Mørkere end Sort Sæson 1

Li Shanshun er en kinesisk studerende bare at flytte til Japan. Ved at bevæge sig i sin nye lejlighed møder han en kvinde ved navn Haraguchi. Han ser her igen om natten, efter at observere stjerner, og selv sparer hende fra at blive fanget af politiet. Det synes Haraguchi er i noget, hun skal ikke være så Li redder hende fra at blive kidnappet efter at have kørt ind i hende igen. Men en anden redning er ude af spørgsmål, da kidnapper er en entreprenør. Li er slået en bro og efterladt som død og Haraguchi er taget væk. Er Li virkelig død? Eller er der mere end opfylder øjet, når det kommer til ham?

Da Li og Haraguchi fortsat undgå Alan og de ​​øvrige kontrahenter, Haraguchi afslører, at hendes faktiske navn er Chiaki Shinoda. Hun siger også at hun vil give ham de oplysninger, hun har modtaget fra Rui. Ved at hente oplysninger Lee forlader Chiaki bagved og tager af med oplysningerne. Men alt er ikke som det ser ud. Efter at have fået lidt måder væk Li angribes af Alan og de ​​øvrige kontrahenter. Kan han overleve?

Ikke længe efter fremkomsten af porten, en gruppe gik ind for at undersøge porten. Blandt gruppen kun én mand overlevede. Tahara nu bruger sin tid på sit kontor tager sig af blomsten han fandt i porten. Men tingene er ved at ændre sig som en gruppe rettet mod ham for hans forskning om entreprenører og porten. Kan Hei og de andre få de oplysninger først?

Tingene har taget en drejning til det værre, med Tahara datter er en entreprenør, men ikke er i stand til at kontrollere sine kræfter. Nu Mai er blevet kidnappet og gruppen ansvarlig ønsker Tahara forskning eller de holder Mai. Tingene kan ikke gå som de planlægger, når Hei bliver involveret. Vil han være i stand til at få Mai tilbage?

En gruppe af entreprenører, kaldet MI-6, fange en gang dødbringende Contractor kaldet Havoc, der har mistet sine kræfter. Efter retreiving hende de tager hende til Tokyo for at blive eksperimenteret på af Pandora Institute. Efter at have set en helikopter tage Havoc væk Misaki møder Jack Simon alias 11. november Senere da de kører ned på motorvejen, Misaki finder ud af at Havoc virkelig ikke på helikopteren. Hvor er den virkelige Kaos og hvordan Hei kender hende?

Havoc er iterrogated af Hei på opholdssted for Amber og Pai (Hvem er Hei lillesøster) Desværre Havoc ved ikke noget nyttigt. Hun tilbyder at hjælpe Hei ved at nærme Gate og inddrive hendes erindringer og beføjelser, men at det kun fører hende til at ønske sin egen død. Med MI6 agenter i forfølgelsen, kan der ydes hendes ønske.

Gai og Kiko bliver hyret af en enke og bliver bedt om at finde enkens tabte sort kat. Under forsøget på at finde katten, de mødes Hei, der er på udkig efter entreprenøren, der dræber arbejdsgiverne fra samme selskab. Som både Gai og Kiko fortsætter med at lede, Gai kommer på tværs skelettet af en kvinde, der har været død i et stykke tid.

Som Gai undersøger mordet på Toshiko han bliver angrebet af sindet skifte entreprenør, der ønsker sin jakke tilbage. Mao gør et forsøg på at stjæle jakken og tage ud med det ved at skifte organer med en krage. Han svigter og skal vende tilbage til den kat krop. Ting ser ikke godt for Mao når entreprenøren indser hvem han er. Nu Maos liv hænger i balance, kan hei få der i tiden for at redde ham og dræbe entreprenøren?

Misaki finder sig selv genforenet med sin gamle high school klassekammerat, Alice, som også er datter af chefen for Hongkong mafia, Chen Long Tang, om natten af ​​Alices fødselsdagsfest. Til festen, Misaki konstaterer, at hendes arbejdstid samarbejder, Saitou, sammen med Hei, har sneget ind i partiet så godt. Desværre Misaki finder ud af, at Alice og hendes Contractor Bodyguard Wei Zhi Jung har været ansvarlige for drabene på mange af mafia-medlemmer.

Efter Hei og Misaki flygte næppe fra Alice, Hei går sin egen vej efter Misaki og Saitou finde hinanden. Efter Hei stjæler krystal skjult i stenen blomsterhave, han løber ind i Wei og mister krystal i processen. Wei endelig møder op med Misaki og Saitou, der har fundet Alice. Efter Wei dræber sin partner, Alice, han flytter ind på Misaki og Hei.

Når en eksplosion er sat op til at stjæle en meteor fragment fra PANDORA hovedkvarter, er Hei sendte den til at stjæle det før nogen andre gør. På sin første dag møder han op Corinna Moku, der nedbryder ikke længe efter ankommer ved gaten, og Meena Kandaswamy, som er fra den samme organisation som Hei og vil hjælpe ham med at finde fragmentet. Nu Hei skal holde fra at blive opdaget som en entreprenør og finde meteor fragment. Men vil en død på hovedkvarteret bryde sit dække?

Nick og et par andre forskere bliver sendt ind i den begrænsede del af Gate for at hente, hvad der menes at være den meteor fragment. Alt går galt, og hele holdet ender døde, undtagen Nick. Nu Hei indser, at Nick er en entreprenør også, der synes at have den samme magt, og han har også meteor fragment. Ved at konfrontere Nick, to begynde at kæmpe. Kan Hei besejre Nick, eller vil noget andet afslutte kampen?