어를 발견하지만 몰래 뒤따라오고 있던 사카가미 섬의 해적들이 던진 작살에 유타가 살해당하고 인어는 빼앗기게 되는데…
유타와 마나는 길을 가다 버려진 고양이 한마리를 만난다. 이후 계속된 여행에 지친 유타는 잠시 낮잠에 빠지는데 마나는 그 사이 여기저기를 방황하다 도로에서 트럭에 치여 사망하게 된다. 잠에서 깨어난 유타는 마나를 찾아 마을을 뛰어다닌다. 마을 경찰에게 차에 치인 젊은 여자가 후송되었다는 사실을 알게된 후 시나 선생이 운영하는 병원에 찾아가지만, 시나 선생은 환자(마나)는 원래 가벼운 찰과상이었는데 잠시 한눈을 판 사이 도망을 가버렸다고 말하는데…
토와는 마나의 목을 자르고 자신의 목을 붙이는 수술을 하려 했으나, 시나 선생은 지금껏 해왔던 짓은 죽은 사람이었기에 가능했고, 살아 있는 사람을 죽이는 살인행위는 할 수 없다며 망설이게 된다. 그래서 자신이 직접 수술을 진행하려던 찰나에 사와가 인어의 무덤으로 안내할테니 마나를 죽이지 말아달라고 부탁하게 되고 결국 가문의 비밀이었던 인어의 무덤으로 향하게 되는데…
유타와 마나는 길을 가던 도중 호랑나비 한마리를 보게 된다. 마나는 무리하게 나비를 잡으려 하고, 유타는 마나를 말리려다가 실수로 둘다 낭떠러지에 추락해 죽게 된다. 그 뒤 마나는 얼굴을 붕대로 감고 덩치는 거대하며 눈이 비정상적으로 큰 거인에게 납치되며, 유타는 홀로 방치되어 있다가 지나가던 사냥꾼 할아버지에게 발견되어 염불을 외던 중 부활하게 된다. 유타는 자신은 인어고기를 먹어 이런 몸이 되었다는 사실을 알려 주고 같이 있던 여자를 못 봤냐고 묻고, 할아버지는 아마 여자는 왕눈깔 이라는 괴물에게 잡아먹혔을지도 모른다는 말을 하며, 다음날에 같이 찾으러 가보자고 하는데…
유타는 그가 120세 무렵에 만났던 나츠메라는 소녀를 만났던 일을 회상한다. 나츠메는 어렸을 적 인어 고기를 먹어 불로불사의 힘을 얻은 소녀였다. 사실 나츠메는 인어의 고기를 먹은 아이가 아니라 죽은 아이의 뼈(유골)를 모아서 만들어진 아이였다. 수년 전 전쟁이 한창일때 근처 마을들을 공양하러 돌아다니던 중이 한 남자를 만났는데 유골을 끌어안고 있는 모습이 안타까워 남자를 절로 불러 그 남자앞에서 '반혼의 비술' 이라는 주술을 사용하여 유골만 남은 여자아이를 사람의 모습으로 되돌린 것이었는데…
유타 일행은 강변에서 야영을 하던 중, 무언가를 짊어지고 강가로 향하는 어린 소년을 만난다. 어린 소년의 이름은 나나오로, 찰과상을 입고 상처를 물에 씻는 중이었다. 나나오는 자신은 괜찮다며 정체불명의 가루약을 먹는데, 먹는 즉시 모든 상처가 낫는것을 보고 놀라며 유타와 마나는 나나오를 추궁하는데…
마나와 나나오는 어머니가 들어갔다가 사라진 창고를 뒤지게 되는데, 마나는 그곳에서 수술도구와 어머니가 입고 있었던 옷, 그리고 벗겨진 얼굴가죽을 발견하게 된다. 하지만 얼굴을 바꿔 쓴 어머니에게 들키고 말았고, 어머니가 휘두르는 도끼에 마나가 부상을 입는다. 하지만 마나의 불굴의 투혼으로 마나는 반격에 성공하고 나나오를 데리고 황급히 창고 밖으로 도망치기 시작하는데…
유타는 마나와 함께 성묘를 하기위해 미사키 마을로 향한다. 동내의 경찰에게서 길 안내를 받아 마을의 묘지로 향한 유타는 향을 피우며 60년전의 추억을 떠올린다. 그 묘지는 60년전 유타가 신세를 졌던 집안의 아가씨 나에를 위한 묘비였고 유타는 과거의 추억에 잠기지만 마나는 그 모습이 영 못마땅한듯 지루하다는 말을 하며 홀로 산책을 떠난다. 길을 가던 마나는 경호원으로 보이는 남자가 난폭한 개 두마리를 이끌고 어느 아가씨를 난폭하게 제압하는 광경을 보게 되고, 경호원을 말리려던 마나는 경호원에게 구타당하지만, 아가씨가 바위로 경호원의 뒤통수를 내리쳐 경호원을 살해한다. 곧 리무진 차량이 등장하게 되고 이어 나타난 경비원들은 아가씨의 살인에 대해서는 아무런 문제를 삼지 않으면서도 목격자인 마나에게 달려드는데...
붉은 계곡으로 향하던 유타와 소키치는 과거의 일에 대해 실랑이를 벌이는데, 소키치는 왜 유타에게 만나자는 신호를 남기고도 나에를 만나지 않았냐고 질책한다. 하지만 그 신호는 유타가 남겼던 신호가 아니었고, 나에는 누군가가 조작한 신호에 속아 붉은 계곡으로 갔었던것이 밝혀지는데…
