Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans...
Kaito Kid envoie une lettre à la famille Mine, qui possède un sabre orné d'un joyau que le voleur désir obtenir. Ginzo Nakamouri arrive chez les Mine avec une escouade de police, déterminé à attraper le voleur, tandis que la grand-mère de la famille refuse l'intervention de la police, considérant qu'ils pourraient se débrouiller tout seuls.
Toute la bande est invitée à la villa de l'inspecteur Shiratori, où il conserve sa collection de vins, pour fêter l'achèvement de celle-ci.
Conan et Ran rendent visite à Heiji et Kazuha à Osaka, mais alors qu'ils se promènent, ils tombent sur un groupe de trois enfants qui ressemblent à Ayumi, Mitsuhiko et Genta. Le groupe est à la recherche de leur ami disparu et Conan accepte de les aider.
Cette OAV met en scène Kaito Kid qui tente de voler un bijou appelé "Crystal Mother", actuellement en possession de la reine d'Ingram. Le coup doit avoir lieu en un seul coup, mais Conan n'est pas le seul à se mettre en travers de son chemin, le petit prince héritier d'Ingram est également présent. Le Kid Kaito parviendra-t-il à s'emparer du précieux bijou malgré les difficultés ?
La classe a pour mission de poser des questions à un entrepreneur local sur le déroulement de son travail et ses projets d'avenir et de traiter ces informations dans le cadre d'un exposé. Les "Detective Boys" se réunissent pour interviewer ensemble Kogorou Mouri. Mais comme l'entretien n'est pas très instructif, ils décident de le suivre afin d'en savoir plus sur son emploi du temps. Bien sûr, il ne faut pas longtemps pour qu'un incident particulier se produise.
Un jour, l'agence de détectives de Kogorou Mouri reçoit un appel de chantage. Il s'avère que l'appelant s'est trompé de numéro. Après avoir trouvé le véritable destinataire de l'appel, Conan apprend qu'un bijou de grande valeur a été volé. Avec Heiji, il se met à la recherche du voleur. Mais le fait que Kaitou Kid ait également jeté son dévolu sur le bijou complique les choses.
Conan et les "Detective Boys" sont invités chez le professeur Agasa. Une fois sur place, ils apprennent que le professeur a été enlevé. Ils tentent alors, à la manière typique de Conan, de découvrir où il se trouve à l'aide des indices donnés. Mais ils doivent bientôt constater que le professeur ne fait que jouer avec eux. Mais soudain, il est réellement enlevé.
Un meurtre est commis dans la rédaction du magazine "Weekly News". Les suspects sont les quatre employés, qui auraient tous eu un motif pour tuer leur supérieur. Le commissaire Megure et Kogorou Mouri ne savent pas quoi faire jusqu'à ce que Sonoko Suzuki, une détective lycéenne, arrive et leur montre comment résoudre l'affaire.
L'amie de Conan, Ai Haibara, a une fois de plus mis au point un nouvel antidote au rétrécissement des deux. Conan est prêt à le tester immédiatement, dans l'espoir de retrouver son ancienne forme de Shinichi Kudou. Mais les choses ne se passent pas comme prévu.
Dans cette histoire, Conan dirige un groupe de jeunes détectives pour lutter contre Kaitou Kid, qui s'intéresse à un bijou situé sur une île de l'hôtel.
Histoire secondaire de l'épisode 616 de l'anime TV : Mitsuhiko trouve dans un magazine de mode la photo d'une jeune star qui ressemble fortement à Ai Haibara. Suite à l'appel de Conan Edogawa et à sa consigne de ne laisser Ai se rendre en aucun cas chez le professeur, Genta et lui enquêtent sur le passé de la jeune star.
Une batte de baseball légendaire, censée donner les meilleures capacités même au plus mauvais des joueurs ? Cet OVA met en scène un tel spécimen. Mais que se cache-t-il vraiment derrière cette batte et d'où vient-elle ? Comme par hasard, Conan se trouve lui aussi sur les lieux et finit par découvrir une affaire encore plus importante.
