Όταν η Σιμπούγια μεταφέρεται στο 2388, ο μαθητής λυκείου Ντάισκε κι οι φίλοι του στρατολογούνται από μια πράκτορα για να πολεμήσουν μια εχθρική φυλή σάιμποργκ.
Επτά χρόνια αφότου μια μυστηριώδης γυναίκα που λεγόταν Μίλο έσωσε εκείνον και τους φίλους του, ο Ντάισκε προπονείται ακόμη για να αντιμετωπίσει την επερχόμενη καταστροφή.
Η Μίλο δεν ξέρει τον Ντάισκε αλλά τον στρατολογεί για να παλέψει με τα Ρεβίζιον που επιτίθενται στο σχολείο. Η αστυνομία της Σιμπούγια θέλει να καταλάβει την κατάσταση.
Βρισκόμαστε στο έτος 2388 και ο κόσμος υποφέρει από μια πανδημία. Η Μίλο λέει στον Ντάισκε και τους φίλους του τι ξέρει για το παρελθόν. Αργότερα, μπλέκουν σε μπελάδες.
Ο Μούτα δηλώνει ότι τα Ρεβίζιον θα στείλουν μερικούς ανθρώπους στο 2017 ως αντάλλαγμα για τις Μαριονέτες. Ο δυστυχισμένος Ντάισκε συναντά ένα Ρεβίζιον.
Με τον Μούτα στη φυλακή και την αστυνομία επικεφαλής, η ΥΑΣ συνεχίζει να προπονείται. Ο Ντάισκε νομίζει ότι ηγείται αλλά ο Κουρόγια θέλει ο Γκάι να πάρει αυτόν τον ρόλο.
Η Μαριμάρι συγκρούεται με τη Μίλο στα ερείπια του πάρτι γενεθλίων της και απαιτεί να μάθει την αλήθεια για τα Ρεβίζιον. Ο θείος του Ντάισκε δραπετεύει.
Με τον Ντάισκε σε ένα κελί, ο Κουρόγια και οι άλλοι μαθαίνουν περισσότερα για τα Ρεβίζιον και για αυτά που ξέρει ο ΑΪΡΒ. Η Μίλο ορκίζεται ότι μπορούν να γυρίσουν σπίτι.
Ο Ντάισκε και η ομάδα ξεκινούν για μια αποστολή διάσωσης ομήρων και να καταστρέψουν τον τεχνητό κβαντικό εγκέφαλο. Αλλά τα Ρεβίζιον τούς περιμένουν...
Μετά τις πράξεις του Κέισακου, τα Ρεβίζιον που επέζησαν αναδιαμορφώνουν το σχέδιό τους. Ενώ η ΥΑΣ είναι αποδιοργανωμένη, οι υποστηρικτές του Μούτα κάνουν την κίνησή τους.
Η Μίλο ενημερώνει τους πάντες ότι είναι ώρα να επιστρέψει στο 2010, αλλά όχι πριν από τη μάχη εναντίον του Μούκιου στον σταθμό της Σιμπούγια.
Η ομάδα ακούει το μήνυμα της Μίλο που αποκαλύπτει την αλήθεια για τον ΑΪΡΒ. Οι Μαριονέτες ξεμένουν από ενέργεια και οι ελπίδες της Σιμπούγια μειώνονται.
Η Σιμπούγια χαίρεται που λειτουργεί η επιστροφή, η οποία έχει το τίμημά της. Ο Νίκολας πηγαίνει πίσω στον χρόνο και ο Ντάισκε συγκρούεται με αυτόν και τη Μίλο στο 2010.
