검은 조직의 약물에 당해서 초등학생의 몸이 된 고등학생 쿠도 신이치가 에도가와 코난이라는 가명을 사용하여 소꿉친구인 란의 아버지가 운영하는 탐정사무소에서 얹혀 살며 사건을 해결하는 이야기를 다루고 있다.
루팡과 코난의 첫번째 만남
사라진 기억! 치밀한 함정! 사상 최악의 위기에 빠진 코난을 찾아라! 목욕탕에 온 코난은 발이 미끄러져 그대로 기절해 버린다. 쓰러진 코난을 병원에 데려가려고 차에 실은 수상한 두 남자는 어둠의 세계에서 유명한 ‘애드립의 달인 정용해’와 ‘전설의 킬러 이건도’. 목욕탕 탈의실에서 자신들의 정체가 발각되었다고 생각한 나머지 코난을 납치한 것이다. 얼마 후 의식을 찾은 코난은 머리를 심하게 부딪힌 충격으로 기억을 잃어버린 채 의문의 거대한 폭탄테러 음모에 휘말리게 되는데… 표적을 알 수 없는 의문의 폭탄테러! 마지막까지 방심할 수 없는 사건의 결말은!?
코난이 된 고교생 명탐정 신이치 시리즈 최초의 이야기가 시작된다! 바로 그 날, 코른, 키안티 등 검은 조직의 핵심 멤버가 트로피컬 랜드에 있었던 이유는? 사건 발생 후 APTX-4869의 개발자 쉐리가 신이치의 집에서 마주한 사실은 무엇이며 그동안 밝혀지지 않았던 진실의 조각들이 퍼즐처럼 맞춰지기 시작 하는데…
