Le syndrome de la puberté : phénomènes anormaux qui, selon la rumeur qui circule sur le net, sont causés par la sensibilité et l’instabilité ressenties lors de l’adolescence. Sakuta Azusagawa, un lycéen qui étudie près d’Enoshima, rencontre plusieurs jeunes filles souffrant du syndrome de la puberté. L’une d’elles se promène en costume de lapin dans la bibliothèque. Elle se nomme Mai Sakurajima, c’est une élève de terminale qui a mis sa carrière d’actrice en pause. Pour une raison inexpliquée, personne d’autre que lui ne la voit. Comment est-elle devenue invisible ? Alors que Sakuta cherche des réponses au problème de Mai, ils passent plus de temps ensemble, ce qui lui permet d’en apprendre davantage sur ses sentiments enfouis. Cette histoire vous fera voyager dans une ville où le ciel bleu côtoie une mer d’huile et où Sakuta fera la rencontre de différentes jeunes filles plus mystérieuses les unes que les autres.
Le 29 mai, Sakuta Azusagawa se réveille d'un rêve vague et consulte son journal qui décrit comment, le 6 mai, il a rencontré une fille de son école vêtue d'un costume de bunny girl dans la bibliothèque publique.
Rio Futaba explique ce qu'elle comprend du « syndrome de la puberté » à l'aide de la mécanique quantique et du chat de Schrödinger. Sakuta continue de discuter avec Mai de sa situation.
Le lendemain matin, Sakuta révèle qu'il n'a pas dormi de la nuit. À l'école, il découvre que ses camarades, y compris Yuma et Tomoe mais également la fille qu'il avait rencontrée avant son « rendez-vous », ont oublié Mai.
Le 27 juin, Sakuta continue sa journée en déjeunant avec Mai, et croise Maezawa, un membre du club de basketball, qui demande à Tomoe de sortir avec lui.
Maintenant en « couple » avec Sakuta, la réputation de Tomoe commence à fléchir puisque des rumeurs font surface sur le fait qu'elle serait une fille facile.
Juste avant les vacances d'été, Sakuta and Tomoe se mettent d'accord pour « se séparer » après un dernier rencard sur la plage. Néanmoins, Sakuta entre de nouveau dans une boucle temporelle qui répète plusieurs fois cette journée.
Shōko commence à se rendre régulièrement chez Sakuta pour s'occuper d'un chaton errant qu'elle a trouvé. Lors d'une excursion à la bibliothèque, Sakuta parle avec Rio de Shōko quand il remarque qu'elle arbore un look étrangement différent.
Rio explique qu'elle a eu du mal avec sa confiance sur son physique ; alors qu'une partie d'elle-même apprécie l'attention, l'autre n'aime pas que son apparence soit la cause de celle-ci.
Le nouveau trimestre commence, bien que Sakuta, à qui il est interdit d'assister à des rendez-vous publics avec Mai en raison de la politique de son agence, est incapable de la retrouver. Après l'avoir vue dans la rue, il découvre qu'elle a échangé son corps avec une idole.
Mai donne à Sakuta des billets pour le prochain concert du groupe d'idoles de Nodoka. Cette dernière est bouleversée quand elle voit sa propre mère féliciter Mai.
Lors d'une conférence de presse, Mai explique le rôle de Sakuta dans sa vie et son influence sur sa décision de reprendre le métier d'actrice. Inspirée, Kaede décide d'organiser une liste d'objectifs.
Sakuta explique l'état de Kaede à Mai et à Nodoka : en raison du cyberharcèlement intense qu'elle a subi, Kaede a commencé à faire l'expérience d'une amnésie dissociative.
Alors qu'il rend visite à Kaede à l'hôpital, Sakuta fond en larme et regrette son incapacité à sauver sa précédente vie.