고등학교에 다니고 있는 와타세 아오바는 평소와 다를 바 없는 일상을 보내고 있었다. 그런데 여름 방학이 끝나고 시업식이 있던 날, 어떤 계기로 인해 한 소년과 만나게 되는데... 그의 이름은 준요 디오 와인버그. 둘의 만남은 이윽고 세계의 운명을 크게 변화시켜 나간다.
신학기가 되어 새로 자리배치가 된 교실. 와타세 아오바는 평소 자신에게 왠지 서먹하게 구는 미소녀 귀국자녀, 유미하라 히나와 나란히 앉게 된다. 그러나 이런 그녀에 적응하기도 전에 와타세는 갑자기 전투 로봇의 공격을 받게 되는데...
히나와의 만남으로 미래의 전장 한가운데에 떨어진 아오바. 그리고 자신을 기다리고 있다던 ‘디오’라는 소년과 함께 싸우게 되는데...
과거에서 왔다는 아오바를 신용하지 못하는 디오. 그러나 가공할 위력의 넥타포로 전함을 공격하는 조길리아 부대 때문에 아오바와 디오는 다시 한번 커플링 하게 되는데...
전투를 마치고 자신이 살던 곳 나라시노에 돌아온 아오바. 그러나 74년이 흘러버린 나라시노에선 아오바의 집도, 학교도 남아있지 않았는데... 결국 자신이 있을 곳은 디오가 있는 시그너스라는 것을 깨닫고 연합군의 정식 파일럿이 된다.
디오의 동생 피오나가 함을 지키는 병사들과 말씨름을 하고 있는 것을 보고 그녀가 있는 곳으로 달려간 아오바. 그리고 디오가 가지고 있는 가족에 대한 죄책감에 대해 듣게 되는데...
세간에 공개되어버린 금지되었던 실험, 커플링 시스템. 연합군 수뇌부는 홍보활동으로 커플링 시스템에 대한 좋은 이미지를 심어주려 하는데... 그리고 시그너스에 홍보 영상 촬영팀과 디오와 구면인 것 같은 미남 파일럿이 오게 된다.
아오바와 커플링을 하면 할수록 다른 버디들과는 커플링을 할 수 없게 된다는 사실을 알게 된 디오와 프롬. 여지껏 받아왔던 버디 훈련을 모두 수포로 돌릴 수 있다는 말에 프롬은 커플링을 주저하게 되는데... 한편, 조길리아 친위부대는 장비와 인원을 재정비해 시그너스를 몰아넣는다.
폭풍이 치는 바닷가에서 히나와 함께 떨어져버린 아오바. 정신을 차리고 보니 룩시온은 기동하지 않고 히나의 기체에는 물이 가득 차 있었는데... 한편, 디오는 쿠라미츠 대령으로부터 아오바 수색이 아닌 대기 명령을 받고 초조해 하는데.
히나가 자신이 알고 있는 유미하라 히나가 아니라는 사실을 깨달은 아오바는 무기력 상태에 빠진다. 디오는 아오바의 그런 모습에 괜히 화가 나기 시작하는데... 한편, 시그너스에는 커플링 이론의 제창자 탁터 페르미가 찾아온다.
하와이 기지에 도착한 아오바와 디오, 마유카는 함께 차를 타고 시내로 나가게 된다. 아오바는 디오에게 장례식에서 봤던 아버지 이야기를 꺼내는데... 한편, 알프리드 부대는 히나의 아버지인 랴잔 소령의 부대와 함께 상륙작전을 계획한다.
연합의 신형기를 빼앗기 위해 하와이 기지에 잠입한 히나와 조길리아 군대. 그런데 작전을 펴는 도중 히나의 아버지, 랴잔 소령이 총에 맞아 쓰러지고 마는데... 한편, 디오는 아오바에게 총을 넘겨주면서 브라디온과 룩시온의 격납고로 향한다.
조길리아가 비밀리에 만들고 있었던 포가 완성된 것을 깨닫고 연합군은 시그너스를 바로 적진에 보낸다. 그러나 저번의 습격으로 커플링 기를 빼앗긴 시그너스는 제대로 된 전력이 되지 못했는데. 한편, 히나는 비존과 버디가 되어 커플링기에 타게 된다.
연합군에게서 탈취한 커플링기를 탄 채 비존은 히나와 강제로 커플링 한다. 시그너스에선 이 이형의 커플링을 보고 아오바에게 지시를 내리고, 아오바는 히나와 커플링을 시도하게 되는데... 그리고 아오바는 히나가 어떻게 자신의 과거로 오게 되었는지 알게 된다.
