L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Shiki, un orphelin qui a été élevé par des animatroniques dotés d'une conscience dans un parc d'attraction abandonné nommé Granbell Kingdom. Un jour, Rebecca et son chat Happy se rendent à ce parc afin d'enregistrer des vidéos pour le site B-Cube, un cousin éloigné de YouTube. Peu de temps après leur arrivée, ils se font enlever par les résidents du parc. En réalité, il s'agit d'une mise en scène qui est censée forcer Shiki à quitter la planète avec Rebecca et Happy étant donné que les batteries des animatroniques sont en fin de vie. Après vaincu à contre contrecœur les robots, Shiki s'échappe de la planète en compagnie de Rebecca et Happy avec pour but d'explorer le Cosmos Sakura et ainsi trouver Mother, déesse mystérieuse de l'univers.
Rebecca, une B-Cubeuse pas connue, se rend sur Granbell, aussi appelé "étoile parc d'attraction" en compagnie de son chat Happy. La jeune femme souhaite enregistrer des vidéos pour sa chaîne. Les robots peuplant la planète lui confient alors une mission, au cours de laquelle elle fait la rencontre d'un mystérieux garçon, un certain Shiki...
Rebecca, Happy et Shiki se rendent sur Blue Garden, l'étoile des aventuriers, afin d'enregistrer Shiki en tant qu'aventurier à la guilde des aventuriers, la Bougie du Météore. Shiki, excité par ce nouvel environnement, ne tient plus en place... C'est alors que des voleurs profitent d'un instant de distraction des aventuriers pour kidnapper Happy !
Shiki a pris sa décision : il veut rencontrer Mother, une femme gigantesque, plus grande qu'une étoile, qui se trouve quelque part dans l'univers. Rebecca et Happy souhaite l'accompagner afin de faire des nouvelles vidéos. Pour cela, les aventuriers ont besoin d'un meilleur vaisseau. La B-Cubeuse connait une personne qui pourrait les aider...
Shiki, Rebecca et Happy viennent d'arriver à Norma et se rendent chez le Docteur Wise. Ils font alors la connaissance d'un jeune homme, qui se prétend être Wise Steiner. Ce qui surprend quelque peu Rebecca et Happy, puisque leur connaissance devrait être une personne âgée ! Très vite, la B-Cubeuse comprend ce qui se passe...
Shiki, Rebecca et Happy apprennent que Pino est un androïde du futur et même s'ils ne voulaient pas, à la base, intervenir à cette époque, de peur de changer le passer, ils partent à sa rescousse au quartier général de la Sybille Family. Pendant ce temps, Wise attend son heure afin de récupérer Pino alors que Sybille discute avec Pino...
Le temps presse pour Shiki et ses amis ! Pourchassés par la police, ils essaient de quitter Norma mais un champ inconnu les empêche de quitter la planète. Mais ce n'est pas sans compter l'intervention de Wise ! Pendant ce temps, la pirate légendaire qui règne sur les sept mers cosmiques, Erzy Crimson, a retrouvé la trace de Shiki...
Shiki est partie à la recherche d'Erzy afin de la vaincre et de lui voler le vaisseau ! Le combat s'annonce ardu pour le jeune aventurier originaire de Granbell. Pendant le combat, il apprend que la capitaine pirate est une ancienne connaissance de son grand-père, le Roi-Démon Ziggy, et que même-lui n'a pas réussi à rencontre Mother...
Alors qu'ils l'explorent le vaisseau avec ses amis, Shiki et ses amis font la connaissance de Witch, l'une des Quatre Étoiles Brillantes du Roi-Démon. En charge de la gestion du vaisseau, elle les informe qu'ils doivent trouver les 3 autres Étoiles Brillantes s'ils souhaitent sortir du Cosmos Sakura avec l'Edens Zero. Ils se mettent alors à leurs recherches...
Rebecca vient de se faire enlever, comme de nombreuses B-Cubeuses, sur Blue Garden ! Afin de sauver son amie, Shiki se dirige alors sur la planète Guilst, une planète habitée par de nombreux criminelles. Mais il doit se dépêcher car Rebecca est sur le point d'être vendue à une crapule de la pire espèce, un certain Illega...
Shiki, Homura et Pino sont au QG de Rogue Out, où ils rencontrent Sister. Mais malheureusement pour eux, Rebecca n'est pas là. Pire, ils sont loin d'être bien accueillis par l'ancienne Étoiles Brillantes. Pendant ce temps, la situation devient critique pour les B-cubeuses. Mais Rebecca semble avoir une derrière la tête pour s'en sortir...
Alors qu'ils allaient réussir à s'échapper, les B-cubeuses sont rattrapées par Jin, le mercenaire appartenant à la guilde Rogue One. C'est alors que Shiki arrive afin de prendre sa revanche suite à son combat sur Blue Garden. Pendant ce temps, Wise s'oppose, contre toute attente, à Homura, étant certain que la samouraï cache quelque chose...
Juste avant l'arrivée du Croque-mitemps, Shiki et ses amis parviennent à s'échapper de la planète Guilst. Avec Sister en plus sur l'Edens Zero, ils ne leur restent plus que 2 Étoiles Brillantes à trouver afin de quitter le Cosmos Sakura : Valkyrie et Harmit. Et l'une des étoiles est intimement liée à l'un des nouveaux compagnons montés à bord...
Grâce à Sister, Shiki et ses amis ont rapidement retrouvé Harmit, l'une des Étoiles Brillantes manquantes de l'Edens Zero. Mais bien que son corps soit présent, son esprit ne l'est pas. Sa conscience se trouve sur la planète virtuelle Digitalis. Afin de s'y rendre, Shiki, Rebecca, Wise et Homura font alors un "dive" après avoir été numérisé.
Alors qu'ils recherchent Harmit, Shiki, Rebecca, Wise et Homura font la rencontre de Jamirov, le tueur fou de PNJ et de players qui sèment la terreur sur Digitalis. Excédé par son comportement, Shiki l'attaque rapidement mais ce dernier le repousse facilement. Peu de temps, Shiki et ses amis trouvent finalement Harmit...
Homura fait finalement son retour, sauvant ainsi Shiki et les gens de la ville. Puis elle se lance à la poursuite de l'imposteur qui avait pris sa place. Shiki affronte Jamirov en un contre mais le combat est déséquilibré, en raison des triches du tueur de PNJ. Alors que Wise tente d'aider Shiki en essayant de tricher aussi, il reçoit une aide inattendue...
Shiki, Rebecca, Wise et Homura sont parvenus à quitter la planète virtuelle en compagnie de Harmit. Mais quelques instants, Jamirov les retrouve et hacke alors l'Edens Zero, le poussant alors à l'autodestruction. Seule Harmit est en mesure de reprendre le contrôle du vaisseau spatial mais la jeune androïde ne semble pas vouloir agir...
Sur le Belial Gore, Jamirov, ou plutôt Spider, l'un des meilleurs hackers de la galaxie, raconte à Drakkhen Joe, l'un des Six Généraux Galactiques Démoniaques, ses déboires avec Shiki. Pendant ce temps, l'Edens Zero se dirige vers la planète du temps Mildian afin de rencontrer la liseuse du temps Xiaomei et trouver des indices concernant Valkyrie.
Afin d'obtenir des infos sur Valkyrie, Shiki et ses amis doivent vaincre les guerriers de Xiaomei. Shiki et Rebecca affronte respectivement le meilleur guerrier de la planète Zorg, Metal Bogey et le champion galactique de la SBA, Franker Yochi. Wise affronte Highway Yana à la vitesse divine tandis qu'Homura va combattre un adversaire troublant...
Conformément aux paroles de Xiaomei, l'équipage de l'Edens Zero met le cap sur Sun Jewel. Il fait alors la rencontre du capitaine Connor d'une manière étrange... Une fois arrivée sur la planète des pierres précieuses, Shiki, Rebecca, Homura; Happy et Pino se rendent au Casino Paradise afin d'obtenir des informations concernant Valkyrie.
Malgré qu'ils défendaient seulement leur vie, Shiki et Homura sont tout de même envoyés dans la zone des travaux forcés. Très vite, ils entrent en conflit avec Garrett, un des subordonnés de la Dame Écarlate. Pendant ce temps, Rebecca fait de son possible pour se rendre à la zone des travaux et rencontre à cet occasion un allié inattendu...
Malgré la mise en garde de Garrett, Shiki l'affronte afin de libérer son ami Homura et rend alors rapidement l'avantage. Grâce au célèbre B-Cubeur Nino, Rebecca parvient à se rendre à la zone des travaux forcés, en compagnie d'Happy et de Pino. Dès leur arrivée, nos 3 amis font la rencontre d'un des disciples de Valkyrie, un certain Paul...
Grâce à Paul, Homura apprend finalement la triste vérité sur Valkyrie. Alors qu'elle se rend un certain endroit, les souvenirs passées de son maître refont surface. On apprend notamment que l'ancienne Étoile Brillante du Roi-Démon a quitté la jeune fille afin de retrouver sa vraie mère, qui habiterait Sun Jewel selon Xiaomei...
Alors que Homura n'arrive pas à surmonter la disparition de Valkyrie, Shiki part à la rencontre de la Dame Écarlate, Kurenai Kôgetsu ,la mère d'Homura. Alors que Drakkhen Joe s'empare de l'Oeil Éclarlate, Kurenai décide d'utiliser son va-tout afin d'anéantir tous ses ennemies, aussi bien Shiki que les rebelles présents dans la zone de travaux forcés.
Le combat entre Shiki et le Chevalier d'Acier Écarlate se poursuit dans la zone de travaux forcés. Pendant ce temps, Rebecca et Wise se dirigent vers l'entrepôt afin de récupérer de nouveaux vêtements mais aussi des minutions de rechange pour les rapporter à la résistance alors que Homura est toujours affecté par la disparition de Valkyrie.
Le combat s'approche à son terme entre Shiki et le Chevalier d'Acier Écarlate. À la fin du combat, Shiki ramène alors Kurenai vers sa fille Homura, conformément au souhait de Valkyrie. Comment la jeune fille va-t-elle réagir à ses retrouvailles ? Tout comme les Étoiles Brillantes du Roi-Démon, qui attendent le retour de leur amie sur l'Edens Zero...
Après leur victoire contre Kurenai et leur départ de Sun Jewel, Shiki et son équipage sont poursuivis par un mystérieux vaisseau géant. Ils décident de prendre les choses en main et de l'aborder… Ils découvrent à l'intérieur un secteur entier de la planète Guilst qui a échappé au Croque-mitemps, et dont le maître est un certain Drakkhen Joe…
Shiki et son équipage, désormais livrés à la vindicte de la foule, doivent trouver un moyen de passer inaperçus… Mais ils sont rapidement la cible des Element 4, les forces spéciales de Drakkhen Joe. Le reste de l'équipage, à bord de l'Edens Zero, doit faire face à trois intrus. Witch, le « bouclier d'Edens », va à leur rencontre afin de les arrêter...
Le combat se poursuit entre Laguna, l’élément de l’eau des Element 4, et Wise, qui s’est habilement joué de lui. Mais bientôt, un autre membre de ladite unité va intervenir à son tour. Un drame va obliger Rebecca, toujours à bord de l’Edens Zero, à se rendre sur Belial Gore, mais là encore, un autre membre des Element 4 va se mettre sur sa route…
Shiki, Pino et Homura tentent de retrouver Rebecca, avec qui ils ont perdu le contact… et tombent sur Sylphe, l'élément du vent des Element 4. C'est encore un combat qui les attend. Rebecca, quant à elle, va faire la connaissance du maître de Belial Gore, Drakkhen Joe, qui va la retenir prisonnière. Quelles sont ses réelles intentions ?
Tandis que Shiki affronte Jin, le mercenaire qu'il a rencontré sur Guilst, Homura tente d'échapper à Sylphe, l'élément du vent. De son côté, Rebecca subit les tortures de Daichi, le dernier des Element 4. Mais c'est l'intervention de Drakkhen Joe qui va bouleverser, de façon tragique, toute l'aventure de l'équipage de l'Edens Zero…
Rebecca est dévastée par la mort de son ami Shiki. Drakken Joe lui explique enfin la raison pour laquelle il l'a enlevé : la jeuen B-Cubeuse possède un Ether Gear rare, si puissant qu'il pourrait bouleverser les règles du Cosmos. De manière innatendu, elle parvient à activer son Cat Leaper alors qu'elle se remémore des paroles de son kidnappeur...
Malgré les révélations de Rebecca, Shiki et ses compagnons lancent prennent d'assaut Belial Gore. Pendant que les Quatre Étoiles brillantes affrontent les Element 4, le reste de l'équipage fonce délivrer Laviria Christy, ils font la rencontre de Master Noa, le maître de la guilde de Blue Garden, qui vient de leur révéler une info cruciale sur Drakkhen Joe...
Les combats se poursuivent entre les Element 4 et les Quatre Étoiles brillantes. Ces dernières espérent suivre les traces d'Harmit victorieuse de Faye, l'élément de feu, mais la tâche ne s'annonce pas facile surtout pour Homura, opposer à Sylphe, l'élément du vent ayant remporté facilement leur combat dans le monde n°29...
Shiki et ses compagnons ont réussi à retrouver Laviria, mais elle n'est pas exactement ce qu'elle prétend être. Suite à la défaite des Element 4, il ne reste plus que Drakkhen Joe à battre. Shiki décide de l'affronter mais après les révélations de Sibylle sur son identité, Wise décide d'y aller aussi afin de tuer de ses propres mains…
L'arrivée de Wise offre une seconde chance à Shiki de vaincre Drakkhen Joe, mais elle est malheureusement de courte durée. L'unique issue favorable à l'affrontement réside maintenant dans l'inversion du flux d'énergie du Général Galactique Démoniaque, permettant de lui faire perdre sa jeunesse éternelle... Cela suffira-t-il à le vaincre ?
Avec la défaite de Drakkhen Joe, une page se tourne pour l'équipage de l'Edens Zero, qui va pouvoir repartir à la recherche de Mother dans le cosmos extérieur. Mais avant ça, Shiki souhaite retourner sur Granbell. Il espère que ses amis sont redevenus normaux mais ce n'est pas le cas. Il apprend alors la vérité derrière leurs précédentes actions...
Shiki est stupéfié de découvrir que son grand-père est encore en vie, mais l'est encore plus quand il découvre ses noirs desseins. Une bataille intense s'engage maintenant entre les deux camps. Mais très vite, l'Edens One prend le dessus sur l'Edens Zero, qui ne doit son salut grâce à l'intervention providentielle d'une certaine personne...
Grâce à l'intervention d'Erzy, Shiki et ses compagnons parviennent à échapper au Roi-Démon Ziggy. Il est désormais temps pour eux de quitter le Cosmos Sakura pour le cosmos externe et repartir à la recherche de Mother ! Mais pour ce faire, il va d'abord falloir franchir de nouveaux obstacles et notamment, le fameux Dragon Fall...
Shiki et son équipage débarquent sur Red Cave, la « planète des flammes », où ils ne trouvent, bizarrement, que de l'eau… Ils décident de s'accorder un moment de répits après leurs dernières aventures mouvementées. Mais celui-ci n'est que de courte durée puisque que le crash d'un vaisseau va perturber leur belle journée...
Sur la planète Red Cave, Shiki et ses amis découvrent un temple sous-marin et sa gardienne, Nadia, qui leur confirme qu'il existe bien un indice qui leur permettra de trouver Mother. Mais pour acquérir cet indice, ils vont devoir surmonter une épreuve... Une épreuve plus difficile qu'il n'y paraît mais c'est sans compter une intervention extérieure...
La quête des reliques de Mother amène l'Edens Zero sur la planète Foresta. Mais arrivés sur place, Shiki et ses compagnons se rendent compte que la situation n'est pas normale entre les machines et les êtres humains… Pendant ce temps, Erzy découvre la raison pour laquelle l'armée gouvernementale parvient à la retrouver aussi facilement.
Le chaos qui règne sur Foresta est donc bien l'œuvre de Ziggy. Shiki et ses compagnons vont en plus devoir affronter les hommes de Poséidon Nero, l’empereur de Cosmos Aoi. D’autre part, Harmit se rend compte que ses trois camarades des Étoiles brillantes et elle risquent à leur tour de se détraquer. Une course contre la montre s’engage.
Shiki et ses compagnons ont été séparés et doivent chacun affronter un membre de Beast, le corps franc de l'empereur Poséidon Nero. Pendant ce temps, l'Edens Zero continue de repousser les assauts des robots tandis qu'Erzy découvre la situation dramatique sur Foresta, situation dont est responsable le Roi-Démon Ziggy...
Tandis que Rebecca apprend à mieux maîtriser son pouvoir du Cat Leap, Harmit, accompagnée de Wise, se rend sur le serveur qui diffuse le virus infectant les machines de Foresta… C'est là qu'elle va de nouveau croiser une vieille connaissance…
Le chaos continue de régner sur Foresta. Le conflit entre Justice et Erzy va en partie lever le voile sur la nature de leur relation. Sur le satellite-serveur qui diffuse le virus, Harmit et Wise sont toujours à la peine, cette peine est autant plus vive qu'Harmit fait face à son ancien bourreau. Au même moment, Shiki fait une rencontre étonnante...
La crise s'intensifie sur Foresta à cause de nouveaux ordres envoyés par le Pr Muller. Shiki rencontre le maître de Ziggy, Xenolith, qui parvient à stopper les conflits entre l'armée gouvernementale et les pirates d'Ezry. Mais les robots continuent de se déchaîner et seuls Harmit et Wise sont en mesure de les arrêter. Vont-ils réussir à les stopper à temps ?
Après leur départ de la planète verte, Shiki et son équipage s’apprêtent à suivre un entraînement avec Xenolith, l’inventeur des techniques de Mécanique démoniaque de gravité. De son côté, l’empereur Poséidon Nero réunit les Oceans 6 afin de décider des mesures à prendre après les événements de Foresta.
Sous la direction de Xenolith, Shiki et ses amis reçoivent un entraînement au bondage embarrassant afin d'améliorer la maîtrise de leur Ether Gear. Au cours de cet entraînement, un certain ennemi apparaît et blesse Rebecca, ce qui énerve Shiki... Pendant ce temps, le Roi-Démon poursuit son voyage dans le Cosmos Aoi.
Face au projet génocidaire de Shura, Laguna propose à l’équipage de l’Edens le concours d’un personnage qui vit sur la planète Sandra. Là-bas, Shiki et ses amis vont en savoir plus sur le passé de Laguna et ses anciennes fréquentations…
Sur la planète Sandra, le combat opposant les forces impériales à l'équipage de l'Edens Zero et l'armée rebelle de Goodwin se poursuit. Les enjeux prennent une autre dimension quand les hommes de Nero décident d'utiliser un dispositif capable de souffler la planète…
