I år 2024 lurer groteske monstre blandt ruinerne af Japan, imens de overlevende mennesker finder, hvad de kan for at overleve. Kiruko indvilliger i en mystisk kvindes sidste ønske om at følge en dreng ved navn Maru til et sted kaldet Himlen.
Japan er kollapset efter Den Store Katastrofe. Kiruko accepterer en forespørgsel om at følge drengen Maru til et sted kaldet Himlen. Imens bor børn bag murene i en børnehave i frodige, grønne omgivelser. Efter at have modtaget en mystisk besked begynder Tokio at tvivle på verden omkring sig.
På en mærkelig kro falder Maru og Kiruko i en døsig søvn. De vågner til noget monstrøst i det svage månelys. I børnehaven bliver Tokio mere mistænksom over for verden omkring sig. Imens modtager Shiro en uventet besked.
I Asakusa for fem år siden tilbragte Robin, Haruki og hans racerkørersøster Kiriko glade dage, mens de boede på et børnehjem. Da en folkemængde samles for at se et el-gokartløb, prøver noget frygteligt at stoppe begivenheden, og Haruki står overfor en forfærdelig situation.
Tokio tages med for at se nogle besynderligt udseende babyer og indser, hvor lidt han forstår om sine omgivelser. På et skib uden flugtmuligheder bliver Maru og Kiruko udsat for et skræmmende angreb. Alt fejler, så det er op til Kiruko at finde på en ny strategi.
Maru og Kiruko kommer tilbage til Tokyo og finder et kvarter pakket med telte. Da Maru tager til en spillehal, må Kiruko samle information alene, og hun hører et skræmmende rygte. Imens i børnehaven bliver Taraos tilstand værre, og dr. Sawatari opdager et mystisk fodaftryk.
Maru og Kiruko er på jagt efter Den Udødelige Orden. Undervejs bor de på et hotel, der drives af en pige ved navn Totori. De smider deres tasker og leder efter ufarligt drikkevand, da de falder over en svært skadet mand. Imens viser nogen uventet sig for Tokio.
Maru og Kiruko finder det, de tror er lægen og Den Udødelige Orden. I stedet er det en fjendtlig organisation, der er stærk modstander af den behandling, Den Udødelige Orden tilbyder. Kiruko og Maru tager imod et jobtilbud, men Kiruko begynder at miste tålmodigheden.
Efter at have dræbt menneskeæderne møder Maru og Kiruko endelig dr. Usami. Han beder dem om noget svært og fører dem begge til et rum, hvor et rædselsfuldt syn venter dem.
Maru og Kiruko opdager, at dr. Usami havde en knap med det samme mønster som logoet, de fandt på Kiru-stråleren. De beslutter at følge sporet og møder en mystisk informant på vejen. Imens bliver der holdt et hastemøde i børnehaven.
Maru og Kiruko beslutter at tage til Takahara Akademis Ibaraki-afdeling. Eftersom det er på vejen, går de med til at hjælpe Juichi med at bekræfte, om hans barn stadig er i live. Da de ankommer til Den Forskansede By er situationen meget anderledes, end de forventede.
Maru og Kiruko tager til Ibaraki-afdelingen, efter Juichi giver dem sin bil. Imens kommer en gruppe nye 5. års med i akademiet. Mimihime bemærker, at et barn ved navn Ohma virker meget ensom og prøver at starte et venskab. Men Ohma har særlige grunde til at holde sig væk fra de andre børn.
Maru og Kiruko ankommer til en blomstrende markedsplads. Det er byen, hvor det rygtevise Ministerie for Rekonstruktion har styringen. Imens er akademiet pludselig under angreb. Mens de prøver at søge dækning, finder børnene et hul i muren.
Mimihime, Shiro, Anzu og Taka går udenfor gennem et hul i muren, mens de leder efter et svar på deres lærers prøve. Imens græder Kiruko, efter Robin gør noget frygteligt.
