"Facciamo un passo in avanti, proviamoci!!" Yusaku Fujiki odia essere al centro dell'attenzione, così a scuola fa di tutto per passare inosservato. Tuttavia attraverso i duelli dovrà incontrare altre persone e lasciare il suo ovattato mondo d'auto-isolamento. Yusaku possiede una mente brillante e le doti di un buon hacker; sa analizzare con accuratezza la situazione in ogni luogo nonché anticipare pensieri ed intenzioni dei suoi interlocutori.
Yusaku Fujiki di Den City è uno studente del primo anno di liceo che preferisce stare per conto suo perché è un hacker. Usando l'identità di Playmaker, combatte contro i Cavalieri di Hanoi per scoprire la verità del suo passato.
Yusaku è riuscito a catturare la forma di vita misteriosa mentre insegue i Cavalieri di Hanoi. Per sconfiggerli, si collega alla rete spaziale VR, Link VRAINS, come Playmaker. Ha iniziato un Duello, tenendo in ostaggio la forma di vita. Tuttavia, la forma di vita ha previsto che "Yusaku non può vincere con il suo mazzo", e ha eseguito una certa azione...
Yusaku inizia a esaminare le informazioni nascoste nella forma di vita misteriosa. Nel frattempo, dopo il suo Duello contro i Cavalieri della rete, è diventato famoso come l'eroe che ha salvato Link VRAINS. Scoprendo che la forma di vita è con Playmaker, SOL Technology organizza un'operazione per catturarla...
La vera identità del Cavaliere di Hanoi che appare all'improvviso è Go Onizuka, un duellante di Charisma Duelist. Come nuovo eroe di LINK VRAINS, Playmaker ha rubato alcuni dei fan di GO. Per riguadagnare il loro sostegno, GO sfida Playmaker a un Duello.
GO svolge il suo Duello in modo simile al Pro-Wrestling, utilizzando il Duello come mezzo per intrattenere il pubblico. Il playmaker sembra essere interessato a questo stile di gioco, che è diverso dal suo stile di gioco calmo e calcolato. Come se riconoscesse il Duello di GO Onizuka, Playmaker Summons "Decode Talker", nonostante abbia subito un danno enorme. E così, i mostri campioni dei due si scontrano!
Aoi Zaizen lavora come duellante Charisma sotto lo pseudonimo di Blue Angel in LINK VRAINS. Per ottenere il riconoscimento da suo fratello, Akira Zaizen, sfida pubblicamente Playmaker a un Duello in LINK VRAINS. Tuttavia, Playmaker non ha risposto alla sua sfida. Invece, quello che le è apparso davanti è Specter, che si è travestito da suo fan!
Sentendo che i Cavalieri di Hanoi sono dietro l'Angelo Azzurro, Yusaku decide di sfidarla a duello per scoprire le sue reali intenzioni. Tuttavia, il Playmaker viene gradualmente messo all'angolo. Il forte desiderio di Blue Angel di essere riconosciuta dal fratello ha alimentato il suo Duello, e lei non si tratterrà...
A causa del programma di Hanoi, Aoi Zaizen è ora in stato comatoso. Sentendosi responsabile di averla trascinata nella sua battaglia contro Hanoi, Yusaku cerca di indagarne la causa insieme a Kusanagi. Tuttavia, Blue Angel, che dovrebbe essere in coma, appare sui monitor della città e sfida Playmaker alla rivincita!
Per ottenere il programma che rimuove il virus che ha infettato Aoi, Yusaku inizia un Duello contro Revolver, con l'IA, che è anche conosciuto come Ai, come una scommessa. Utilizzando i Link Monsters che ha ottenuto nei suoi precedenti Duelli, Playmaker è riuscito a distruggere il "Cracking Dragon" di Revolver. Tuttavia, il duello avanti e indietro tra loro prende una nuova piega mentre Revolver attiva un'abilità sconvolgente!
A causa del brutale assalto di Revolver, il Playmaker è ora sulla difensiva. Il playmaker usa quindi Storm Access per ottenere una carta per ribaltare la situazione. Tuttavia, a causa della tattica di Revolver, la fase della loro battaglia si è spostata all'interno della Data Storm...
Il playmaker è scioccato dalla verità che Revolver ha rivelato, e crolla dopo aver preso un potente attacco dal mostro campione di Revolver, "Borreload Dragon". Mentre la sua coscienza svanisce, una voce misteriosa riecheggia nella sua mente e lo risveglia... Il playmaker si rialza allora, con gli occhi che gli bruciano di incrollabile fermezza...
Accompagnato da "Firewall Dragon", Playmaker raccoglie fino all'ultimo grammo della sua forza per combattere contro il "Borreload Dragon" di Revolver. Playmaker giura di vendicarsi per l'incidente accaduto in passato, mentre Revolver complotta per sradicare Ai. Mentre le due idee si scontrano, anche i loro due draghi si affrontano l'uno contro l'altro!
Dopo la sua feroce battaglia contro Revolver, Yusaku analizza le informazioni su Ignis insieme a Kusanagi. Nel frattempo, Ghost Girl, il misterioso duellante testimone di Playmaker, ottiene un'intervista su LINK VRAINS. Inizia a parlare degli attacchi dei Cavalieri di Hanoi e delle battaglie di Playmaker.
Interessata all'incidente di dieci anni fa, Ghost Girl ha sfidato Playmaker a duello, con Ai come scommessa. Apprendendo che sarà in grado di ottenere il programma che gli permetterà di infiltrarsi nella banca dati di SOL Technologies in caso di vittoria, Yusaku si dirige verso LINK VRAINS. Pienamente consapevole dei rischi, Yusaku accetta ancora la sfida di Ghost Girl per scoprire la verità sull'incidente di dieci anni fa. Tuttavia, deve affrontare una dura battaglia contro l'inafferrabile ponte "Altergeist" di Ghost Girl!
Ghost Girl compie un duello imprevedibile con le sue fantasmagoriche tattiche. Nel frattempo, Playmaker analizza con calma le mosse di Ghost Girl e cerca la possibilità di usare Storm Access. Così, una battaglia di astuzia si svolge tra i due mentre cercano di superare in astuzia l'uno l'altro. Chi trionferà alla fine?
Per cercare la verità sull'incidente di dieci anni fa, Playmaker si è introdotto nel computer principale di SOL e si è diretto verso la banca dati che si trova in profondità nel suo sistema. Tuttavia, il suo ostacolo è un programma di Intelligenza Artificiale Duellante! Playmaker può superare questa nuova minaccia e cogliere la verità?!
Blue Angel si precipita da Playmaker, che sta avendo problemi contro i programmi di IA. Grazie a lei, Playmaker è in grado di liberarsi da un ostacolo e di raggiungere la profondità interiore del computer centrale. Tuttavia, quando Playmaker raggiunge la banca dati, un certo personaggio si mette sulla sua strada...
Quando Playmaker raggiunge la banca dati di SOL, si imbatte in Akira. Akira cerca di fermare il vendicativo Playmaker, ma Playmaker non lo ascolta. Per regolare i conti, Playmaker decide di sfidare Akira. Inizia così una battaglia nella banca dati, dove si nasconde la verità dietro l'incidente...
Akira usa abilmente il suo "Tindangle" Deck per combattere contro Playmaker. Anche il Playmaker combatte con i suoi Cyberses. Mentre infuria la loro feroce battaglia, Akira inizia a parlare dell'incidente di dieci anni fa. Finalmente il passato di Yusaku viene finalmente svelato...
Akira riesce a mettere il Playmaker in un angolo. Tuttavia, Playmaker combatte con tutto quello che ha ottenuto, eseguendo più Link Summons di fila per ribaltare la battaglia. Akira e Playmaker procedono poi a duellare con i loro mostri migliori.
Yusaku e Kusanagi analizzano i dati di SOL Technologies e scoprono alcune nuove informazioni sull'incidente di dieci anni fa. Nel frattempo, a casa di Yusaku, Ai e Roboppy stanno tramando qualcosa di segreto...
Yusaku e soci indagano su un misterioso fenomeno noto come "Un altro", in cui le vittime non possono uscire da LINK VRAINS e rimangono incoscienti nel mondo reale. Identificano con successo chi potrebbe essere la prossima vittima attraverso i dati che hanno raccolto. Per evitare ulteriori danni, Yusaku e soci decidono di agire.
Per salvare un ragazzo caduto vittima del fenomeno "Un altro", Go Onizuka ha affrontato il criminale che si faceva chiamare dottor Genoma. Determinato a vincere in ogni caso, Go getta via il suo stile di divertimento e si batte a duello come un toro.
Il Dr. Genoma usa la sua "Helixx" Deck per trasformare i potenti attacchi dei mostri "Gouki" contro se stessi, mettendo Go Onizuka in un guaio. Allo stesso tempo, anche gli altri membri dei Cavalieri di Hanoi si presentano a LINK VRAINS e attaccano indiscriminatamente i cittadini...
Aoi è consapevole della battaglia tra i Cavalieri di Hanoi e il gruppo di Playmaker, ma non sa se combattere come Blue Angel o mantenere la promessa fatta ad Akira e non entrare in LINK VRAINS. Tuttavia, Emma appare allora davanti a lei. Qual è la risposta di Aoi dopo l'incontro con Emma?
Tutte le tattiche di "Trickstar" di Blue Angel sono state bloccate, e ha ricevuto un'enorme quantità di danni a causa delle "Dark Mummies" di Baira. Senza altra scelta, Blue Angel scommette tutto sulla sua ultima possibilità...
Mentre l'altro fenomeno comincia a influenzare il mondo reale, tutti cominciano a farsi prendere dal panico, e LINK VRAINS è messo in massima allerta. A causa di qualcosa, Naoki Shima decide di combattere contro i Cavalieri di Hanoi...
Faust, la mente dietro a Another, prende Naoki in ostaggio e lo usa per far uscire Playmaker. Usando i mostri dei vermi elettrici conosciuti come "Motor Worms", sigilla il Link Summon di Playmaker. Playmaker entra quindi nella tempesta di dati e usa l'accesso alla tempesta, sperando di ribaltare la situazione...
Le attività dei Cavalieri di Hanoi hanno iniziato a raggiungere il mondo reale. Percependo il pericolo incombente, Kusanagi decide di lasciare una traccia sulla verità che si cela dietro il collegamento tra i Cavalieri di Hanoi e l'Incidente Perduto, così come l'Altro Incidente...
Yusaku si chiede perché Revolver non si sia presentato durante l'Altro Incidente. Per chiarire le cose, entra in LINK VRAINS per indagare. Lì si imbatte in Ghost Girl, che sta anch'essa indagando su qualcosa. I due scoprono poi un luogo dove sta succedendo qualcosa di anormale...
Ghost Girl si è imbattuta in Revolver mentre indagava nel sottosuolo di LINK VRAINS. I due iniziano un duello. Ghost Girl riesce a far fuori il "Topologic Bomber Dragon" e Link Summons ottiene il suo vantaggio. Poi infligge il colpo finale contro Revolver, ma...
Una torre minacciosa è apparsa in LINK VRAINS. Si verifica poi un incidente, in cui molti duellanti vengono convertiti in dati. Apprendendo questo, Playmaker si dirige verso LINK VRAINS, portando con sé le informazioni che la Ghost Girl gli ha affidato. Si incontra con Go Onizuka e Blue Angel, e scambia informazioni con loro. I tre si dividono poi per cercare Revolver. Ma poi Blue Angel si imbatte in Spectre...
Blue Angel lancia una serie di attacchi contro Spectre con le sue "Trickstars", ma i suoi attacchi non hanno funzionato, perché Spectre è protetto dal suo "Sunavalon". Blue Angel usa quindi la sua combinazione mortale. Tuttavia, un sinistro sorriso si posa sul volto di Spectre...
Il Sunavalon di Spectre si evolve e spinge Blue Angel in un angolo. Mentre le sue tattiche vengono gradualmente sigillate, Blue Angel escogita un piano per contrastare l'impenetrabile formazione da battaglia di Spectre. Ora sulla difensiva, Blue Angel Link evoca una nuova Trickstar...!
Per salvare LINK VRAINS dalla distruzione, Playmaker si dirige verso la Torre di Hanoi. Tuttavia, ad ostacolarlo c'è Spectre! Playmaker cerca di infliggere grossi danni a Spectre, ma la combinazione Sunavalon di Spectre gli impedisce di farlo. In questo Duello, Playmaker viene a conoscenza dello sconvolgente passato di Spectre...
La subdola combo di Sunavalon di Spectre continua a ricaricare il suo LP e Summoning Sunvines, ma Playmaker non abbandona mai i suoi attacchi. Playmaker riesce a capire il suo punto debole, e escogita un piano per contrastarlo, ma...
Il playmaker usa il suo mostro campione, Excode Talker, per contrastare i Sunvines di Spectre. Per finire Playmaker, Spectre evolve il suo Sunavalon nella sua forma definitiva. Dopo aver spinto Playmaker in un angolo, Spectre infligge il colpo finale contro di lui...
Parlando con suo padre, Revolver riflette sul suo passato. Dopo aver tentato di distruggere l'Ignis 5 anni fa, una catena di eventi è continuata fino ai giorni nostri e continuerà nel futuro.
Mentre Playmaker prosegue verso la Torre di Hanoi, Onizuka arriva a combattere Revolver. Buttato via il suo fascino, Onizuka inizia il suo brutale attacco.
In un turno, Revolver distrugge l'intero campo di Onizuka con Mirror Force. Nonostante le probabilità contro di lui, Onizuka continua a combattere.
Inizia un duello di velocità finale tra Yusaku e Revolver intorno alla Torre di Hanoi. È allora che Revolver rivela la connessione segreta tra Yusaku e Ai e le bugie che Ai ha raccontato.
Yusaku riesce a malapena a trattenere gli attacchi di Revolver, combinati con i detriti della Torre di Hanoi. In un attimo, Yusaku cerca di entrare in una Data Storm mentre appare il Dr. Kogami.
Dopo essere stato forzatamente disconnesso, Yusaku si reca dove Revolver si trova nel mondo reale. Lì spiega come suo padre ha creato l'Ignis, l'Incidente Perduto, e perché Revolver deve correggere gli errori del padre.
Playmaker e Revolver hanno ciascuno la propria missione da compiere e non si tireranno indietro. Iniziano il loro duello finale in Link VRAINS mentre la Torre di Hanoi si avvicina al termine.
Nonostante Yusaku abbia contrastato la strategia della Forza Specchio di Revolver, Revolver continua ad evocare un mostro potente dopo l'altro. Una volta che gioca la sua carta vincente, succede qualcosa di brutto.
La Torre di Hanoi distruggerà presto Internet. Revolver ha creato un Link Extra e ha completamente bloccato le convocazioni speciali. Malgrado le probabilità siano enormi, Yusaku si rifiuta di arrendersi e pesca la sua ultima carta.
La pace è stata ripristinata in un nuovo Link VRAINS nonostante Playmaker sia un fuggitivo. AI scopre il Mondo Cyberse distrutto mentre altrove una misteriosa figura appare davanti a Yusaku e Kusanagi.
Yusaku continua a inseguire il misterioso Bohman, che ha rubato la coscienza del fratello di Kusanagi. Bohman esegue un incantesimo di collegamento che gli dà un forte vantaggio su Yusaku.
L'enigmatico Soulburner e Flame sembrano affrontare Bit and Boot mentre Yusaku continua a inseguire Bohman. Soulburner combatte con il suo mazzo di Salamangreat.
Lo studente trasferito Takeru Homura rivela di essere Soulburner a Yusaku nel mondo reale. È alleato con la Fiamma del Fuoco Ignis ed è un sopravvissuto dell'Incidente Perduto. Con il Mondo Cyberse scomparso, discutono di un'alleanza.
Playmaker e Soulburner seguono una pista in Link VRAINS solo per incontrare Go Onizuka. Avendo sacrificato tutto per diventare un cacciatore di taglie, Onizuka chiede di combattere Yusaku solo per far intervenire Soulburner.
Go Onizuka continua ad attaccare con il suo esercito di Dinowrestlers. Sconvolto nel vedere il suo eroe in questo modo, Soulburner ricorda l'Incidente perduto e come questo abbia cambiato la sua vita in più di un modo.
Proprio quando Playmaker stava per raggiungere il cancello, incontra il cacciatore di taglie Blood Shepherd. Assoldato dal SOL per cacciare Playmaker e Ai, oltre ad essere alimentato da un odio per l'intelligenza artificiale, Blood Shepherd attacca Playmaker con i suoi Battledrones.
Blood Shepherd continua a respingere ogni mossa che il playmaker prova. Quando anche Storm Access fallisce, Blood Shepherd ribadisce la sua diffidenza nei confronti di AIs. Yusaku e Ai hanno comunque un ultimo asso nella manica.
Playmaker e Soulburner entrano dal cancello e appaiono in un mondo misterioso dove incontrano Wind Ignis, Windy. A loro insaputa, Ghost Girl e Aoi, ora chiamata Blue Girl, li seguono.
Blue Girl e Soulburner iniziano il loro duello. Blue Girl non capisce bene la natura di Ignis e attacca con le sue Trickstars potenziate. Nel frattempo, Playmaker continua a inseguire Bohman.
Ricevendo nuovi ricordi dal suo benefattore, Bohman inizia un altro duello contro Playmaker con la coscienza di Jin in gioco. Mentre Hydradrives e Cyberse si scontrano, Bohman rivela alcune informazioni scioccanti.
Bohman sostiene di essere il vero Yusaku Fujiki e che Playmaker è solo una copia. Mentre Playmaker e Ai riflettono sulle sue affermazioni, continuano a combattere contro la strategia Hydradrive di Bohman.
I Cavalieri di Hanoi, ritenuti scomparsi, decidono ora di riunirsi per affrontare una nuova minaccia. Revolver, alleato con Specter, Faust e Genoma, mira a salvare il loro compagno Baira.
