Naruto Shippuden hay còn được gọi với cái tên quen thuộc Naruto phần 2 là phần tiếp theo của bộ phim hoạt hình nổi tiếng Naruto, lấy bối cảnh hai năm rưỡi sau khi Naruto rời làng Lá. Naruto Shippuden tiếp tục theo chân chàng ninja trẻ tuổi Naruto Uzumaki trong cuộc hành trình luyện tập cực khổ để trở thành ninja giỏi nhất. Trong khi đó, Akatsuki, một tổ chức bí ẩn tập hợp những ninja phản diện tài giỏi bậc nhất, đang từng bước thực hiện kế hoạch lớn của chúng, đe dọa sự an toàn của thế giới ninja. Naruto sẽ làm gì để bảo vệ làng Lá và những người mà cậu yêu quý?
Tsunade đưa ra quyết định khó khăn về chiêu thức mới của Naruto, Phong độn: Rasen Shuriken. Cùng lúc đó, Orochimaru bắt đầu khởi động kế hoạch tiếp theo.
Có tin đồn rằng nơi ẩn náu của Orochimaru đã bị lộ. Naruto tìm kiếm sự dẫn dắt từ một người thầy vừa trở lại. Guren bắt đầu quá trình tuyển lựa.
Jiraiya gợi ý Naruto tập luyện một chiêu thức kết hợp. Guren thể hiện chiêu thức Thạch Độn của mình. Sasuke thắc mắc về sự quan tâm mà Orochimaru dành cho Yukimaru.
Orochimaru đề xuất một kế hoạch với Guren. Kabuto và Yukimaru tìm cách triệu hồi Tam Vĩ. Naruto có cơ hội chạm trán Yukimaru.
Tsunade điều tra một tinh thể bí ẩn. Người của Guren biết về sự tồn tại của đội Kakashi. Quá trình huấn luyện của Naruto bất ngờ gặp trở ngại.
Kakashi và cả đội phát hiện họ đang bị theo dõi. Trong lúc chăm sóc Yukimaru, Guren có một giấc mơ lạ thường và rồi cô tặng cho Yukimaru một món quà.
Yukimaru tặng Guren quà đáp lễ. Gamatatsu có tiến bộ trong luyện tập. Naruto xin Tsunade cho cậu gia nhập đội của Kakashi để đi làm nhiệm vụ.
Naruto được gợi ý về cách hoàn thiện chiêu thức mới của mình. Đội của Kakashi bị cuốn vào một trận chiến không định trước. Cùng lúc này, Yukimaru nhớ đến mẹ mình.
Các thành viên của đội Kurenai mắc kẹt trong một môi trường khó hiểu. Trên đường đến hỗ trợ họ, Naruto tình cờ chạm trán Yukimaru một lần nữa.
Naruto thử thách thông linh thuật trước những khả năng của Guren. Sau đó, Guren và đồng bọn tiếp tục thử nghiệm của họ và chứng kiến một điều phi thường.
Dùng dơi để theo dấu Guren, Kakashi cử Naruto đến hồ để điều tra. Guren cố gắng bắt giữ Tam Vĩ, nhưng mọi chuyện không diễn ra như kế hoạch.
Guren và Naruto trở thành nạn nhân của màn sương do Tam Vĩ tạo ra. Nhận được báo cáo về sự xuất hiện của vĩ thú, bà Tsunade lên kế hoạch phản công.
Naruto đi vào màn sương để tìm Yukimaru nhằm đưa cậu trở lại làng Lá. Nhưng Guren sẽ không từ bỏ Yukimaru mà không chiến đấu.
Lực lượng tiếp viện từ làng Lá xuất hiện cùng lệnh ra quân mới. Một nhân vật tiếp cận Kabuto để bàn về tình cảm ngày càng lớn của Guren dành cho Yukimaru.
Đội phong ấn bắt đầu cuộc tìm kiếm khi họ triển khai kết giới để bẫy Tam Vĩ. Naruto tức giận với Guren, nói rằng cậu sẽ không cho phép cô ta lợi dụng Yukimaru.
Kakashi kiểm tra kế hoạch bí mật của mình trước nhẫn thuật Thạch Độn mạnh mẽ của Guren. Các thành viên của đội phong ấn tìm ra Tam Vĩ, nhưng họ đang bị theo dõi.
Kabuto định dùng sức mạnh của Yukimaru để phá vỡ kết giới phong ấn. Âm mưu lớn của Orochimaru liên quan đến Yukimaru và Guren cũng được hé lộ.
Để bảo vệ Guren khỏi Tam Vĩ, Yukimaru vận dụng sức mạnh quá khả năng của mình. Trong khi Guren và Naruto chiến đấu với quái thú, điều không tưởng đã xảy ra.
Guren và Naruto nhận ra họ cần sự giúp đỡ của nhau. Yukimaru mang đến một thông điệp đáng ngạc nhiên. Kabuto ra lệnh phải đưa Yukimaru trở về bằng mọi giá.
Kakashi và những người khác phải dựa vào giác quan thần bí của Yukimaru để hướng dẫn nhiệm vụ giải cứu của họ. Yukimaru dùng một phương thức mà mẹ đã dạy cậu để trợ giúp.
Sai bị tấn công khi đang cố gắng đưa Yukimaru đến nơi an toàn. Đội phong ấn cố gắng tạo ra một kết giới khác cho Tam Vĩ.
Một đồng minh không ngờ tới đến cứu đội phong ấn. Rinji nói cho Yukimaru sự thật về cái chết của mẹ cậu, hi vọng phản ứng của cậu sẽ khiến Tam Vĩ tức giận.
Quyết tâm cứu Yukimaru, Guren dùng đến chiến thuật cuối cùng của mình. Naruto sử dụng thông linh thuật trong trận chiến với Tam Vĩ.
Sau khi trận chiến dẫn đến tổn thất nặng nề, bà Tsunade đưa ra một quyết định khó khăn. Yukimaru mất tích. Hai thành viên của Akatsuki xuất hiện ở hồ cùng kế hoạch riêng.
