해골기사님은 지금 이세계 모험 중 시즌 1 엘프 마을에서 마주하는 이세계의 심연

MMORPG 게임 중 잠이 들었다가 게임 캐릭터의 모습으로 이세계에서 깨어난 아크. 전신 갑옷을 입은 겉모습은 마치 기사 같지만, 그 속은 몬스터로 밖에 안 보이는 해골이었다. 눈에 띄지 않게 지내기로 결심한 아크는 용병이 되기 위해 짐승과 마수를 토벌하는 시험을 응시한다. 하지만, 도적이 귀족 소녀들을 습격하는 장면을 목격하게 되는데...

용병 업무를 시작한 아크는 첫 업무인 '약초 채취 경호'를 의뢰한 마루카를 찾아간다. 돌아가신 아버지를 대신해 약초를 캐서 엄마를 편하게 해주고 싶어 하는 소녀의 소원을 들어주기로 한 아크는 마루카와 함께 숲속으로 들어간다. 작은 정령수와도 만나고 순조롭게 의뢰 업무를 진행해 나가던 중, 숲속에서 강력한 마수와 맞닥뜨리는데...

도적단을 토벌한 아크는 갑자기 다크엘프 전사 아리안의 습격을 받는다. 아리안은 부근에 출몰하는 ‘엘프 사냥’을 하는 집단을 쫓고 있는 중이었는데 아크를 그들의 관계자로 착각하고 있었다. 오해를 푼 아크는 아리안을 도와주려 하지만, 아리안은 인족의 가세는 필요 없다며 거절한다. 하지만 곤란한 자들을 내버려 둘 수 없는 아크는 다음날 아리안을 찾기 위해 엘프가 산다는 숲으로 향한다.

아리안에게 용병으로 고용된 아크는 디엔트 거리에서 엘프 사냥꾼 정보를 수집 중이던 엘프족 전사 단카와 합류, 적의 거점에 붙잡혀있던 동포를 구출하는 작전에 참가하게 된다. 전이 마법으로 거점에 잠입한 아크는 아리안, 단카와 흩어져서 수색을 시작하던 중 갑자기 동물귀를 가진 소녀로부터 공격을 받는데...

유괴된 엘프족의 인신매매에는 디엔트 영주까지 관여돼 있었다. 아크와 아리안은 영주의 성에 침입해 엘프를 농락한 영주에게 심판의 철퇴를 내린다. 이번 구출 작전에 크게 공헌한 아크는 아리안의 부탁으로 엘프 마을로 초대되지만, 외부인 아크가 마을에 들어가기 위해서는 투구 속 그의 맨얼굴, 해골을 보여서 신뢰를 얻어야 한다.

엘프족 구출 작전을 속행하라는 명을 받은 아리안과 아크는 더 많은 단서를 찾아 로덴 왕국으로 향한다. 가던 중 혼테트 울프와 조우하는데, 그 무리의 보스는 어디선가 봤었던 기분 나쁜 링을 끼고 있었다. 한편, 엘프족과 접촉하고자 로덴 왕국을 출발한 제2왕녀 유리아나는 정체 모를 누군가로부터 습격을 받는다.

로덴 왕국의 왕도에 도착한 아크는 동물귀를 가진 닌자 소녀 치요메와 재회한다. 치요메의 부탁으로 붙잡혀 있는 수인족의 구출을 돕기로 한 아크는 왕도 최대 노예상인 에츠아트 상회 습격 작전에 참가한다. 결행하기로 한 밤, 아크는 치요메의 동료 닌자인 고에몬과 함께 상회의 삼엄한 경호를 뚫고 정면돌파를 시도한다.

에츠아트 상회를 습격한 아크와 고에몬은 따로 움직이고 있던 아리안과 합류, 드디어 수인족이 갇혀 있는 감옥을 찾아내지만 비정한 현실을 맞닥뜨리고 만다. 그리고, 치요메는 다시는 비극을 되풀이하지 않겠다고 맹세하게 된다. 한편, 에츠아트 상회와 뒤로 손을 잡았던 제2왕자 다카레스는 궁지에 몰리는데...

엘프가 신성 레브란 제국으로 팔려나갔다는 치요메의 정보를 토대로 제국으로 향하던 아크는 사막 도시 브란베이나를 찾는다. 제국으로 가는 길을 찾지 못해 고생하던 일행에게 손을 내밀어 준 것은 마수 연구가 카시였다. 제국까지 갈 수 있는 지도를 받는 조건으로 연구 대상인 마수 샌드웜을 포획해 달라는 카시의 의뢰를 받게 되는데...

신성 레브란 제국에 도착한 아크는 국경 도시 케섹에서 엘프족의 인신매매와 관련한 정보 수집을 시작한다. 번화가에서 멀리 떨어진 성채로 엘프가 끌려갔다는 사실을 알고 잠입하지만, 성채 깊숙한 곳에서 그들을 기다리고 있던 건 야만인 마수 주술사 훔바였다. 그리고 그에게 정보를 캐내려 하는 아크에게 갑자기 파트너인 아리안이 검을 겨누는데...

망국의 괴수라는 별명을 가진 대마수 히드라. 폭주하는 훔바가 풀어 놓은 최후의 수단으로 인해 케섹의 거리는 멸망할 위기에 처한다. 아크는 약한 사람들을 구하기 위해 홀로 히드라에게 맞서고, 아리안과 치요메는 훔바를 찾아내는데... 아크 일행의 승리를 향한 비장의 카드가 등장한다.