伊莉雅是一个就读穗群原学园的普通女孩子,在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖,并强制地被缔结契约,成为了魔法少女伊莉雅。而已是红宝石之星持有人的她,还变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶,在其的命令之下,被迫帮忙回收沉睡于冬木市的某危险的卡片……
伊莉雅等人快乐的暑假突然迎来了结束。对于与在圆藏山刻下的第8张职阶卡片的英灵的战斗的抓痕一夜之间消失,有可疑的想法。赶去现场的伊莉雅她们,与谜之少女们相遇,少女们还对美游说“我们来迎接您了”……。在激烈的战斗中,伊莉雅被不可思议的光芒包围。之后,醒来发现在真冬的冬木市!?
恩兹华斯的Dolls之一,碧儿翠丝,谜之少女,向田中和伊莉雅袭击。被压倒性的力量逼进绝路的两人,在万事休矣的时刻,碧儿翠丝被什么人召回了,两人才摆脱困境。之后肚子饿的伊莉雅和田中被可疑的拉面店主卷进了新的危机。没有,钱!?拯救那样的危机的意外人物出现了?
在吉尔的引导下,伊莉雅和田中一起成功潜入爱因兹华斯的宅邸。目标是前往美游被幽禁的房间。而在那阻挡她们的是,碧儿翠丝和安洁莉卡。在穷途末路的情况下,伊莉雅成功与魔法红宝石命运般地再会。伊莉雅再次取回魔法少女之力,为了拯救美游而振奋起来!
因为小黑的狙击,成功击退了碧儿翠丝一行人,一时撤退回恩兹华斯的宅邸,巴泽特她们以学校的建筑作为据点以便恢复体力。但是,伊莉雅还找不到向拥有Archer“吉尔伽美什”、Berserker“雷神托尔”的卡片的敌人对抗的计策,而感到失落。对着那样的她,小黑突然持着双剑朝伊莉雅袭击……!?
巴泽特布置了结界,应该能防止Dolls们的急袭。但是,伊莉雅目击到了名为艾莉嘉的幼女想侵入学校。艾莉嘉不知何故称伊莉雅为“姐姐”,于是两人一眨眼间就变得融洽起来。此中,自称艾莉嘉的父亲的男人出现了。这个看似温柔的男人,说是来接艾莉嘉的…!?
来迎接艾莉嘉的男人,自称大流士,恩兹华斯家的当家,正是掳走美游的罪魁祸首。大流士有着强大的力量,现出了冰之结界型宝具。小黑即便用螺旋剑破坏结界,也无法造成一点伤害,然后大流士对伊莉雅说了一些冲击性的话语……!?
伊莉雅被捕捉到恩兹华斯宅邸内的地下牢笼。艾莉嘉想满足美游“想在伊莉雅身边”的愿望,把伊莉雅的意识从人体转移到熊布偶当中。因为天性的幻想和鼓动,伊莉雅掌握了动作的自由,但为了找回自己的身体,在屋子里到处寻找的途中,却意外遇到了碧儿翠丝……。
带着蓝宝石以熊玩偶的姿态变身为魔法少女的伊莉雅,与被替换意识的凛和露维亚展开激励的攻防战,并进入到艾莉嘉和安洁莉卡都在的寝室当中。为了取回本来的身体,与安洁莉卡对峙的伊莉雅得知了美游背后的真相。
牺牲美游,拯救世界……。恩兹华斯的真正目的,以美游作为圣杯祈求人类被拯救。伊莉雅陷入了意外的展开。及时赶来的小黑,果断认为比起拯救平行世界,美游更重要。另一方面伊莉雅,想到美游和世界被放在了天平上,无法做出选择……。
美游和世界,双方都要救!!为了实现那样的伊莉雅的愿望,必须从恩兹华斯的手中夺回美游。被迫展开激烈的战斗的伊莉雅恢复原样,隐身的吉尔和巴泽特为推翻劣势而现身。终于伊莉雅和美游再会的时刻来临。
率领无数漆黑的英灵,朱利安打算再次得到美游。另一方面,从牢笼中被解放的美游的哥哥·卫宫士郎,为了保护美游使用投影魔术,朝着朱利安而去。士郎的刀刃正要向朱利安飞去的时候,在前方阻拦的是,称呼士郎为“前辈”的一个少女。
从圣杯中溢出的泥沼英灵袭击伊莉雅等人。变身为Saber的伊莉雅即便使出浑身解数放出了Excalibur,也无法铲除掉那些不祥的存在。伊莉雅虽然无法打破局面,但为了救出美游和拯救平行世界的未来,她并没有放弃,其双眸一直在凝视着未来。