최종병기 그녀 시즌 1 클래스메이트

귀엽지만 굼뜨고 작은 데다 겁도 많은 소녀 치세. 입버릇은 "미안해", 좌우명은 "강해지고 싶다." 그런 치세와 사귀고 있는 슈지. 막 사귀기 시작해서 두 사람은 아직 서먹서먹하기만 하다. 하지만 교환일기라는 자그마한 것부터 사랑을 시작하기로 약속한다. 그리고 슈지가 친구랑 시내로 놀러간 날. 시내 상공에서는 전투기의 공습이 벌어진다.

삿포로 공습으로부터 1주일. 치세가 최종병기가 되었다는 사실은 두 사람만의 비밀로 하기로 한다. 하지만, 치세는 너무 잘해주는 슈지가 불안하기만 하고. 불현듯 치세는 자신이 성장하고 있음을 깨닫고, 슈지에게 교환일기를 통해 말하게 된다. 슈지와 치세는 감시자를 피해 도망치기 시작하는데…

치세와 슈지는 언덕위로 올라간다. 평범한 미래에 대한 작은 소망을 이야기 하면서, 둘은 도망치기로 약속한다. 하지만, 그 날 밤 치세는 적의 공습으로 출격요청을 받게 되고, 치세를 기다리던 슈지는 옛날 후유미 선배와 재회를 하게 되는데… 과연 치세는 슈지와의 약속을 지킬 수 있을까?

치세는 지진을 감지하고 학교에서 오작동을 해버린다. 군인들과 함께 가버리는 치세에게 슈지는 전망대에서 만나자고 약속을 한다. 지진소동이 수습된 후에 아츠시는 학교를 그만두고 군에 가겠다고 슈지에게 선언을 하게되고, 슈지는 그런 아츠시가 부럽기만하다. 약속시간, 치세는 출동명령을 거부하면서 슈우지를 만나러 전망대에 오르지만, 슈우지는 나타나지를 않고 그때 치세의 머리속으로 들어오는 것은...

치세의 차가운 말에 슈지는 할 말을 잃어버린다. 슈지와 치세가 반친구가 되었다는 말에 아케미는 치세에게 슈지가 다른 여자를 사귀게 되어도 괜찮냐고 물어보자, 치세는 사랑은 이제 포기하겠다고 대답한다. 하지만 여전히 슈지를 사랑하는 치세. 슈지와 수족관에 가자는 약속을 하게 되지만 또다시 어기게 되고 학교에 두번 다시 나오지 않고 전투를 하려고 한다. 하지만 대기 상태가 되고, 치세는 싸우고 싶다고 절규한다.

몇몇의 반 친구들이 각자의 사정으로 학교에 나오지 않게 되고, 학교에 남아있는 친구들은 쓸쓸함을 느낀다. 그런 와중에도 문화제를 부활시키며 즐겁게 살아가려고 하는 사람들. 슈지는 점점 치세가 없는 생활에 익숙해지기 시작한다. 한편 전쟁터에서 테츠는 울고있던 치세를 발견하게 되고, 폐허가 된 마을에서 치세와 데이트를 하게 된다. 치세 속에서 아내의 모습을 느끼게 되는데…

테츠는 치세가 병기가 아니라 여자애라고 생각하겠다고 말한다. 치세는 부대로 돌아오게 되었으나 의식을 잃고 쓰러지게 되고, 의사는 이제 치세에게 의식이 돌아오지 않을 것이라고 한다. 마을에서는 또다시 한번의 지진이 있었고 슈지의 집에도 피해가 있게된다. 한편 아케미 역시 큰 상처를 입고 슈지를 찾고 있다고 동생이 전해온다. 크게 상처입은 아케미. 과연 슈지에게 하고 싶은 말이란…

결국 학교는 폐교가 되고, 이제 학교는 피난소가 아닌 군의 시설이 되어버린다. 학교에서 벌어지는 마지막 파티. 하지만 군인들은 그것조차도 하지 말라고 명령한다. 하지만 아케미의 동생과 함께 군인들에게 부탁을 한다. 한편 행방불명된 치세는 자신에게서 점점 인간의 부분이 사라져간다는 것을 느끼게 되며, 한 가지 일을 처리한 다음에 슈지에게 갈 것을 다짐하는데…

드디어 다시 만나게 된 슈지와 치세. 둘은 치세를 찾으려고 하는 군인들과 전쟁을 피해 도피를 시작한다. 둘이 도착한 것은 조용한 항구마을. 항구마을에서 일을 찾아서 시작한 둘은 행복한 날들을 보내게 된다. 하지만 결국 치세를 찾아온 연구소의 사람은 마지막 남은 약이라며 전해준다. 치세는 병기이며 그녀가 살아날 수 있는 것은 전쟁을 통해서만이라고 말하지만, 슈지는 치세가 다시 병기가 되면 자신의 손으로 죽이겠다고 절규한다....

모든 약을 다 먹게 된 치세. 더 이상 남아있는 약이 없다. 죽어가는 치세를 보다못한 슈지. 결국 치세를 연구소의 사람들에게 맡기는 결정을 하게 되는데. 치세가 사라진 텅빈 방안. 슈지는 치세의 일기장을 보게된다. 그것은 둘이서 도망친 날부터 마지막 약을 먹은 그날 밤까지의 교환일기였다. 그 일기속에 쓰여있는 치세의 부탁. 마을로 돌아온 슈지를 기다리고 있는 것은…