미안해 청춘! 시즌 1 동료를 위해 학교를 위해 프라이드를 걸고 달려라! 운명의 역전 스타트!

과거의 어떤 끔찍한 사건 때문에 죄책감을 느끼는 교사. 남고와 여고의 합병이 난항을 겪자, 실험적으로 남녀 합반을 운영해 보자고 제안한다.

남녀 합반이 순조롭게 운영되지 않자 헤이스케는 합동 문화제를 제안한다. 14년 전 예배당 화재 사건 당시, 헤이스케가 했던 행동이 자세히 드러난다.

연적이었던 헤이스케와 사토시가 삼각관계에 놓였던 불운한 시절을 떠올린다. 한편 합동문화제 준비가 순조롭게 진행되지만, 합병을 위해 달성해야 할 또 다른 과제가 생겨 버린다.

화가 난 유코의 아버지가 예배당 화재 사건 이후 무슨 일이 있었는지 이야기한다. 학생들 사이에서 사랑이 싹트기 시작하고, 리사는 한다에게 누구와 결혼하고 싶은지 말한다.

순조롭게 경주의 스타트를 끊은 나카이. 하지만 마음속엔 뭔가 고민이 있다. 사토시는 헤이스케에게 자신이 느낀 어떤 직감을 이야기하고, 나카이는 에비사와에게 충격적인 소식을 전한다.

잇페이가 돈마이와 불륜으로 가는 갈림길 위에 서 있다. 무라이가 학생들 앞에서 자신의 성정체성을 밝히는 한편, 나카이는 학교를 위해 큰 봉사를 한다.

반 친구들이 한목소리로 무라이의 트랜스젠더 정체성을 응원한다. 리사와 헤이스케는 서로의 감정을 놓고 밀당을 벌인다. 그리고 헤이스케의 과거 속 문제의 그 인물이 다시 나타난다.

불편한 재회로 인해 리사의 아픈 기억이 되살아난다. 주지 스님은 재혼을 생각하고, 헤이스케는 리사에게 충격적인 사실을 밝힌다.

문화제가 성황리에 막을 내린다. 유코에 이어, 학교 구성원 모두에게 자백하는 헤이스케. 뜻밖의 대답을 듣게 되는데.