Sette bambini delle scuole elementari, Taichi, Yamato, Sora, Koshiro, Mimi, TaKeru e Jo, durante una vacanza in un campo estivo si ritrovano misteriosamente catapultati in una nuova dimensione popolata di strane creature chiamate Digimon. Alcune di queste creature legheranno subito con loro e dimostreranno sorprendenti capacità evolutive. Ora i ragazzi devono scoprire perchè sono finiti nell'isola di File, come andarsene e quel è il destino che li lega a questo mondo digitale.
Gomamon si trova nel settore del ghiaccio di Digiworld, dove l'Imperatore sta costruendo una prigione. Dopo aver schiavizzato molti Gizamon e Frigimon (insieme ad uno Shellmon e ad un Ebidramon), fa attaccare Gomamon. Il Digimon, in pericolo, chiede aiuto a Joe e ai nuovi Digiprescelti, che accorrono. Alla fine i Digiprescelti distruggono un altro Obelisco di Controllo, liberando un settore appena conquistato dall'Imperatore, mentre Cody e Joe si avvicinano e divengono amici grazie all'esperienza vissuta insieme.
I Digiprescelti stanno per andare a Digiworld per fare un picnic ed incontrano Mimi, che si è trasferita in America ma è tornata in Giappone per un breve periodo per il matrimonio di sua cugina, e si unisce a loro. A Digiworld però Mimi, Yolei e Hawkmon si allontanano dal gruppo e si ritrovano in un settore dell'Imperatore dove trovano Palmon. Le ragazze, attaccate dai fratelli Roachmon controllati dall'Imperatore, riusciranno a distruggere un Obelisco grazie ad Halsemon, dando la possibilità a Palmon di digievolvere Togemon liberando il settore e stringendo un forte legame d'amicizia.
I Digiprescelti continuano a distruggere incessantemente gli Obelischi di Controllo, ma durante una missione Kari rimane intrappolata a Digiworld. TK e Davis con i loro digimon tornano indietro per salvarla, in assenza di obelischi TK permette a Patamon di digievolvere Angemon che riesce a farli entrare e improvvisamente sopraggiunge anche Andromon, una vecchia conoscenza di Tai e Kari, che è però controllato dall'Imperatore. Kari, tuttavia, riesce a risvegliare i veri sentimenti di Andromon, che si libera dell'Anello del Male e distrugge l'Obelisco. L'Imperatore, intanto, è impegnato a trovare un modo per sottomettere alla sua volontà anche i Digimon di livello evoluto, sui quali l'influenza dell'Anello del Male non è sufficiente.
La squadra di Davis gioca una partita di calcio contro quella di Ken Ichijouji ed il ragazzo durante la partita ferisce lievemente alla gamba il suo neo-rivale. Nel frattempo, a Digiworld, l'Imperatore Digimon ha costruito un nuovo Obelisco e i Digiprescelti accorrono per distruggerlo. L'Imperatore però prende in ostaggio i ragazzi, esclusi Davis e Veemon, ai quali viene data la possibilità di scegliere di salvare uno solo tra i loro otto amici, ma i due non riescono a decidere. In realtà, però, i ragazzi erano alcuni Bakemon travestiti, mentre i veri Digiprescelti ed i loro partner accorrono per sconfiggere i nemici e distruggere l'Obelisco. Durante il confronto di Davis con l'Imperatore, quest'ultimo rivelerà la sua vera identità, anche a causa di una strana ferita alla gamba notata da Davis: si tratta di Ken Ichijouji.
I Digiprescelti, sconvolti dalle rivelazioni sull'Imperatore Digimon, cercano Ken per parlargli, tuttavia il ragazzo pare scomparso. Ken si trova infatti a Digiworld, dove ha deciso di trasferirsi definitivamente, e ha riconquistato parecchi settori. Inoltre rapisce Greymon e gli mette l'Anello del Male. I Digiprescelti tornano a Digiworld per combattere l'Imperatore, che cerca di far digievolvere Greymon in MetalGreymon, ma il Digimon, dominato dalle forze del male, digievolve SkullGreymon e si rivolta contro l'Imperatore. SkullGreymon, sfinito, ritorna Agumon e viene rapito nuovamente dall'Imperatore, che conquista così numerosi settori che erano sotto la protezione di Greymon.
Mentre l'Imperatore tenta degli esperimenti per far digievolvere Agumon in MetalGreymon facendolo rimanere al contempo sotto il suo controllo, i Digiprescelti, esclusa Yolei che sembra non sentirsela, tornano a Digiworld per ritrovare Agumon, il quale nel frattempo viene liberato da Wormmon, il Digimon partner di Ken, che non approva il comportamento del suo Digiprescelto. I Digiprescelti ritrovano Agumon, ma vengono raggiunti dall'Imperatore che, con la Spirale del Male (una versione migliorata dell'Anello del Male), riesce a riprendere il controllo di Agumon e a farlo digievolvere correttamente in MetalGreymon. Tai rimane sconvolto, ma torna in sé grazie all'aiuto di Matt e, insieme agli altri Digiprescelti (a cui si è aggiunta Yolei), cerca di ritrovare MetalGreymon per salvarlo.
I Digiprescelti sono costretti a scontrarsi con MetalGreymon, ormai sotto il controllo dell'Imperatore, ma durante la battaglia Davis si trova in difficoltà. Il ragazzo non vuole ferire MetalGreymon, ma quando vede Matt affrontare il Digimon con Garurumon capisce il grande legame che Tai e gli altri hanno sviluppato con i loro Digimon, cosa che lo fa sentire inadeguato. Ciò risveglia il Digiuovo dell'Amicizia, trovato poco prima dal gruppo ma che nessuno era riuscito a prendere: ciò permette a Veemon di armordigievolvere in Raidramon, grazie al quale Agumon viene liberato dalla Spirale del Male.
Biyomon si trova in difficoltà e chiede aiuto a Sora e ai Digiprescelti, che accorrono (senza TK, Kari, Patamon e Gatomon che non si accorgono della richiesta di aiuto). A Digiworld i ragazzi vengono coinvolti loro malgrado in alcune liti fra Starmon (controllato dall'Anello del Male) e Deputymon, ma riescono a trovare Biyomon. Alla fine, grazie a Flamedramon, i ragazzi liberano Starmon dall'Anello del Male e liberano il settore dall'ennesimo Obelisco di Controllo.
Kari scompare improvvisamente e finisce per ritrovarsi in un mondo oscuro e sconosciuto, dal quale era stata irresistibilmente attratta, popolato da alcuni Digimon acquatici, i Divermon, che vorrebbero liberarsi dalla Spirale del Male e che hanno chiamato Kari sperando che lei potesse aiutarli. All'improvviso un Airdramon attacca Kari. Con l'aiuto di TK, Pegasusmon e Gatomon, che erano infine riusciti a trovare la ragazza, Airdramon viene sconfitto grazie alla Superdigievoluzione di Gatomon in Angewomon, mentre i Divermon vengono liberati e chiedono a Kari di diventare la loro sposa, per riprodursi e sopraffare l'Imperatore, ma al suo rifiuto i Digimon tornano nelle acque dominate dal loro vecchio padrone. Costui è Dragomon, un potentissimo digimon, e Kari, senza saperlo, quindi, è finita nel Mare Oscuro di Dragomon.
A Digiworld i Digiprescelti incontrano Mimi e conoscono un suo amico americano, Michael, anch'egli un Digiprescelto, il quale piace immediatamente a Yolei, che paga loro il pranzo consumato al ristorante di Digitamamon. Il gruppo viene però improvvisamente attaccato dallo stesso Digitamamon controllato da una Spirale del Male dell'Imperatore. Yolei, dopo aver confessato i suoi veri sentimenti provati in quel momento, attiva il Digiuovo della Sincerità, che permette ad Hawkmon di armordigievolvere Shurimon e di sconfiggere velocemente Digitamamon.
I Digiprescelti devono liberare un altro settore soggiogato dall'Imperatore. Shurimon viene quindi sfidato da Ninjamon, Digimon esperto di shuriken che si vanta di essere il più forte Digimon ninja e vuole dimostrarlo. Ninjamon, inoltre, mette anche la Spirale del Male a ShogunGekomon, il Digimon capo di quel settore, scatenando la sua furia. Shurimon riesce alla fine a battere Ninjamon ed i bambini prescelti liberano il settore dall'ingombrante presenza dell'Imperatore Digimon.
Mentre sono alla ricerca di un altro Digiuovo, i Digiprescelti vengono intrappolati negli abissi da MegaSeadramon. Nella stazione petrolifera in cui sono prigionieri, i ragazzi trovano una capsula e con essa fanno tornare Cody in superficie per chiedere aiuto. Cody va a cercare Joe per salvare i suoi amici, mentre gli altri riescono a trovare il Digiuovo. Alla fine i ragazzi vengono raggiunti da Cody, Joe e Ikkakumon ma Cody, dopo una crisi interiore causata dall'aver mentito a suo nonno, decide di non volere il Digiuovo dell'Affidabilità perché crede di non meritarlo. Joe gli spiega che quando una bugia permette di salvare la vita ai propri amici è innocua. Cody torna in sé, prende il Digiuovo dell'Affidabilità e permette ad Armadillomon di armordigievolvere in Submarimon, che sconfigge MegaSeadramon e lo libera dalla Spirale del Male.
I Digiprescelti festeggiano la terza ricorrenza del primo agosto, ovvero il giorno in cui Tai e gli altri andarono a Digiworld per la prima volta. Intanto, un misterioso fantasma scatena il panico nello studio televisivo di Tokyo dove lavora il padre di Matt, il quale è in cerca di Gatomon. I Digiprescelti scopriranno che si tratta del fantasma di Wizardmon, il quale mette in guardia con parole criptiche la sua amica Gatomon ed il gruppo dei Digiprescelti riguardo ad un pericolo imminente.
Cody, Izzy e i loro Digimon trovano la base dell'Imperatore e, con tutti i Digiprescelti, decidono di sferrare un attacco per sconfiggere definitivamente l'Imperatore. Yolei è turbata dal fatto che la battaglia sta diventando più dura e per questo nella missione mette inavvertitamente in pericolo Hawkmon, che viene ferito. La base dell'Imperatore sembra essere scomparsa e così Davis, Cody, TK e i loro Digimon la cercano. L'Imperatore nel frattempo sta preparando qualcosa e all'improvviso la sua fortezza volante compare nel cielo e viene avvistata da Kari, Yolei e dai loro Digimon. La battaglia finale con il nemico è alle porte.
L'Imperatore, dopo aver recuperato da un misterioso vortice delle informazioni preziose riguardanti il perfido Devimon, riesce ad ultimare il suo progetto: il terribile Kimeramon, assemblato con parti di diversi Digimon, così da assumerne tutti i punti di forza. Il super Digimon si scontra quindi con Nefertimon, Pegasusmon e Halsemon e li costringe alla ritirata, dimostrandosi un Digimon imbattibile.
L'Imperatore, grazie a Kimeramon, sta conquistando tutta Digiworld. Per fermarlo i Digiprescelti si introducono nella fortezza dell'Imperatore ma devono scontrarsi con Kimeramon, che li sconfigge. La situazione peggiora quando le forze del male prendono il sopravvento e Kimeramon si ribella all'Imperatore. Wormmon, per salvare Ken, decide di aiutare Davis portandolo alla fonte di energia della fortezza dell'Imperatore al fine di disattivarla. Incredibilmente, però, la fonte di energia della fortezza si rivela essere il Digiuovo dei Miracoli, che Davis usa per far armordigievolvere Veemon in Magnamon.
I ragazzi, dopo aver sconfitto l'Imperatore Digimon, tornano a Digiworld per riparare i danni causati dalla crisi dell'Imperatore stesso. Davis, per attirare su di sé l'attenzione di Kari ed invidioso di TK ed Angemon, cerca di far digievolvere Veemon. Alla fine riuscirà nel suo intento dopo diverse disavventure con un Tortomon e Veemon digievolverà in ExVeemon.
Questo episodio è totalmente incentrato sul personaggio di Ken Ichijouji. Ken, tornato a casa dopo essersi spogliato dei panni dell'Imperatore Digimon, non riesce a darsi pace per la perdita di Wormmon e ripensa a suo fratello Osamu, perso anni prima in un incidente, e al primo incontro con Wormmon. Ken non riesce a capire le ragioni di tutto il male che si è generato da lui. Il ragazzo alla fine ricorda una frase sul ciclo vitale dei Digimon e capisce che il suo Digimon potrebbe tornare da lui. Ken rientra quindi a Digiworld e si reca alla Città della Rinascita, dove cerca il Digiuovo di Wormmon, venendo nel mentre insultato da tutti i Digimon di livello primario già nati che si trovano lì. Dopo una dichiarazione di colpa sul dolore causato al suo Digimon, Ken vede un Digiuovo brillare e da quell'uovo nasce Leafmon, la forma al livello primario di Wormmon. Ken torna quindi a casa, dove si riconcilia definitivamente con i suoi genitori.
Una donna misteriosa fa visita a Ken nella sua stanza, dicendogli che ora non ha più bisogno di lui. A Digiworld intanto, i ragazzi, ancora impegnati nella ricostruzione dei vari settori, si accorgono che i Digimon non riescono a digievolvere, forse a causa di un Obelisco non ancora abbattuto vicino alla cittadina. Cody e Digmon vengono improvvisamente attaccati da Thunderballmon e, per salvare Cody, Armadillomon digievolve in Ankylomon. Cody però viene salvato da Stingmon, Digievoluzione di Wormmon, mentre Ankylomon sconfigge il nemico. Thunderballmon, però, viene infine eliminato da Stingmon per la disapprovazione di gran parte del gruppo dei Digiprescelti. L'Obelisco intanto sembra misteriosamente scomparso e Ken e Wormmon si ritirano, mentre Cody cerca di capire perché Ken l'abbia aiutato.
I Digiprescelti scoprono grazie a Izzy che l'ex-fortezza dell'Imperatore Digimon sta per esplodere e che se ciò accadesse verrebbe sprigionata una grande quantità d'energia oscura che sarebbe estremamente deleteria per l'instabile equilibrio di Digiworld. L'unico modo per evitare l'esplosione è posizionare la Digipietra della Bontà di Ken in sostituzione del Digiuovo dei Miracoli; tuttavia, i Digiprescelti vengono ostacolati dalla donna misteriosa, che crea un Okuwamon, un potentissimo Digimon formato da più obelischi. Intanto Ken prende contatto con la donna, che gli rivela di essere stata lei a farlo diventare l'Imperatore allo scopo di fargli costruire più obelischi possibili. Ken vorrebbe sacrificarsi per salvare la situazione, ma Davis riesce a persuaderlo ed i due sembrano comprendersi a vicenda scatenando una Digievoluzione molecolare fra ExVeemon e Stingmon, che insieme diventano Paildramon.
Paildramon e Okuwamon iniziano uno scontro mentre i Digiprescelti cercano di fermare l'esplosione. Alla fine Okuwamon viene sconfitto e l'esplosione viene evitata grazie all'intervento di Paildramon. Izzy mette al corrente i Digiprescelti della Digievoluzione molecolare da cui scaturì Omnimon, mentre Ken è ancora indeciso se unirsi agli altri o meno nonostante gli eventi appena occorsi.
I Digiprescelti stanno radendo al suolo incessantemente gli Obelischi di Controllo e la donna misteriosa, infuriata, propone loro una sfida alla Giga House, un'enorme casa che si trova a Digiworld. Ma una volta lì i Digiprescelti, accompagnati anche da Ken e Wormmon, vengono attaccati da un esercito di Digimon insetto, controllati dalla donna misteriosa grazie ad un flauto incantatore. Digmon e Stingmon, essendo anch'essi Digimon di tipo insetto, cadono sotto il controllo della donna ed attaccano ExVeemon, mentre Davis, Ken e Cody rimangono bloccati sulla ragnatela di un Dokugumon.
I Digiprescelti riescono a neutralizzare il suono del flauto incantatore con degli ultrasuoni creati con un computer della Giga House. Finalmente la donna misteriosa rivela la sua vera identità: in realtà è Arakenimon, un Digimon dalle sembianze di ragno. Paildramon lotta contro di lei e sta per batterla, quando entra in scena anche Mummymon, un Digimon simile ad una mummia, che salva Arakenimon e fugge con lei.
I Digiprescelti continuano con la distruzione degli Obelischi. Cody e Ken non riescono a socializzare e per l'imbarazzo finiscono con l'ignorarsi, mentre Arakenimon crea, grazie all'ausilio di cento Obelischi di Controllo, BlackWarGreymon, una versione oscura di WarGreymon. Questo Digimon è potentissimo e riesce a sconfiggere anche Paildramon; tuttavia, il Digimon sembra dotato di libero arbitrio e non segue gli ordini di Arakenimon e Mummymon, finché non decide di abbandonarli per andare alla ricerca di un degno avversario.
I Digiprescelti si dividono in gruppi per ritrovare l'Anello Sacro di Gatomon, smarrito dal Digimon durante la fuga dall'Imperatore Digimon. Yolei, Kari e i loro Digimon incontrano Ken, in preda a misteriosi flashback, e Wormmon. I tre finiscono in un settore dove lo spazio è distorto e allora Arakenimon ne approfitta per sferrare un attacco ai suoi nemici, inviandogli contro Blossomon, ennesimo Digimon creato con gli Obelischi. Yolei e Kari, che durante l'episodio avevano dato prova di non riuscire a comprendersi appieno reciprocamente, durante la battaglia (che vede Stingmon, Gatomon e Aquilamon in seria difficoltà) riescono a creare un rapporto tale che permette la digievoluzione molecolare fra Aquilamon e Gatomon in Silphymon, il quale riesce a battere il forte avversario.
BlackWarGreymon si chiede se possieda un cuore e si interroga sul motivo della sua esistenza. Il Digimon improvvisamente incontra Agumon, che cerca di dargli delle risposte e di stringere amicizia con lui. Intanto i Digiprescelti lottano contro Knightmon, nuovo Digimon di Arakenimon e Mummymon, che cerca di distruggere una delle Pietre Sacre che mantengono l'equilibrio di Digiworld. Quando Knightmon scalfisce la Pietra, BlackWarGreymon, in preda di una strana forza, distrugge il Digimon, sconfigge i Digiprescelti e distrugge infine la Pietra.
Yolei è in gita con la sua classe a Kyoto ed affida Poromon a Izzy, che nel frattempo cerca di colmare i vuoti di memoria di Ken e di trovare una spiegazione alla sua trasformazione nell'Imperatore. Intanto, BlackWarGreymon continua a distruggere le Pietre Sacre, creando dei disturbi temporali che portano lui e altri Digimon nel mondo reale, proprio a Kyoto, dove creano il caos. Tuttavia, Yolei riuscirà a tenerli a bada con Shurimon (arrivato a Kyoto grazie a Ken e Stingmon), aiutata dal padre di Sora e dal fratello di Joe, incontrati durante la gita.
BlackWarGreymon continua a distruggere le Pietre Sacre, mentre Cody cerca di capire il comportamento ed i sentimenti di TK, in previsione di una possibile DNAdigievoluzione tra i loro Digimon. I Digiprescelti tentano di salvare una Pietra Sacra da BlackWarGreymon e Angemon, grazie all'energia della Pietra Sacra, superdigievolve MagnaAngemon, cercando immediatamente di risucchiare il nemico all'interno del suo Varco Soprannaturale. Ciò nonostante, Blackwargreymon riesce a distruggere la Pietra con un ultimo tentativo disperato e MagnaAngemon regredisce in Patamon, mentre BlackWarGreymon vola via per continuare la caccia alle Pietre Sacre.
Cody non riesce a comprendere come mai TK odi così profondamente le tenebre e si reca da Matt, suo fratello, per avere delle spiegazioni. Così Matt racconta a Cody di come Angemon si sacrificò per sconfiggere Devimon e di come TK rimase sconvolto nel vedere il suo Digimon regredito in un semplice Digiuovo. BlackWarGreymon intanto continua la sua ricerca delle Pietre Sacre e trova la penultima; tuttavia in sua difesa vi si schiera Cody, chiedendo a BlackWarGreymon se abbia veramente un cuore. BlackWarGreymon non sa cosa rispondere e alla fine decide di non avere un cuore, ritenendolo inutile, distruggendo poi la Pietra Sacra.
Arakenimon e Mummymon arrivano nel quartiere cinese di Digiworld e decidono di pranzare nel ristorante cinese di Digitamamon. Anche i Digiprescelti sostano nello stesso ristorante e cominciano a combattere con i due Digimon nemici. Purtroppo, i Digimon sono senza energie e non riescono a completare la Digievoluzione molecolare, lasciando che Arakenimon e Mummymon si diano alla fuga. Invece di inseguirli, i ragazzi, invitati da Cody che poco prima era stato l'unico a non essere d'accordo con la sosta, decidono di mangiare qualcosa per recuperare le forze. Nel frattempo, in un bosco lì vicino, Mummymon trova l'ultima Pietra Sacra e BlackWarGreymon e i Digiprescelti giungono sul posto. Paildramon e Silphymon cercano di fermare BlackWarGreymon, ma sembra tutto inutile. A questo punto, Cody e TK provano la Digievoluzione molecolare e da Ankylomon e Angemon nasce Shakkoumon.
Matt, Ken e Davis vanno in America, ma i primi due deviano poi verso il Messico. Davis si reca invece a New York, dove si riunisce a Mimi, reincontra poi Michael e facendo la conoscenza dei Digiprescelti americani, riportando la situazione alla normalità con l'aiuto di Ex-Veemon. Kari e Izzy, invece, si recano ad Hong Kong, dove, dopo aver ottenuto la fiducia dell'esercito cinese, e grazie a MegaKabuterimon ed Angewomon rimandano a casa i Digimon.
Sotto il caldo sole australiano, Cody e Joe, aiutati da Derek e dai Digiprescelti locali, e da Submarimon e Zudomon rimandano a Digiworld dei Digimon di tipo acquatico. Invece Tai e TK, giunti in Francia, ricevono aiuto dallo zio francese di TK e da MetalGreymon ed MagnaAngemon per liberare una Digiprescelta tenuta prigioniera a Versailles.
Ken e Matt si recano in Messico, dove, oltre a dover aiutare una piccola Digiprescelta, devono anche salvaguardare antiche costruzioni storiche dai Digimon arrivati da Digiworld. E grazie a WereGarurumon e Stingmon superano la missione. Sora e Yolei, nonostante i problemi di lingua, riescono a collaborare con dei Digiprescelti russi, anche combattendo con Garudamon e Aquilamon le condizioni sono troppo sfavorevoli e le due finiscono per perdere. Vengono però salvate da Imperialdramon, che torna per riportarle a casa ma le scopre in difficoltà. Sistemata la questione, i Digiprescelti tornano a casa, giusto in tempo per festeggiare il Natale. Tuttavia, Arakenimon ha ancora in mente qualcosa.
SkullSatamon, MarineDevimon e LadyDevimon arrivano nel mondo reale, spargendo caos e distruzione. I Digiprescelti si trovano in difficoltà, ma Imperialdramon, grazie all'energia di Aquilamon, Ankylomon, Angemon ed Angewomon, diventa in grado di accedere al suo Assetto da Combattimento, sconfiggendo SkullSatamon. All'improvviso compare Demon, signore delle tenebre e capo dei tre Digimon, il quale desidera che Ken lo segua. Tuttavia, anche Arakenimon e Mummymon vogliono che Ken li segua, costringendolo a farlo per non mettere in pericolo dei bambini che i due hanno rapito. Così, Ken finisce prigioniero dei due Digimon.
Una volta prigioniero di Arakenimon e Mummymon, Ken scopre che i due Digimon sono comandati da un essere umano, Yukio Oikawa, ex collega di suo padre, che gli rivela di essere a conoscenza della fonte dei suoi guai. È il Seme delle Tenebre, impiantato nel suo corpo durante il suo primo viaggio a Digiworld. Il Seme delle Tenebre è un insieme di dati che migliorano le facoltà fisiche e intellettive di chi lo possiede, ma lo trasforma in un essere senza scrupoli, come Ken, che in questo modo è diventato l'Imperatore Digimon. Oikawa trasferisce il seme da Ken agli altri bambini, che vogliono diventare bravi in tutto proprio come il loro eroe. Intanto, Shukkoumon e Silphymon combattono e sconfiggono dopo varie peripezie rispettivamente MarineDevimon e LadyDevimon. Davis raggiunge Ken e i nemici, i quali vengono fermati dall'arrivo di Demon, desideroso anch'egli di entrare in possesso del Seme delle Tenebre per i suoi scopi.
Oikawa, ottenuto ciò che voleva, fugge e costringe i Digiprescelti ad ingaggiare un combattimento contro Demon. Tuttavia Demon sembra imbattibile, neanche l'attacco combinato di Imperialdramon Fighter Mode, Silphymon e Shukkoumon riesce a sconfiggerlo. I Digiprescelti si rendono conto che anche rimandarlo a Digiworld sarebbe inutile, visto che Demon è in grado di aprire lui stesso un portale tra il mondo reale e quello digitale. L'unica soluzione è spedirlo in una dimensione che non è né Digiworld né il mondo reale, allora Ken, col proprio Digivice, apre un varco che scaraventa Demon nella dimensione del Mare Oscuro di Dragomon. La sera stessa, tutti i bambini con il Seme delle Tenebre tornano nelle proprie case.
Mentre i bambini con il Seme delle Tenebre cominciano a dare primi segnali di crudeltà e sadismo, BlackWarGreymon arriva nel mondo reale e cerca di sconfiggere Oikawa, che gli rivela di aver creato Arakenimon e Mummymon tramite la fusione di alcuni dati con frammenti del suo DNA, rivelandosi quindi una specie di padre per BlackWarGreymon. WarGreymon e Imperialdramon Fighter Mode successivamente combattono e sconfiggono BlackWarGreymon, che si allontana, ammettendo di essere stato felice di averli conosciuti.
Oikawa scopre che Cody è il figlio del suo più grande amico, Hiroki, ormai defunto da tempo. Da bambini il loro sogno era quello di andare a Digiworld, sogno che con il raggiungimento dell'età adulta era ancora incompiuto e tale sarebbe rimasto per sempre a causa della morte di Hiroki. L'incontro con Chikara, nonno di Cody e padre di Hiroki, sconvolge Oikawa. Tuttavia, il Seme delle Tenebre di una bambina fiorisce e Oikawa, prendendolo, acquisisce un'enorme energia e colpisce mortalmente BlackWarGreymon, intervenuto per impedirgli di colpire il nonno di Cody. BlackWarGreymon, in fin di vita, decide di usare le sue ultime forze per chiudere il varco fra Hikarigaoka e Digiworld, per evitare altri disastri.
Oikawa si appresta a raggiungere il suo obiettivo: recarsi a Digiworld, accompagnato dai bambini contaminati dal Seme delle Tenebre. Oikawa apre un varco, che tuttavia porta loro ed i Digiprescelti (che li stavano seguendo) in un'altra dimensione, dove vengono accolti da una vecchia conoscenza di Gatomon e degli ex Digiprescelti: Myotismon. Tre anni fa, dopo essere stato sconfitto dai Digiprescelti, Myotismon approfittò della debolezza di Oikawa per la recente perdita di Hiroki ed entrò nel suo corpo per sopravvivere, promettendogli di realizzare il suo desiderio di recarsi a Digiworld. Ora Myotismon, che ha raccolto abbastanza energia, può uscire dal corpo di Oikawa, alimentato dai Fiori delle Tenebre, trasformato in MaloMyotismon. Quindi, uccide senza pietà Arakenimon e Mummymon per testare i poteri del suo nuovo corpo e si appresta a combattere i Digiprescelti.
MaloMyotismon inganna con delle illusioni i Digiprescelti, cercando di privarli del loro spirito combattivo; tuttavia, Davis se ne accorge e, dopo aver aiutato gli amici ad uscire dalle illusioni, infonde loro il suo coraggio. Trovandosi in una dimensione dove tutto è possibile, i Digimon dei sei Digiprescelti digievolvono in tutte le loro forme contemporaneamente, creando un esercito di Digimon che combattendo insieme mette in difficoltà MaloMyotismon, il quale però apre un varco che lo conduce a Digiworld, dove, grazie alla sua energia oscura, minaccia di far piombare per sempre nelle tenebre il mondo reale e Digiworld.
