Bertempat di negara fiksi Eropa pada tahun 1924, seorang siswa pertukaran Jepang bertemu dengan seorang gadis misterius dan cerdas yang hanya meninggalkan perpustakaan untuk tidur. Kakaknya, seorang detektif, mengandalkan atau lebih kasarnya "memanfaatkan" pikirannya yang luar biasa untuk memecahkan misteri yang sulit.
Kazuya Kujo adalah siswa pertukaran dari Jepang. Saat menjelajahi perpustakaan dia bertemu Victorique de Blois. Sambil berbicara, saudara laki-lakinya yang boros, Grevil, datang dan menanyai Victorique melalui Kujo tentang pembunuhan di ruangan terkunci. Victorique bertekad untuk melakukan tugas tersebut dan memberikan jawaban yang mustahil namun sepenuhnya logis.
Menyamar sebagai Peramal yang terbunuh, Roxane dan pelayannya, Victorique dan Kujo telah menaiki Queen Merry. Begitu berada di kapal, mereka menyadari bahwa mereka telah jatuh ke dalam misteri lain, misteri ini dengan niat mematikan terhadap semua orang.
Perangkapnya tertutup dan arsitek di baliknya terungkap atau benarkah dia? Victorique mengambil skema yang lebih besar yang menggerakkan hal-hal yang jauh lebih besar. Pertanyaannya apakah gerakan tersebut masih berlangsung hingga saat ini?
Kazuya menyaksikan pemenggalan aneh seorang pria yang mengendarai sepeda motor. Sementara tersangka yang cocok dengan deskripsi yang Victorique duga ditangkap, seorang gadis baru bergabung dengan sekolah Kazuya yang juga cocok dengan deskripsi.
Kasus pria yang dipenggal itu berakhir setelah Victorique mengungkapkan identitas sebenarnya dari siswa baru di sekolah tersebut.
Kazuya bingung dengan hilangnya piring berharga dari pasar lokal. Pada saat yang sama dia melihat iklan di surat kabar yang menyerukan semua “Keturunan Serigala Abu-abu” untuk kembali ke rumah leluhur mereka. Setelah memberi tahu Victorique tentang hal itu, dia bersikeras untuk segera pergi ke kota.
Victorique dan Kujo menjelajahi "Desa Serigala Abu-abu" tempat ibunya tinggal untuk mencari petunjuk untuk membuktikan bahwa dia tidak bersalah, tetapi Victorique kecewa ketika dia mengungkap kebenaran dan menyadari bahwa dia tidak memiliki sarana untuk membersihkan namanya. Yang memperumit masalah, dua turis yang mengunjungi desa bersama mereka terbunuh dalam keadaan yang aneh.
Victorique berhasil menemukan pelaku di balik kematian baru-baru ini di desa tersebut dan membersihkan nama ibunya dengan mengungkap wanita yang menjebaknya. Namun, ketika wanita itu mencoba melarikan diri, dia mulai membakar seluruh desa, dan Kujo harus menghadapinya sambil melindungi Victorica dengan nyawanya.
Victorica demam saat Kujo berangkat sendirian untuk beberapa keperluan di Sauville. Saat mencari oleh-oleh untuk adiknya, dia bertemu dengan seorang gadis di antara tumpukan boneka. Gadis itu meminta bantuan, tapi ketika dia kembali ke department store bersama Inspektur, dia tidak bisa ditemukan. Kujo menelepon Victorica melalui telepon untuk meminta bantuannya, namun panggilan tersebut terputus karena dia dibawa pergi.
Kujo bertemu dengan gadis yang sama yang dia temui di department store, dan dengan bantuan gadis itu dan seorang anak tunawisma yang cerdas, dia berhasil mengembalikan kasus ini ke polisi. Kujo dan Grevil kemudian menanyakan pendapat Victorique tentang toko tersebut, hanya untuk mengetahui bahwa dia telah melakukan penelitian tentang toko tersebut, dan dia datang dengan rencana untuk mengungkap pelakunya.
Jaqueline, teman lama Grevil, berkunjung ke Akademi untuk memberikan sumbangan dan tiba-tiba bertemu dengan Victorique di Menara Perpustakaan. Di sana, dia bercerita tentang kejadian misterius dari masa lalu di mana dia dituduh melakukan pembunuhan, tidak menyadari hubungannya dengan Victorique dan alasan mengapa Grevil mulai memakai gaya rambut yang tidak biasa.
Semua orang di sekolah sedang mempersiapkan liburan musim panas di sana. Kujo telah membatalkan perjalanan liburannya bersama Avril untuk tinggal bersama Victorique. Kujo mengingat kembali masa lalunya mengapa dia meninggalkan Jepang, sambil bersantai di pohon. Ketika Kujo masuk ke akademi, Victorique ingin memanjat pohon tempat Kujo berada dan terjebak di pohon sehingga memaksa Kujo untuk menyelamatkannya. Kujo kemudian bersantai di rumah Victorique saat hujan, tapi dia menumpahkan teh ke seluruh kimononya dan memaksa Kujo untuk membersihkannya. Adegan berakhir dengan Kujo mengingat untuk membeli manisan untuk Victorique.
Kujo dan Avril menjelajahi salah satu menara sekolah dan sosok Avril yang terkait dengan legenda Leviathan, seorang alkemis yang tinggal di sana beberapa dekade sebelumnya. Victorique menemukan sebuah buku pop-up yang berisi pesan samar dari Leviathan sendiri dan ketika kematian terjadi di puncak menara, dia memutuskan untuk menyelidikinya sendiri.
Victorique diseret oleh gurunya ke kelasnya dan diperkenalkan kepada teman sekelasnya yang lain. Avril mencoba menarik perhatiannya tapi dia malah marah padanya. Kujo menuntut Victorique untuk meminta maaf padanya, dan ketika dia menolak, dia meminta Avril untuk terus menyelidiki kasus Leviathan tanpa bantuannya. Sementara itu Victorique bertemu dengan Brian Roscoe, teman korban, di puncak menara jam.
Kujo bertanya pada Brian Roscoe tentang hubungannya dengan Victorique dan ibunya, tapi dia hanya memperingatkan dia untuk mewaspadai ayahnya. Sementara itu, Victorique berhasil mengungkap rahasia di balik Leviathan, menara jam, dan kebenaran tentang asal usulnya.
Ayah Victorique membawanya dari akademi ke biara yang dikenal sebagai "Tengkorak Beelzebub" di Lituania. Kujo mengetahui keberadaannya dari Grevil dan naik kereta menuju ke sana untuk mencarinya. Dipandu oleh seorang wanita yang sangat mirip dengannya, Kujo berhasil menemukan di mana Victorique ditahan dan mengetahui darinya bahwa wanita tersebut kemungkinan besar adalah ibunya, Cordelia.
Victorique mengungkapkan kepada Kujo bahwa ayahnya membawanya ke biara untuk memancing Cordelia dan Brian. Saat keduanya melarikan diri, mereka dipisahkan oleh ilusi. Victorique bertemu Brian, yang mengungkapkan bahwa dia berencana menghentikan ayahnya dan Akademi. Sementara itu, Kujo bertemu dengan Cordelia, yang mempercayakan kepadanya sebuah cincin dan beberapa kata-kata penyemangat untuk putrinya, yang kemudian menjadi Marquis Albert de Blois sendiri. Albert mencoba memaksa Kujo untuk menyerahkan Victorique kepadanya, tapi Kujo menolak dan pergi. Pintu air yang melindungi biara dibuka oleh jebakan pelepas waktu yang dipasang oleh Albert, membanjiri seluruh area, dan Kujo nyaris lolos bersama Victorique.
Setelah melarikan diri dari banjir, Victorique, Kujo, dan penumpang Masquerade Express lainnya terlibat dalam kontes berdarah untuk mendapatkan barang yang sulit dipahami yang dapat mengguncang keseimbangan kekuatan antara Akademi dan Kementerian Ilmu Gaib.
Kujo berangkat ke ibu kota untuk mencari hadiah untuk ulang tahun Victorique yang kebetulan pada hari Natal. Sementara itu, Victorique menerima pesan dari ibunya dan mulai mencari Kujo tanpa hasil sampai dia dipanggil oleh ayahnya dan dibawa oleh Grevil ke ibu kota untuk memecahkan misteri terbesar negara, yang melibatkan ratu sebelumnya, Coco Rose, yang hidupnya sedang diperagakan kembali dalam sebuah drama di Teater Phantom.
Mengetahui bahwa Victorique telah dipanggil lagi oleh ayahnya, Kujo berlomba untuk mengejarnya, namun dia menghilang lagi. Inspektur mengungkapkan kepada Kujo bahwa Victorique mungkin tidak bisa pergi, kecuali dia menyelesaikan kasus Coco Rose, yang berkisah tentang seorang ratu yang ditemukan dipenggal di dalam kamarnya. Kujo memutuskan untuk mengumpulkan Fragmen Kekacauan yang tidak dapat dikumpulkan oleh Victorique, hanya untuk mengetahui bahwa Cordelia pernah menjadi gadis panggung, yang secara misterius hilang seperti halnya seorang wanita yang mirip dengan Coco Rose. Selama penyelidikannya, Kujo bertemu Brian Roscoe - yang membujuknya ke gang menuju jendela yang terbuka - membimbingnya kembali ke teater tempat Victorique ditahan oleh ayahnya dan para penjaga, dan bertemu kembali dengannya sekali lagi.
Setelah menyelidiki makam seorang wanita yang sangat mirip dengan Ratu Coco Rose, Victorique berhasil mengumpulkan kebenaran di balik kematian misteriusnya. Kebenaran kasus Coco Rose dan hilangnya Nicole Lulu menjadi jelas, dan Albert membebaskan Victorique ketika dia tidak dapat mengidentifikasi pembunuhnya secara pasti. Dalam perjalanan pulang ke Akademi, Victorique dan Kujo bertemu dengan pasangan biasa yang sebenarnya adalah Coco Rose yang masih hidup dan putranya ayah dari Leviathan. Cordelia mengawasi mereka saat mereka tiba di rumah, dan segera bergabung dengan Brian dan kemudian seorang pria yang tampaknya adalah saudara kembar Brian.
Kujo menikmati Natal bersama Victorique ketika dia diambil secara paksa dari Akademi saat Raja Rupert menyatakan bahwa semua warga negara asing harus dipulangkan ke negara asalnya meskipun konflik di Sabure akan segera terjadi. Namun, Kujo berhasil melarikan diri dan kembali ke Akademi ingin bertemu Victorique lagi, tidak menyadari bahwa ia menjadi sandera di tangan Albert sebagai sarana untuk memastikan kerja samanya dengan rencananya.
Pada musim semi tahun 1925, semua bagian dari rencana Albert telah dilaksanakan. Kujo telah dideportasi dan Victorique telah lama dipenjarakan di istana kerajaan Sauville. Dengan menggunakan kebijaksanaannya, Albert mengungkap identitas Jupiter Roget sebagai Serigala Abu-abu kepada bangsawan lain dan mengusirnya, lalu membujuk Raja Rupert untuk membuat aliansi dengan kekuatan Jerman yang sedang bangkit. Pada Musim Dingin tahun 1925, ketika Kujo telah terdaftar di militer Jepang, Albert ditunjuk sebagai Perdana Menteri Sauville yang baru dan meminta Grevil membawa Victorique keluar selama upacara untuk memamerkan kekuatannya.
Setelah mencoba membunuh Victorique, Brian Roscoe yang bersamanya terjatuh dari tebing dan terluka parah, sedangkan kakaknya tewas sambil memegang tangan Cordelia. Dia diselamatkan olehnya dan dibawa ke pelabuhan di mana mereka ditemukan oleh Grevil yang mendapat perintah untuk menangkap mereka, tapi malah membiarkan mereka melarikan diri. Di dalam perahu meninggalkan negara itu, Brian menyatakan kepada Victorique bahwa Cordelia adalah tipe ibu yang selalu dia dan saudara laki-lakinya inginkan, dan iri dengan cinta Cordelia padanya. Memohon padanya untuk tetap hidup demi ibunya, dia meneruskan. Rambut Victorique berubah menjadi perak karena semua yang telah terjadi namun terbukti menguntungkannya ketika dua petugas yang ditempatkan di kapal yang dia tumpangi menghilangkan kebiasaan yang dia kenakan, karena perintah untuk menangkapnya menyatakan dia memiliki rambut pirang panjang yang mereka biarkan. dia berpikir mereka telah melakukan kesalahan...
