빚 때문에 아버지는 가출하고 집은 압류당해 젊은 나이에 홈리스 신세가 된 여고생 모모조노 나나미. 곤란해 하고 있는 나나미 앞에 집을 넘겨주겠다고 말하는 수상한 남자가 나타난다. 그 남자의 정체는 토지신 미카게. 결국 나나미는 집(=버려진 신사)과 토지신의 역할까지 떠맡게 되어 버리는데?!
빚뿐인 가계사정으로 아버지는 가출하고 집마저 압류당한 모모조노 나나미. 집에서 쫓겨난 그녀는 우연히 한 수상한 남자를 도와주게 되고 그 답례로 집을 넘겨 받게 되는데...! 그가 알려준 장소로 찾아간 나나미는 다짜고짜 자신을 토지신이라고 부르는 정령들과 만나게 되는데...
나나미의 학교에 인기 절정 아이돌 쿠라마가 전학오게 된다. 아이돌을 실제로 볼 수 있다는 설레임에 나나미는 토지신 일도 내팽겨치고 학교로 향하는데... 그러나 아이돌 쿠라마는 그녀가 생각했던 사람과는 전혀 다른 사람이었으니...
새롭게 토지신이 된 나나미에게 늪 일대의 요괴들을 다스리는 늪 공주가 인사를 드린다며 찾아온다. 토모에는 나나미가 요괴들 앞에 나서는 것을 내키지 않아 하며 그녀에게 나오지 말라고 신신당부하는데... 그러나 늪 공주에겐 인사 외에도 토지신을 찾아온 이유가 있었으니...
나나미는 학교로 들어온 백사가 아이들에게 괴롭힘 당하고 있는 것을 구해준다. 그리고 백사는 나나미의 팔에 수상한 자국을 남기고 사라진다. 토모에에게 보여주니 그것은 백사의 약혼 표시라고 하는데...! 토모에는 백사에게 주인을 빼앗기지 않기 위해 학생으로 변신하여 나나미와 함께 등교한다.
인간인 나나미가 토지신이 되었다는 말을 듣고 평소 토모에를 탐내던 뇌신 천둥공주가 찾아온다. 그녀는 나나미에게서 토지신의 인장을 가져가고, 토모에에게 자신의 사자가 되라고 협박하는데... 그러나 토모에는 천둥공주의 말을 듣지 않고, 이것에 분노한 천둥공주는 토모에를 어린아이로 바꿔버린다.
감기에 걸려버린 나나미, 그러나 신령님의 일로 학교를 많이 빠진 나나미는 유급의 위기에 처하게 되는데! 이런 나나미를 위해 토모에는 나나미로 변신하여 학교에 등교하게 된다. 한편, 토모에가 신사를 비운 사이 미즈키가 나나미를 찾아오는데...
요즘 토모에의 행동 하나하나가 신경 쓰이기 시작한 나나미는 자신이 왜 이런 두근거림을 느끼는지 깨닫지 못하고 있다. 그런데 어느 날, 한 여학생이 토모에에게 관심이 있다며 토모에와 매일 함께 다니는 나나미에게 자신들을 이어달라며 찾아오는데...
토모에에게 고백했다가 차인 나나미를 위해 친구들은 여름방학에 바다로 갈 계획을 세운다. 그러나 토모에는 바다를 싫어하는 눈치인데. 결국 나나미의 신변 보호를 위해 미즈키까지 합세하여 바다에 가게 된 나나미 일행은 그곳에서 예기치 못한 사고를 당하게 된다.
인질로 잡혀간 토모에의 몸값, 용왕의 눈을 구하기 위해 과거로 날아간 나나미는 과거의 토모에와 만나게 된다. 그리고 토모에의 옆에는 아름답지만 목숨이 위태로워 보이는 여성과 함께 있었는데... 토모에가 그녀의 병을 낫게 하기 위해 용왕의 눈을 훔쳐왔다는 사실을 깨닫고 나나미는 주저하게 된다.
지금으로부터 수백 년 전, 죽음의 그림자가 짙게 깔린 여우 요괴 토모에를 보게 된 토지신 미카게는 그를 불쌍히 여겨 자신의 신사로 데려온다. 사신의 저주와 사랑하는 사람의 죽음으로 모든 기력을 잃은 토모에를 살리기 위해 미카게는 자신의 힘을 나눠주고 토모에를 신사의 사자로 만드는데...
연예인을 하고 있는 쿠라마에게 인간 사회에 대해 배우기 위해 도쿄로 간 미즈키. 그러나 이상한 상품을 강매 당하고 경찰에게 쫓기는 등 도저히 쿠라마를 만날 수 있을 것 같지 않은데... 한편, 나나미는 주말에 토모에와 함께 유원지에 가게 된다.
마을 사람들에게 미카게 신사가 유령이 나오는 폐신사로 불리는 것을 듣고 나나미는 사람들의 인식을 바꾸기 위해 가을 축제를 기획한다. 그러나 오랫동안 방치되어 너덜너덜해진 축제용 가마와 현실과 동떨어진 제안만 하는 미즈키와 토모에 때문에 준비가 쉽지 않은데...
신사에 퍼진 독기를 제거하지 못하고 토모에에게 어떠한 도움도 줄 수 없었던 나나미는 스스로에게 절망하며 신사를 떠난다. 그러나 집을 잃은 나나미로서는 갈 곳이 마땅히 없는데... 한편, 신사의 독기는 어떠한 형태를 갖춰가며 바람신마저 잠재울 수 없는 지경에 이른다.
