Après avoir entraîné la quasi-extinction de l'humanité sept ans plus tôt, le génie Léon Lau doit lutter contre le désastre écologique qu'il a accidentellement provoqué.
Les derniers survivants de l'humanité doivent affronter une entité en constante évolution, à mi-chemin entre vie réelle et intelligence artificielle.
Léon parvient à renverser un monstrueux BRAI grâce aux nouveaux pouvoirs nés de ses recherches. Cain propose alors un marché pour protéger la ville.
Jay ordonne à contrecœur à Léon de poursuivre ses recherches sur l'Hyperdrive dans l'espoir d'obtenir un avantage tactique sur le BRAI.
Rongé de culpabilité suite à l'accident du réacteur, Léon se porte volontaire pour affronter un nouveau type de BRAI qui menace de détruire la ville.
Après la destruction d'un avion-cargo par une puissance inconnue, Léon soupçonne un BRAI volant d'être à l'origine de l'incident.
Gravement blessée lors de son combat contre Wang, Queenie Yoh doit malgré tout se relever pour affronter le BRAI ailé qu'il contrôle.
Chloé suit Léon en ville et le soupçonne d'avoir un rendez-vous amoureux, mais ce dernier s'intéresse à un étrange phénomène.
Quand des projectiles ultra-puissants tuent plusieurs habitants, Léon et l'équipe Pandora n'ont pas une minute à perdre pour trouver le responsable.
L'équipe Pandora se lance à la recherche de celui qui a blessé l'un des leurs. Cain raconte l'histoire du célèbre tireur d'élite qui lui a laissé la vie sauve.
Monsieur Gold jure de renverser Cecile et de s'emparer de la ville. Prêt à tout pour aider, Gren supplie Léon d'installer un autre Hyperdrive dans son MOEV.
Après avoir testé le disque obscur qui semble accélérer l'évolution du BRAI, Léon repense à son directeur de recherche, mort lors de l'explosion du réacteur.
Quand un virus mortel se répand dangereusement, l'équipe doit choisir entre protéger la ville ou s'occuper des nombreux réfugiés.
Alors que le réacteur montre de dangereux signes de faiblesse après les attaques répétées des BRAI, Léon soupçonne une fuite au cœur du système.
Les systèmes opérationnels sont en déroute, et l'équipe doit arrêter un BRAI multipattes qui détruit des installations clés à l'extérieur des fortifications de la ville.
À mesure que les effets secondaires de l'utilisation du système Hyperdrive se font sentir, Léon emmène l'équipe à sa cabane pour qu'elle puisse réparer ses Mechas.
Le combat pour le contrôle de la ville arrive à une fin tragique. Le mystérieux Sieg, conseiller et allié de Monsieur Gold, se présente devant un Léon épuisé.
Pendant que Cecile se remet de ses blessures, Jay utilise Queenie comme doublure et l'entraîne pour qu'elle ressemble à s'y méprendre au maire.
Après une grave pénurie de nourriture due aux récentes attaques de BRAI, l'équipe Pandora doit escorter un convoi de provisions jusqu'à la ville.
Pendant que Léon soigne ses blessures infligées par Sieg, des membres de Pandora utilisant le système Hyperdrive sont témoins d'un étrange phénomène.
Après la destruction d'une ville par une mystérieuse explosion d'énergie, l'équipe doit trouver comment protéger sa ville d'une déflagration similaire.
Après qu'un mystérieux BRAI lui a tendu la main, Doug demande à Léon ce qu'il adviendra de leur personnalité lorsqu'ils auront fusionné avec leur Mecha.
Léon et Queenie se lancent à la recherche de Fiona, la seule à être en mesure d'arrêter le réacteur grâce à ses pouvoirs.
Un essaim de BRAI avance vers les fortifications, mais Léon, qui pense que ses intentions sont pacifiques, demande à l'unité de Gren de baisser les armes.
L'esprit piégé de Léon erre à travers une myriade de dimensions, et Fiona envisage de plonger dans sa conscience afin de le ramener et de le sauver.
Le plan diabolique de Sieg commence à se matérialiser. Cecile et l'équipe Pandora se préparent donc pour leur ultime mission afin de sauver le monde.
Léon et l'équipe Pandora se tiennent prêts pour leur combat final quand la manifestation suprême de Sieg parvient à entrer dans le périmètre de la ville.
