어릴 적에 본 마녀를 동경해 마녀 육성 학교인 루나 노바 마법학교에 입학한 카가리 앗코. 실수투성이이지만 의욕만은 최고인 앗코의 마법학교 생활이 시작된다.
마녀 학교 개학식 날부터 시작된 앗코의 시련. 제 시간에 도착하지 못하면 입학은커녕 퇴학당할 위기다. 그런데 도대체 마녀 학교행 버스는 어디서 탈 수 있는 거지?
마녀 학교 수업에 설렜던 것도 잠시, 마법을 배우는 일이 생각처럼 재미있지 않았던 앗코. 심지어 샤리오를 동경한다는 이유로 친구들로부터 놀림감이 되고 말았다.
다가오는 마녀 학교의 빗자루 타기 대회. 아슈라 선생님이 준 교과서로 비행 연습을 시작하지만 힘겹기만 한 앗코. 하지만 샤리오가 우승한 대회. 꼭 출전하고 싶다.
타르트를 훔쳐 먹은 일로 방과 후 외출금지 처벌을 받은 마녀 학교 세 친구 앗코, 롯테, 수시. 그런데 롯테가 오랫동안 기다려왔던 출판기념식에 반드시 가야 한단다.
수업 시간에 다툰 벌로 학교에 있는 '초승달의 탑'을 청소하게 된 앗코와 아만다. 이때 마법석을 훔쳐 달아나는 용의 무리를 목격한다.
가장 기본적인 변신 마법도 실패한 후 방에서 혼자 연습하라는 엄명을 받은 앗코. 앗코는 특별한 손님과 그의 잘생긴 아들을 위한 환영 파티에 참석할 수 있을까?
마녀 학교의 시험 기간. 앗코는 공부에 힘을 쏟지만, 아슈라 선생님의 도움에도 여전히 기초 마법조차 구사하지 못한다. 족족 시험을 망친 앗코. 퇴학 위기를 맞는다.
실험 단계인 마법의 음료. 이를 마시고 깊은 잠에 빠진 채 깨어나지 않는 수시. 롯테는 수시를 구하기 위해 앗코를 버섯으로 가득한 수시의 꿈속으로 들여보낸다.
마녀 학교 학생들의 외출 날. 학교 밖 마법 사용 금지라는 규칙을 어기고 공동묘지 해골을 부활시켜버린 앗코. 앗코와 친구들은 도망가는 해골을 잡아야만 한다!
특별한 손님의 아들 앤드루가 여는 파티에 잠입한 앗코와 친구들. 수시는 그곳에, 쏘이는 순간 사랑에 빠져버리게 되는, '금사빠 벌'을 풀어놓는다.
어렵고 힘든 마법의 길. 앗코는 자신이 샤이니 샤리오처럼 될 수 있을지 알고 싶었다. 답을 얻고 싶은 앗코. 어떤 질문에도 해답을 주는, 블루문을 찾아 나선다.
오래 전 샤이니 샤리오가 마녀상을 수상했던 마법 축제. 앗코는 샤리오가 받았던 그 상을 받고 싶었다. 그런데 유력후보가 다름아닌 다이애나라니!
축제의 날이 임박했다. 축제를 좀 더 흥미롭게 만들, 기발한 아이디어를 생각해낸 앗코. 하지만 이를 완벽하게 진행하기 위해서는 주변의 많은 도움이 필요하다.
학교 요정들이 파업을 시작하는 바람에 루나 노바의 마법석을 쓸 수 없게 된다. 새로 부임한 교사는 전통에서 벗어나 기술을 사용해 이 문제를 해결하자고 제안한다.
앗코는 크루아 선생이 샤이니 로드를 분석하는 데 동의한다. 위험을 감지한 아슈라 선생은 초승달의 탑으로 달려간다.
롯테의 고향 집에 놀러 간 수시와 앗코. 아침에 일어나니 온 마을에 이상한 병이 번져 있다. 오직 마녀만이 이 병을 치료할 수 있다.
주문을 찾으려는 노력 끝에 앗코는 앤드루가 다니는 명문 학교에 특별한 성배가 숨겨져 있다는 사실을 알게 된다. 아만다의 도움을 받아 앗코는 이 학교에 잠입한다.
유령 사냥 대회인 와일드 헌트가 다가오고, 크루아 선생은 다시 한번 계략을 꾸민다. 앗코는 과묵한 급우 콘스탄체를 도우려고 하지만 결과는 다소 미묘하다.
다이애나가 집안 사정 때문에 루나 노바를 그만두자 학교는 충격에 빠진다. 라이벌을 잃고 싶지 않은 앗코는 무작정 다이애나의 집으로 찾아간다.
다이애나는 의식을 치르고 카벤디시 가문의 가주가 되기로 결심한다. 하지만 앗코와 앤드루는 대릴이 의식을 방해하기 위해 다이애나를 묘지에 가뒀다는 사실을 알게 된다.
크루아 선생은 앗코에게 여섯 번째 주문과 관련된 단서를 알려준다. 하지만 앗코를 막으려는 아슈라 선생. 단서가 품은 엄청난 위험에서, 앗코는 무사할 수 있을까?
마침내 드러난 일곱 번째 주문. 아슈라 선생도 그 문구만을 알 뿐 의미는 알지 못한다. 그리고 그녀가 모든 진실을 털어놓으려는 순간, 앤드루의 메시지가 도착한다.
마음의 우상 샤리오의 진실을 알게 된 앗코, 아슈라의 과거를 캐는 다이애나. 친구들은 충격을 받아 사라진 앗코를 찾아다닌다. 심지어 다이애나와 그 패거리까지!
아슈라는 크루아의 음모를 막으려고 애쓰지만 실패하고 만다. 이제 남은 희망은 앗코와 다이애나, 친구들뿐. 하지만 아이들도 위험에 처하고, 크루아는 폭주한다.
크루아가 만든 마법의 부작용으로 미사일이 발사된다. 과학과 마법의 위력이 결합한 천하무적 미사일. 하지만 앗코는 포기하지 않는다. 출격하라, 아홉 명의 마녀여!
