빛의 거인이 괴수를 물리친 지 수십 년. 새로운 외계인이 지구를 위협한다. 강력한 적 앞에 다시 선 인류의 희망은 하나. 잠든 영웅이여, 울트라맨의 후계자여, 눈을 떠라!
힘의 변화가 찾아온 신지로는 그 힘에 맞는 새로운 슈트 개발에 협력하기로 한다. 그리고 예정보다 훨씬 빨리 테스트 슈트를 사용해야 할 일이 찾아오는데.
자신이 한 일을 기억하지 못하는 신지로는 당분간 슈트 사용을 금지당하고. 아버지 역시 도움을 주진 못하지만, 울트라맨의 저주와 관련이 있으리라고 추측한다.
가만히 있을 순 없다고 생각한 신지로는 복수를 하기 위해 날아간다. 하지만 이번에도 무슨 일이 있었는지 기억하지 못한 채 눈을 뜬다.
대중의 여론은 울트라맨을 비판하는 쪽으로 완전히 돌아서고. 그때 돌연 메피스토가 방송국의 전파를 탈취해 지구인들에게 직접 어떤 메시지를 전한다.
자신에게 일어난 많은 일들 때문에 혼란에 빠진 신지로는 결국 도망을 친다. 이데는 타로와 모로보시에게 신지로를 찾아오라는 명령을 내린다.
은신처로 돌아온 아라시 다이스케는 신지로에게 아버지의 과거에 관해 이야기해 준다. 그리고 두 사람은 메피스토의 다음 타깃이 누가 될지 추리해 본다.
충격적인 소식을 들은 레나는 호쿠토 세이지와 만나게 된다. 한편, 제튼이 나오는 이상한 꿈을 꾼 신지로는 다이스케와 상의를 한다.
레나는 방금 자신에게 일어난 일을 이해하지 못하고. 이를 본 세이지는 자기를 키워 준 외계인에게 레나를 데려간다. 타로는 마침내 신지로를 찾아낸다.
잭의 갑작스러운 등장에 타로와 신지로는 깜짝 놀란다. 레나는 자신의 힘이 어디에서 왔는지에 대해 조금은 답을 얻는다. 공안 경찰이 과특대를 급습한다.
메피스토와의 교전은 울트라맨에 대한 비판 여론을 더 악화시킬 뿐이다. 모로보시와 신지로는 삼엄한 경비를 뚫고 과특대 본부로 진입을 시도한다.
신지로와 레나는 서로 비밀을 털어놓는다. 울트라맨은 동료들과 힘을 합쳐 과거의 강적과 맞선다.
신지로가 힘겹게 자신만의 싸움을 이어가는 가운데, 동료들은 제튼을 쓰러뜨리기 위해 모든 것을 쏟아붓는다. 그리고 과특대엔 새로운 시대가 찾아온다.
