Le sort du monde se joue lorsque s’affrontent le Maître des corps, un démon nécromancien ayant accumulé une puissance incommensurable, et un légendaire chevalier sacré. Mais, au dernier moment, le monstre use d’un mystérieux arcane magique qui enveloppe le héros d’une étrange lumière. À travers l'espace et le temps, un garçon nommé Polka Shinoyama se réveille en ne se sentant pas tout à fait lui-même… Qui pouvait s’attendre à ce que l’issue de la confrontation se déroule de cette façon ?
Un nécromancien appelé Maître des corps sème le chaos dans son monde. Son adversaire le plus redoutable, le Broyeur de fléaux, vient l'affronter dans un combat dont l'issue est incertaine.
Le nécromancien s'est réincarné dans notre monde, mais il doit tout apprendre et en premier lieu, la fragilité des humains et leur méconnaissance de la magie.
Le nécromancien, tout en essayant de comprendre le monde qui l'entoure, explique à Misaki et Takumi sa façon de voir les choses et s'interroge sur la suite à donner à sa nouvelle vie.
Les affaires particulières qui arrivent entre les mains des autorités sont confiées au service de sécurité et de communication, aussi appelé sec-com. Les agents de police bien particuliers qui le composent ont beaucoup de travail donné par le nécromancien, en plus des cas déjà en cours.
Le nécromancien rencontre enfin le fameux Lemmings et se rend compte de la difficulté qu'il aura à l'affronter. Il décide ensuite de se trouver une activité lucrative pour retrouver la paix qu'il espère tant.
Le nécromancien va rencontrer la famille Shinoyama accompagné de Misaki. Il va devoir faire connaissance en espérant que personne ne se rende compte de sa véritable identité, mais ce n'est pas si facile.
Le nécromancien décide de tout expliquer au père de Polka et va devoir lui avouer le rôle de Misaki. De son côté, celui que la police a surnommé le Solitaire mystère a décidé de faire parler de lui.
Une partie de la maison Shinoyama ayant brûlé, Sayo se retrouve là où habitent Polka et ses amis. L'enquête pour retrouver le commanditaire de l'assassinat de Polka continue.
Iwanome et Arase ont décidé de rendre visite à Polka pour lui demander une séance de voyance, mais Iwanome se retrouve avec plus de questions que de réponses.
Maintenant que Solitaire a dévoilé le symbole connu uniquement du Maître des corps et de quelques initiés, les réactions ne se font pas attendre.
Pendant qu'Iwanome tente de fédérer l'élite de la police autour de l'affaire Solitaire mystère, le nécromancien continue ses séances de voyance qui sont de plus en plus prisées.
Le nécromancien se retrouve confronté en même temps à tous les êtres extraordinaires qui peuplent la ville. Il va devoir user de tout son pouvoir pour tenter de répondre aux questions qu'il se pose.
La police tente tant bien que mal de comprendre les phénomènes qui semblent arriver de façon surnaturelle dans le quartier de Shinjuku, pendant que le nécromancien essaie de rester incognito.
Pendant qu'une partie des forces de l'ordre essaie de retrouver Solitaire grâce à la vidéosurveillance, un employé de Clarissa a disparu, et ce sont d'autres collègues policiers qui sont envoyés à Shinjuku pour enquêter.
L'activité autour de l'immeuble où habite le nécromancien cesse enfin, et il peut maintenant se concentrer sur le renforcement de ses pouvoirs grâce aux pierres que lui trouvent ses amis.
Le combat se poursuit, aussi bien entre les amis du nécromancien et leurs ennemis qu'entre les policiers corrompus et les autres, qui sont à la recherche de la vérité.
Solitaire a décidé de continuer à chercher qui a tenté de l'assassiner, le nécromancien attend toujours des nouvelles de ses nouveaux amis, et Iwanome et Arase s'opposent à des ennemis inattendus.
Iwanome et Arase affrontent Habaki, qui n'a pas l'air dans son état normal et qui va enfin rencontrer la personne qu'il attendait.
Le nécromancien croise un vieil ami et se remémore quelques instants passés avec lui, pendant que les collègues d'Iwanome tentent de comprendre ce qui s'est passé avec Habaki et Solitaire.
Le nécromancien explique à Xiaoyu le lien qu'il compte créer avec lui, pendant que Sayo, Takumi et Misaki débattent à propos de la nouvelle nature de cette dernière.
Taipei surgit au moment de l'interruption de l'entretien entre Polka et ses nouveaux clients, et les événements s'enchaînent très rapidement.
Solitaire est fier de son succès, qui le mène à rencontrer Civil, le nécromancien a une grande discussion avec Xiaoyu puis Misaki, tandis qu'Iwanome et son équipe continuent d'enquêter sur Pyro-bug.
Pendant qu'Iwanome découvre enfin la documentation de Hosorogi au sujet des incendies, Civil et le nécromancien vont pouvoir s'expliquer sérieusement.
Le nécromancien et ses amis vont devoir faire preuve de courage pour venir à bout des attaques des différents ennemis lors d'une bataille épique en plein Shinjuku.
