La « Magie » que nous connaissons n'est issue ni des légendes, ni des contes de fées. Elle est devenue une réelle technologie depuis près d'un siècle. Plusieurs pays de ce monde s'opposent dans une course à la formation de « Magiciens ». Tatsuya Shiba est un étudiant sans capacités magiques inscrit au Premier Lycée de Magie ; il y étudie avec sa sœur Miyuki, qui se trouve être la meilleure élève parmi les première années.
Dans un futur où la civilisation est en voie d'extinction, la magie est le dernier secours des êtres humains. Lors de la rentrée des classes du lycée magique, le bureau des élèves souhaite recruter un nouveau membre, mais le candidat semble difficile à gérer.
Après qu'un mouvement anti-magie est désigné comme étant à l'origine de l'attaque de l'Offshore Tower, Kôichi Saegusa apprend que les médias seraient manipulés pour retourner la population contre les mages.
Un député tente de décrédibiliser le lycée magique en pointant du doigt l'usage militaire qui en est fait. Le lycée compte y répondre en montrant les progrès qui y sont accomplis d'un point de vue pacifique.
Des dissensions pèsent sur le Bureau des élèves, menant le farouche Shippô à affronter les jumelles Saegusa dans un duel d'honneur.
L'organisateur de la Bataille des Neuf Écoles décide de revoir la liste des disciplines imposées, et le nouveau planning ressemble étrangement à un programme militaire.
Tatsuya part enquêter après avoir reçu un document confidentiel d'origine inconnue. Celui-ci dévoile la vraie raison des changements d'épreuves de la Bataille des Neuf Écoles.
Le groupe mené par Tatsuya part en reconnaissance pour vérifier les mesures de sécurité autour du Steeplechase.
Pour contrer les plans de l'armée de défense, Tatsuya est envoyé lors de l'épreuve de Steeplechase pour neutraliser les Parasite Dolls et assurer la sécurité des lycéens.
La tante de Tatsuya écrit à ce dernier pour lui confier la mission de capturer Gongjin Zhou. C'est le moment pour Tatsuya de récolter son dû pour son service rendu aux Kudô quelques mois plus tôt.
Tatsuya et Miyuki vont à la rencontre du chef de la famille Kudô pour créer une alliance, et ce, afin de trouver la trace de Gongjin Zhou et l'éliminer.
Mayumi est préoccupée par la soudaine disparition de son garde du corps, Nakura. Son père lui cache la vérité, ce qui pousse Mayumi à chercher de l'aide auprès de Tatsuya.
Sur la trace de Gongjin Zhou à Kyoto, Tatsuya et ses amis tombent sur un patron de restaurant également traditionaliste qui peut leur fournir des informations sur la cible.
Au retour de Tatsuya, Miyuki demande à celui-ci des réponses concernant ses récentes découvertes sur l'état inquiétant de Minoru. Tatsuya apprend que Gongjin Zhou est dans un lieu hautement sécurisé et part à sa poursuite.
